| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 541,964 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 541,964 | 0 | G | C | 99.7% | 699.9 / NA | 295 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 541,965 | 0 | C | G | 99.7% | 696.4 / NA | 295 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (151/143); total (152/143) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 541,966 | 0 | T | A | 99.3% | 691.9 / NA | 295 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (149/142); minor base G (1/1); total (152/143) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
CGGTAAAGCGAACAATTTGCAGATTATACAGGTTGGCGATAAGCACGCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCGCTCAGGCTCCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTACAGGCAGGGCTCAACCCTTCAGGCCCGCCAATCAGTAGACTGACGTCGCGACCATCCAGCTTCCAGCGTTCCAGCTCAGCGGCTAACTGCGGCGTATCCCAGGGCTTGCCTGGAATATCGAGGGTGACAATGCGGTTTTTGCCTGCGGCCGCCAACATCTGCTCACCCTCTTTGTCGAGTATGCGCTTGATGTCCGCATTCTTGCCGCGTTTTCCGGCCGGAATTTCAATCAGCTCGAAGGGCA > CP042583/541690‑542241 ||| cGGTAAAGCGAACAATTTGCAGATTATACAGGTTGGCGATAAGCACGCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCACAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTGGGTGGTTATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGCACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGTGCCGTCAgccacaagc > 2:1361919/1‑280 (MQ=255) gAACAATTTGCAGATTATACAGGTTGGCGATAAGCACGCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAgc < 2:1699777/289‑1 (MQ=255) caattgtgggcttATCCAGGTGGGGGATAAGAGAGCCGCTCCGCTGCAAAATCCCCCAAAGGGCGACCAACGCCCGGATGATAAACAGCGCGGACTCTGCCGTAGAGTGGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTGTTCTACTCAAAGCTCCATTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCGACGCCCGGGACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCGGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAgccgc < 2:907199/278‑1 (MQ=255) cAATTTGCAGATTATACAGGTTGGCGATAAGCACGCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAgccgc < 1:2444340/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |