| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 607,455 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 607,456 | 0 | G | C | 99.4% | 783.5 / NA | 333 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (160/170); minor base T (2/0); total (162/171) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 607,457 | 0 | T | A | 98.8% | 779.3 / NA | 333 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (160/168); minor base C (2/2); total (162/171) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
TATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCAGTTGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCCGATTGGCAAAAGCAAGCGTGATTCTATGGAAGCGCAGGGCGTTAAACAGCTG‑CTGTGGGGCAACCGCATTCGCGCCTTGCCGGGGCCGGAATATCATGAGTTCGATCGCGCCAGCCAGGATGCATTCTGGC‑GTAGCCCCTGGCAGCTTAGCAGCCAAAGTAACCGCATGGGCTATCGCTTACAGGGGCAAATTTTAAAACGCAC > CP042583/607175‑607732 ||| tatGCCCGCGTTACGCATGGCGCACCTACTGGGGGGTAATGACGCCAAGGCCCCCGCGCTGGAGATCACGGTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCGGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATgcagc < 2:1759924/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |