Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 451,710 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 451,710 | 0 | A | T | 99.7% | 824.5 / NA | 345 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (171/172); minor base C (1/0); total (172/173) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 451,711 | 0 | G | C | 98.6% | 789.8 / NA | 345 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/4); new base C (171/168); total (172/173) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.71e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 451,712 | 0 | C | G | 99.7% | 814.3 / NA | 345 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (171/173); minor base T (1/0); total (172/173) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 345 total aligned reads displayed.
TTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTAGCATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTAAGCCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTATTAGCCTGTAATCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAACCGGTGCCGCATCCGGCAATTGGTGCACAATGCCTGATGCGATGCTTGACGCATCTTATCAGGCCTACAATGGGTACCGGATCGGTAGGC > CP042583/451432‑451988 ||| ttCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGcc < 1:283309/289‑1 (MQ=255) gttgttGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTgg < 2:924952/288‑1 (MQ=255) ttgttgCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGt < 1:1883023/288‑1 (MQ=255) agagGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGc < 1:736111/289‑1 (MQ=255) agagGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGc < 1:2291696/289‑1 (MQ=255) ggCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGTGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGGTATGTCAGAAGCCGTgg > 1:25409/1‑289 (MQ=255) ggCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCCGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGATCGCCGAGCAGATTAATGCAGAGGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTGAGAGCCAGTTGCCAAAGCCGATGGATCGATGGGGCCCAATGGAACGGCGGTGTGGGGGTCTGTGCGAAGCCgggg > 2:2163221/1‑289 (MQ=255) ggCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTgg > 2:700116/1‑289 (MQ=255) gCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGt > 1:2051219/1‑289 (MQ=255) aTGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAAcggcg > 1:100391/1‑260 (MQ=255) 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gATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCcgcg < 1:547543/289‑1 (MQ=255) aTTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGAAGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTTGTGATGTCAGAAGCCGTGGGAAACCCGCGt > 2:2737591/1‑289 (MQ=255) gcggcggcgGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTaaa > 2:601352/1‑272 (MQ=255) 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aGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCGCGCCACTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTCATGCAGATGAACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGCGGAACGCCGCATCCACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGACGATGGTTCGATGTGGCCGAATGTAACGGCGGCGAGTGGGTAGGTCAGAAACCGTGGTAAACGCGCGTGGATTGCGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGac > 2:171412/1‑288 (MQ=255) aGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCg < 1:2429758/288‑1 (MQ=255) aGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCg < 2:2276793/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |