Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 448,674 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 448,674 | 0 | A | T | 97.4% | 605.4 / NA | 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (131/128); minor base C (4/3); total (135/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 448,675 | 0 | G | C | 99.2% | 618.4 / NA | 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (133/132); total (135/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 448,676 | 0 | C | G | 99.2% | 625.3 / NA | 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (133/132); total (135/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
CGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCAGCCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCAGCCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTG‑CGGTCGTGAGTAGCCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCAGCCCTGCCGCACAGCAACACACACC‑GAGTTTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTGGAGCTACAAAGCGCCAGCAAACCGGTTGTGCATTACCAATGGAGCCCAGTCGCCGGTGGCAATAAAAAACTGGCTCGTTTATTAGAACGTTTGCAATAAGGGGTTCCCATGTTTACATCAGTGGCGCAAGCCAATGCTGCGGTTATCGAACAAATTCGTCGCGCTCGTCCACACTGGCTGGATGTGCAACCGGCTTCTTC > CP042583/448397‑448954 ||| cGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTG‑CGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGca < 1:854763/289‑1 (MQ=255) ggCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCCGCAAACCGCCCAGCTGGCAAATGCCGGGATTG‑CGGTGGTGGCTCCGCTACCGGCAGCCACCTTCCTG‑GCGCCAGCGTCAATTCATCGCCTCTCGCCTGCCGccc > 2:1898798/1‑287 (MQ=255) aaaCCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTG‑CGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAac > 1:1792873/1‑289 (MQ=255) cGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTG‑CGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAacacac < 2:1288138/289‑1 (MQ=255) aaGTGCGTGGTTTGCTGCTTGAGGTGGGGTTGGGAATCGGGACGAACGGCGATCCGGCTGCCTGGGTGGTGAGCACCTGGAAAAAAGCCTGGGCCGCATGTTTAGAGAATCAACCACTGTATGCCATTGCCAGGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTG‑CGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGAACAGCAacacacac < 2:1658604/288‑1 (MQ=255) tgggcgTGTTGGTGATTGCTGTCGGGTTTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTGGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTG‑CGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACC‑gt < 2:1850758/285‑2 (MQ=255) gctgctTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTG‑CGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCCGGCCTGCCGCCCAGCAACACACACC‑gccattcatggaa > 2:2401460/1‑277 (MQ=255) 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tGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTG‑CGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACC‑GTCATTACTGGAGAACGTCGcc < 1:1936794/289‑1 (MQ=255) tGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTG‑CGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACCCACACC‑GTCATTACTGGAACACGCCCCCGTg > 2:2714590/1‑287 (MQ=255) tGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTG‑CGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACC‑GTCATTACTGGAAAACGTCGCCGTGAt > 1:1016099/1‑289 (MQ=255) tGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCACTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGGGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGCTGCGGGGATTG‑CGGTCGTGAGTTCGCTACCGGACGCCACCGTGCTG‑GCGGCAGCTTTAATTCATCCGCTCTCTCCGGCCGCACTACAAAAC‑CACCAGTCATCACTGGCAAACGTCGCCGTGaa > 2:2215408/1‑288 (MQ=255) gATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAGCGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTG‑CGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACC‑GTCATTACTGAAAAACGTCGCCGTGAtt < 1:1921065/289‑1 (MQ=255) ggCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTG‑CGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGCCACCTTGCTG‑GCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCTCGCCTGCCGCACAGCAACACACACC‑GTCATTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACa < 1:2398084/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |