Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 571,535 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 571,535 | 0 | A | T | 98.9% | 850.0 / NA | 359 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 571,536 | 0 | C | G | 99.2% | 840.3 / NA | 359 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (169/187); minor base T (1/2); total (170/189) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 571,537 | 0 | T | A | 98.9% | 846.9 / NA | 359 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (167/187); minor base G (2/2); total (170/189) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 359 total aligned reads displayed.
TCGTCGAGAAATTCCGGCCCTTTTTCCTGA‑TACAGCGCGAGGATCACTTCACAGTCAGACCCGGTCTGGAACTGGTAACGATCGCCATATTCGGCGCGCAATGCCTGGTGGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGCCAGTACGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGAGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATACTCAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGCTGGCATAAATACCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCATCAGGCGACTCAGCTCGAGGGCTTTCTTACGCAGCTCAACTGCGTCTGTTTTGATATCGA‑ATACGCCAAAAATACTACACATAACCTTCTCCGTTAACCTGGTATTTGTTGCTTGTTGTGTTTGCTTGTTTAAAAAAATGCCGCAAAGCAGCACTGTGCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATATATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATA > CP042583/571260‑571814 ||| tggtcgCGAAATTCCGGCCCTTTTTCCTCG‑TACAGCGCGTGGATCACTTCACAGTCAGACCCGGTCTGGAACTGGTAACGATCGCCATATTCGGCGCGCAATGCCTGGTGGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGCCAGTACGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGAGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATTGACAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGCTGGCATAAATACCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCATCAGGCGTGACAGCTCGAggg < 2:2340010/287‑1 (MQ=255) cgtcgAGAAATTCCGGCCCTTTTTCCTGA‑TACAGCGCGAGGATCACTTCACAGTCAGACCCGGTCTGGAACTGGTAACGATCGCCATATTCGGCGCGCAATGCCTGGTGGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGCCAGTACGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGAGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATTGACAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGCTGGCATAAATACCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCATCAGGCGTGACAGCTCGAggg < 1:2485182/288‑1 (MQ=255) cgtcgAGAAATTCCGGCCCTTTTCCCTGA‑TACAGCGCTAGGATCACTTCACAGTCAGACCCGGTCTGGACCTGGTAACGATCGCCATATTCGGCGCGCAATGCCTGGTGGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGCCAGTACGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGAGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATTGACAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGCTGGCATAAATACCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCATCAGGCGTGACAGCTCGAggg < 1:357290/288‑1 (MQ=255) agaAATTCCGGCCCTTTTTCCTGA‑TACAGCGCGAGGATCACTTCACAGTCAGACCCGGTCTGGAACTGGTAACGAGCGCCATATTCGGCGCGCAATGCCCGGTGGTTGTAGATTTCAGCGTTTACCGCCAGTACGCGGGATTTTTGTTGTTTGTAGAGAGGTTGCCCCCCCGCGTTAACGTCAACAATTGACAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGCTGGCATAAATACCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCAACACGCGGGACAGCCCGAGGGCTTTCt > 2:451149/1‑289 (MQ=255) aaTTCCGGCCCTTTTTCCTGA‑TACAGCGCGAGGATCACTTCACAGTCAGACCCGGTCTGGAACTGGTAACGATCGCCATATTCGGCGCGCAATGCCTGGTGGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGCCAGTACGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGAGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATTGACAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGCTGGCATAAATACCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCATCAGGCGTGACAGCTCGAGGGCTTTCTTa < 1:326967/288‑1 (MQ=255) atcccGGCCCTTTTGCCTGAGCAAATCGC‑AGGCTCACTTCAACGTCAGACCGGGACTGTAACTGGTAACCATATCCCGGTTCGGCGGGCAATGCCTGCTGGTTGTAGATTTCAACGTTTACCGCCAGTAAGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGAGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAAGTGACAGACGTTCGTGGGCGGGAATGGCGTTATCGCTGGCATAAATACCGAACCAGTCCGGGCCACGGTGACGCAGCAGGGGAGACAGCTCGAGGGCTTTCTTACg < 2:1264441/286‑1 (MQ=255) aTTCCGGCCCTTTTTCCTGA‑TACAGCGCGAGGATCACTTCACAGTCAGACCCGGTCTGGAACTGGTAACGATCGCCATATTCGGCGCGCAATGCCTGGTGGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGCCGGTACGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGAGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATTGACAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGCTGGCATAAATACCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCATCAGGCGTGACAGCTCGAGGGCTTTCTTACg < 1:1384450/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |