| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 592,887 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 592,888 | 0 | C | G | 99.4% | 737.1 / NA | 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (143/163); minor base T (0/2); total (144/165) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 592,889 | 0 | T | A | 100.0% | 743.9 / NA | 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (144/165); total (144/165) | |||||||||||
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
CTGGCGACCATAAAATTCTCGTCGGCTTTCGCAATTCTCAAAGACACCGCTAATACGGGGCAAATACTCTGCGGGTACACGTTCTTGATTTTCAGTAGCAATAAATACCGGGATGCCATAACCCGTGGCATCGATTTCATCGAGTTTTCCGCATGTAACATCGTTGAGGCTTAAAACTATTGCCGCCACATCGATATTACGACTTTCATTAATGTAGATACATTC‑TCGCTGCGTGGTAAAACAGTCCGGGCAAGAATCACTAACCGCAATTTTTAATTTACTCATTTTTCATCTCTTTATTTTAGGTAATAGCAGGTCCTCAATTTCTCGAATGAGAAATCGATCGTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTACCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACAGAGAGTCAGGAAGACCTGTACGCTGAAGTGCCCTTAGTCGGTAGACTAACGGGCATTGAAG > CP042583/592608‑593165 ||| gCGACCATAAAATTCTCGTCGCGATTCGCAATTCTCAAAGACACCCGAAATACGGGGCAAATACTCTGCGGGTACACGTTCTTGATTTTCAGTAGCAATAAATACCGGGATGCCATAACCCGTGGCATCGATTTCATCGAGTTTTCCGCATGTAACATCGTTGAGCGATAAAACTATTGCCGCCACATCGATATTACGACTTTCATTAATGTAGATACATTC‑TCGCTGCGTGGTAAAACAGTCCGGGCAAGAATCACTAACCGCAATTTTTAATTTTAACATTTTTCa > 1:2609496/1‑288 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |