| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 552,214 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 552,214 | 0 | A | T | 99.6% | 591.0 / NA | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 552,215 | 0 | G | C | 99.6% | 587.3 / NA | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (130/117); minor base T (0/1); total (130/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 552,216 | 0 | T | A | 99.6% | 586.3 / NA | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (128/117); total (130/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
TACCCATTACTGGTGATGATGATTGAAGCGCGTGATCTGGTTAACGATCAGGGAAAACCGCTACTTTATGTCCCCGGCGACAGCGCCCGTACGCGTTTTCATTTATACGAAATACTCAGCGATGAAAAACTCTCTGCGCTGGGGCGTAGTCTGGTCGAGATGGTTTTGCACAAAGGACGTAAGCCGCGGATCAGTCTCACGCGTGATACAGAACATACCTTATGGCCATTATATCTAGTTGCCAAACAATTAGTGCAGGCCTGCCAACCTACAGAAGAAAGTTTAATGCCGATTGTGAGCCGCCTTGATGCAGAAAATCGTTGTCCACTGGAAGCATTAATTATTCGTCGATTATTAATTCAGGCGGCGAATTTTACCGAGAAGCAAACTGTTGAACCGGAGCCGCAACCGCAGCCAATGCCCGTTGACGATGGTGGGCCAGGCTGTCTGGGCATCATTAAAATTATTTTCTATATTTTTATCTTTGCTGGTTTGATAGGGAAAATACTCCATCTGTTCGGGTGACAGTCGACGTTAATGTGCGGGAAGCCC > CP042583/551935‑552486 ||| ccagtacgtgTGATGATTATTGAAGCCCGTGATCTGGTTAGCGATCAGCGAAAACCGCTAGTTTATGTCCACGGCGACAGCGCCCGTACGCGTTTTCATTTATTGGTAATACCCTGCGATGAATAACTCTCTGCTATGGGGCGTTTACTGATGGTGATGGTTTTGCTCAAATTACGTCAGCCGCGGATCTCACACACGCGCGATACAGAACATACCTTATGTCTATTATATCTAGTTGCCAAACAATTAGTGCAGGCCTGCCAACCTACAGAAGAATTATTAATGCCGa < 2:2507781/280‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |