| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 553,248 | 6 bp→TCATCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 553,248 | 0 | A | T | 99.5% | 510.5 / ‑4.6 | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (120/92); minor base C (0/1); total (120/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.66e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 553,249 | 0 | G | C | 98.6% | 497.2 / ‑4.4 | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (118/91); minor base A (2/1); total (120/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 553,250 | 0 | T | A | 99.1% | 504.8 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base A (120/91); total (120/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 553,251 | 0 | A | T | 99.5% | 510.8 / ‑4.9 | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (120/92); minor base C (0/1); total (120/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 553,252 | 0 | G | C | 99.5% | 511.5 / ‑4.4 | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (120/92); minor base A (0/1); total (120/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 553,253 | 0 | T | A | 99.5% | 508.4 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (120/92); total (120/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
AACTATAAAAATTGCGAATATATACATTAATTTTTTATTCATGTGTGAATGCTTCGATTTTCTTTTTATTTTGAAAGCGTCAAGTTTATACTCATCAATAATAAAAAAGTAGTCAGTTAATGCACTTAAGGGATTATTAACAAATGAATAAGGAAGAACAATATCTTCTTTTTGCGCTTTCTGCGCCCATGGAAATACTTAATCAGGGTTGCAAACCCGCGCATGACAGCCCAAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCAGTAGTTCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGACTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCTGACATGGCATCGCTCTTCCCCTGAAGAGTGGAAAGCATTAATTGCTGGTGGCAGCGAGAGAGGGTTGATTTATACCCAATTCGTTGCCCAAACCGCTATGTGCTGTGGGGAAGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGAGTCGGGTCGGTGTGCTCAACAA > CP042583/552982‑553522 |||||| aaaaaTTGCGAATATATACATTAATTTTTTATTCATGTGTGAATGCTTCGATTTTCTTTTTATTTTGAAAGCGTCAAGTTTATACTCATCAATAATAAAAAAGTAGTCAGTTAATGCACTTAAGGGATTATTAACAAATGAATAAGGAAGAACAATATCTTCTTTTTGCGCTTTCTGCGCCCATGGAAATACTTAATCAGGGTTGCAAACCCGCGCATGACTCGCCAAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGtga < 1:1482539/289‑1 (MQ=255) 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