| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 438,050 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 438,050 | 0 | A | T | 100.0% | 332.9 / NA | 139 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 438,051 | 0 | G | C | 99.3% | 329.4 / NA | 139 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (67/71); minor base A (0/1); total (67/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 438,052 | 0 | T | A | 100.0% | 332.8 / NA | 139 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (67/72); total (67/72) | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
ATCCGGGCTTCAAAATCGCTCTGCACCAGAAAGATCTCAACCTGGCACTGCAAAGTGCGAAAGCACTTGCGCTGAACCTGCCAAACACTGCGACCTGCCAGGAGTTATTTAATACCTGTGCGGCAAACGGTGGCAGCCAGTTGGATCACTCTGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCCAAAGATGTTGCTAGTGTATTAAAAATAATATTTTTATTTTATTTGTTCCTCATAGCTAGATTAAAACAACGTTATAGCATACGTGAAATTAAGAGGGATTTATGGAACATCAGAGAAAACTATTCCAGCAACGCGGCTATAGCGAAGATCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTAGCGTTCATAACGTTCCCAATTATGTGATGGTCGGCGGCTTTTTTATTCTCGGCTTGTCTACCTTTAGTATTATGCTGG > CP042583/437771‑438331 ||| ggCTTCAAAATCGCTCTGCACCAGAAAGATCTCAACCTGGCACTGCAAAGTGCGAAAGCACTTGCGCTGAACCTGCCAAACACTGCGACCTGCCAGGAGTTATTTAATACCTGTGCGGCAAACGGTGGCAGCCAGTTGGATCACTCTGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCCAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAaata > 1:2357353/1‑289 (MQ=255) ggCTTCAAAATCGCTCTGCACCAGAAAGATCTCAACCTGGCACTGCAAAGTGCGAAAGCACTTGCGCTGAACCTGCCAAACACTGCGACCTGCCAGGAGTTATTTAATACCTGTGCGGCAAACGGTGGCAGCCAGTTGGATCACTCTGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCCAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAaata > 1:2150136/1‑289 (MQ=255) accgggaaGGTCTCAACCTGGCACTGCAAAGTGTGAAAGCACTTGCGCTGAACCTGACAAACACTGCGACCTGCCAGGAGTTATTTAAGTCCTGTGCGGCAAACGGTGGCAGCCAGTTGGATCACTCTGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCCAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAAATAATATTTTTATTTTATTTGt < 2:2006364/283‑1 (MQ=255) aTCTCAACCTGGCACTGCAAAGTGCGAAAGCACTTGCGCTGAACCTGCCAAACACTGCGACCTGCCAGGAGTTATTTAATACCTGTGCGGCAAACGGTGGCAGCCAGTTGGATCACTCTGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCCAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAAATAATATTTTTATTTTATTTGTTCCTCATa > 1:272731/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |