Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 571,601 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 571,601 | 0 | A | T | 99.7% | 805.6 / ‑5.4 | 335 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 571,602 | 0 | C | G | 98.8% | 779.2 / ‑4.1 | 335 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (158/172); minor base T (4/0); total (162/173) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.43e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 571,603 | 0 | T | A | 99.4% | 793.2 / NA | 335 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (161/171); total (162/173) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 335 total aligned reads displayed.
TCTGGAACTGGTAACGATCGCCATATTCGGCGCGCAATGCCTGGTGGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGCCAGTACGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGAGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATACTCAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGCTGGCATAAATACCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCATCAGGCGACTCAGCTCGAGGGCTTTCTTACGCAGCTCAACTGCGTCT‑GTTTTGATATCGAATACGCCAAAAATACTACAC‑ATAACCTTCTCCGTTAACCTGGTATTTGTTGCTTGTTGTGTTTGCTTGTTTAAAAAAATGCCGCAAAGCAGCACTGTGCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATATATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGGGCCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATC > CP042583/571324‑571882 ||| ggAACTGGTAACGATCGCCATATTCGGCGCGCAATGCCTGGTGGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGCCAGTACGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGAGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATTGACAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGCTGGCATAAATACCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCATCAGGCGTGACAGCTCGAGGGCTTTCTTACGCAGCTCAACTGCGTCT‑GTTTTGATATCGAATACGCCAAAAATTGAACAC‑ATAACCtt < 1:2162131/289‑1 (MQ=255) gAACTGTTAACGATCGCCATATTCGGCGCGCAATGCCTGGTGGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGCCAGTACGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGAGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATTGACAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGCTGGCATAAATTCCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCATCAGGCGTGACAGCTCGAGGGCTTTCTTACGCAGCTCAACTG‑GTCTGGTTTTGATATCGAATACACCAAAAATTTAACAC‑ATAACCtt > 2:296866/1‑288 (MQ=255) gggaaCGATCGCCATATTCGGCGCGCAAGTCCTGGTGGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGACAGTACGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGAGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATTGACAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGCTGGCATAAATACCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCATCAGGCGTGACAGCTCGAGGGCTTTCTTACGCAGCTCAACTGCGTCT‑GTTTTGATATCGAATACGCCAAAAATTGAACAC‑ATAACCTTCTCCGt < 2:1247744/286‑1 (MQ=255) aCGATCGCCATATTCGGCGCGCAATGCCTGGTGGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGCCAGTACGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGAGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATTGACAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGCTGGCATAAATACCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCATCAGGCGTGACAGCTCGAGGGCTTTCTTACGCAGCTCAACTGCGTCT‑GTTTTGATATCGAATACGCCAAAAATTGAACAC‑ATAACCTTCTCCGTTAAc < 1:780507/289‑1 (MQ=255) 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atatTCGGCGCGCAATGCCTGGTGGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGCCAGTACGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGAGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATTGACAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGCTGGCATAAATACCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCATCAGGCGTGACAGCTCGAGGGCTTTCTTACGCAGCTCAACTGCGTCT‑GTTTTGATATCGAATACGCCAAAAATTGAACAC‑ATAACCTTCTCCGTTAACCTGGTAttt < 1:1007678/289‑1 (MQ=255) ggCGCGCAATGCCTGGTGGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGCCAGTACGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGAGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATTGACAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGCTGGCATAAATACCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCATCAGGCGTGACAGCTCGAGGGCTTTCTTACGCAGCTCAACTGCGTCT‑GTTTTGATATCGAATACGCCAAAAATTGAACAC‑ATAACCTTCTCCGTTAACCTGGTATTTGTTGCt > 2:1155813/1‑289 (MQ=255) cgcgcAATGCCTGGTGGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGCCAGTACGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGAGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATTGACAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGCTGGCATAAATACCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCATCAGGCGTGACAGCTCGAGGGCTTTCTTACGCAGCTCAACTGCGTCT‑GTTTTGATATCGAATACGCCAAAAATTGAACAC‑ATAACCTTCTCCGTTAAc < 1:2607538/272‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |