| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 588,991 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 588,991 | 0 | A | T | 100.0% | 585.0 / NA | 242 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 588,992 | 0 | C | G | 100.0% | 579.6 / NA | 242 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (104/138); total (104/138) | |||||||||||
| * | CP042583 | 588,993 | 0 | T | A | 99.6% | 578.1 / NA | 242 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (103/137); total (104/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
CATCGTCAGCGATGGGTAAAGCCCGCACGCCTGCGAATTCAGGGCGTTGTGTCCAACTTACTGGATCTCGTGGCAACCGGGGGTGACCAGATCCTGCTATGCGTAATTAACCATTATCAATCAGCAGACCTCCGGAGCCATAGACAAGCGCACCCATCGGACTTTTTGTTGTCACCTGTAATTGATAAAGTGCGGTTTCGGCTAAATCTTTATTAACCGGTAAGAGTTCGGTATGGTTTGTGGCGTCTTTTAACCAGTTCTGGATTATTGGCCAGGCACTATCTTCAGTATTTACTAACTGATTCATTTCACGCATCGCTACTTGCTCCTTGTGTGCTACGGTGTCATTTATGATGAGGAATTGTATGGAACATTTTTTAAATATTAAGTTCCTTATATTTGAATAAAAAATGACTTTATCCATACATTGCCACTTTTTTCAAAGCATAAACCGATACCCAATACCGGTTTCAGTAATAAAATGGCGAGGCCGGGCCGGATCCTGTTCCAGTTTTTGTCGCAGATGCCCCATATAATTACGCAAATAGTTGCTGTG > CP042583/588714‑589269 ||| cATCGTCAGCGATGGGTAAAGCCCGCACGCCTGCGAATTCAGGGCGTTGTGTCCAACTTACTGGATCTCGTGGCAACCGGGGGTGACCAGATCCTGCTATGCGTAACTAACCATTATCAATCAGCAGACCTCCGGAGCCATAGACAAGCGCACCCATCGGTGATTTTGTTGTCACCTGTAATTGATAAAGTGCGGTTTCGGCTAAATCTTTATTAACCGGTAAGAGTTCGGTATGGTTTGTGGCGTCTTTTAACCAGTTCTGGATTATTGGCCAGGCTGAATCTTCAGt < 1:74669/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |