| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 550,409 | 6 bp→TCATCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 550,409 | 0 | A | T | 99.4% | 396.4 / NA | 165 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (103/61); minor base G (1/0); total (104/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 550,410 | 0 | G | C | 99.4% | 392.4 / ‑6.6 | 165 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (103/61); minor base T (1/0); total (104/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 550,411 | 0 | T | A | 99.4% | 396.6 / NA | 165 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (103/61); minor base C (1/0); total (104/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 550,412 | 0 | A | T | 99.4% | 394.7 / NA | 165 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (103/61); total (104/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 550,413 | 0 | G | C | 100.0% | 391.5 / NA | 165 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (104/61); total (104/61) | |||||||||||
| * | CP042583 | 550,414 | 0 | T | A | 100.0% | 398.8 / NA | 165 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (104/61); total (104/61) | |||||||||||
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
TACTCGTGAAAATCATTATCATTTCCTTATGGTTGCAGATAAAACATATTATATTTTTATGTGTTCCATTTTTGCGTAAGCCTTATTTTATGCGTATTATGTCGCGTCAGAAAAGTATAAATAAACGAGCCTCGCAATGCGGCTAATATTCATTTAATGAATATTTAAGGATAAATTATATGGACATGGAGAGCCAAAAAATATTGTTTGCACTTTCCACTCCGATGGAAATACGCAATGAATGCTGTTTACCTAGCCATAGTA‑GTCCCAAAATGTATTTAGGTACATGCTTTTTTGACCTTTCTTCCAGTTGGGGAATTGATGACCGTGATGACCTGCTGCGCACAATTCACCGAATGATCGATAACGGTCATGCCGCTCGGTTGGCAGGGTTTTATCACCGCTGGTTTCGTTA‑TAGCCCATGTGAATGGCGTGACTATCTTGCTGAACTAAATGAGCAAGGTCAGGCTTATGCGCAATTTGTCGCCAGCACCGCCGAATGCTGTGGCGAAGGGGGAATCAAA > CP042583/550149‑550672 ||||||| ttgacGTGAAAATCATTATCATTTCCTTATGGTTGCAGATAAAACATATTATATTTTTATGTGTTCCATTTTTGCGTAAGCCTTATTTTATGCGTATTATGTCGCGTCAGAAAAGTATAAATAAACGAGCCTCGCAATGCGGCTAATATTCATTTAATGAATATTTAAGGATAAATTATATGGACATGGAGTCGCAAAAAATATTGTTTGCACTTTCCACTCCGATGGAAATACGCAATGAATGCTGTTTACCTTCGCATTCAT‑CACCCAAAATGTATTTAGGTACATg < 1:2565100/285‑1 (MQ=255) 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gCAATGAATGCTGTTTACCTTCGCATTCAT‑CACCCAAAATGTATTTAGGTACATGCTTTTTTGACCTTTCTTCCTCATGGGGAATTGATGACCGTGATGACCTGCTGCGCACAATTCACCGAATGATCGATAACGGTCATGCCGCTCGGTTGGCAGGGTTTTATCACCGCTGGTTTCGTTA‑TTCGCCATGTGAATGGCGTGACTATCTTGCTGAACTAAATGAGCAAGGTCAGGCTTATGCGCAATTTGTCGCCAGCACCGCCGAATGCTGTGGCGAAGGGGGAATCaa < 1:1546884/289‑1 (MQ=255) cAATGAATGCTGTTTACCTTCGCATTCAT‑CACCCAAAATGTATTTAGGTACATGCTTTTTTGACCTTTCTTCCTCATGGGGAATTGATGACCGTGATGACCTGCTGCGCACAATTCACCGAATGATCGATAACGGTCATGCCGCTCGGTTGGCAGGGTTTTATCACCGCTGGTTTCGTTA‑TTCGCCATGTGAATGGCGTGACTATCTTGCTGAACTAAATGAGCAAGGTCAGGCTTATGCGCAATTTGTCGCCAGCACCGCCGAATGCTGTGGCGAAGGGGGAATCaaa > 1:2566913/1‑289 (MQ=255) ||||||| TACTCGTGAAAATCATTATCATTTCCTTATGGTTGCAGATAAAACATATTATATTTTTATGTGTTCCATTTTTGCGTAAGCCTTATTTTATGCGTATTATGTCGCGTCAGAAAAGTATAAATAAACGAGCCTCGCAATGCGGCTAATATTCATTTAATGAATATTTAAGGATAAATTATATGGACATGGAGAGCCAAAAAATATTGTTTGCACTTTCCACTCCGATGGAAATACGCAATGAATGCTGTTTACCTAGCCATAGTA‑GTCCCAAAATGTATTTAGGTACATGCTTTTTTGACCTTTCTTCCAGTTGGGGAATTGATGACCGTGATGACCTGCTGCGCACAATTCACCGAATGATCGATAACGGTCATGCCGCTCGGTTGGCAGGGTTTTATCACCGCTGGTTTCGTTA‑TAGCCCATGTGAATGGCGTGACTATCTTGCTGAACTAAATGAGCAAGGTCAGGCTTATGCGCAATTTGTCGCCAGCACCGCCGAATGCTGTGGCGAAGGGGGAATCAAA > CP042583/550149‑550672 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |