Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 597,040 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 597,040 | 0 | G | C | 99.2% | 557.2 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.43e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 597,041 | 0 | C | G | 100.0% | 564.7 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (121/118); total (121/118) | |||||||||||
* | CP042583 | 597,042 | 0 | T | A | 98.3% | 551.8 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (117/117); minor base C (4/0); total (121/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
CCGAAGAAAACTTTCAGCTTCCCCCGATGCGGCGCGGCAGTTTGTTCCAGCAGACGATCGGGGTCGGGACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCGCTTGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACGCGTGCGGCTATTAGTTTATCCAGCTCAGGGTTACTGACCGCCAGATTGCTCCCGCCAGAAGCCTGTGGATTATAGGGCATTTCTGCCGTTGCGCTCGGGCGACCATGAAAATAGCCGTTGCCGGTAAAATTCTGCCCGATTAATGCGCTACCGCGCACCGTATCACCTTCACGAATCAAGCTAC‑CATTGGCCTGCCAGGGAAACCACCATTG > CP042583/596758‑597321 ||| ccGAAGAAAACTTTCAGCTTCCCCCGATGCGGCGCGGCAGTTTGTTCCAGCAGACGATCGGGGTCGGGACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCCCGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTTCGGGGTGATCTTATTTTCCACCCCgtttgccgttgc > 2:907369/1‑288 (MQ=255) agaaTACTTGCAGCTTCCCCCGATGCGGCGCGGCAGTTTGTTCCAGCAGACGATCGGGGTCGGGACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCa < 1:2296673/289‑1 (MQ=255) aaaaCTTTCAGCTTCCCCCGATGCGGCGCGGCAGTTTGTTCCAGCAGACGATCGGGGTCGGGACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCAcc < 1:1672891/289‑1 (MQ=255) aaaCTTTCAGCTTCCCCCGATGCGGCGCGGCAGTTTGTTCCAGCAGACGATCGGGGTCGGGACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCAc < 1:373086/287‑1 (MQ=255) aaCTTTCAGCTTCCCCCGATGCGGCGCGGCAGTTTGTTCCAGCAGACGATCGGGGTCGGGACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAg < 1:2485278/289‑1 (MQ=255) cgcggcAGTTTGTTCCAGCAGACGATCGGGGTCGGGACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGCTGCCTGCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCttg > 2:699263/1‑286 (MQ=255) cgcggcAGTTTGTTCCAGCAGACGATCGGGGTCGGGACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTgg > 1:2349572/1‑288 (MQ=255) 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agACGATCGGGGTCGGGACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCg < 1:194337/288‑1 (MQ=255) cGATCGGGGTCGGGACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTCGCGCt > 1:586417/1‑264 (MQ=255) gACGTAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGCTTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGGGATATTAGTGTCCAGCCCCCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGACCCCTCGCCCTGGCATCCGGGTTAGCGGCCCTTACTGCAGCAACGCGt > 2:2622786/1‑288 (MQ=255) 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tAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTcgcg > 1:9506/1‑245 (MQ=255) tAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCTcgcg < 2:9506/245‑1 (MQ=255) tAAGGGTTCGTTATTCATCAAGTTTATCCAGCGCCAGATTGAGTTCAACAATGTTGACAACCGGCTGGCCGATATATTTCACCAGCGGTTGTTGGCTGTATTTTGCGATCAGTTGCGTGAGCTGTTCAACGCTGAGATTACGCGCTTTCGCCACGCGTGGGATTTGCCAGGCCGCCGCTTGCGGGGTGATATTATTGTCCAGCCCGCTTGCCGATGCCGTCACCAGTTCAACCGGAACGCCCGCGCTGGCATCCGGCTTAGCGGCCCGTAATGCAGCAACCCATGCgg > 2:119135/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |