Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 613,669 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 613,669 | 0 | G | C | 99.5% | 866.9 / NA | 364 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 613,670 | 0 | C | G | 99.7% | 867.3 / NA | 364 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (165/197); total (165/199) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 613,671 | 0 | T | A | 99.7% | 873.6 / ‑5.9 | 364 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (165/198); minor base G (0/1); total (165/199) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 364 total aligned reads displayed.
TGGGTCGTATTGAAACTCGTGCTAATGCTGATATCTCTCCAGTCACCAATATCAACATTAAAACCTGCTGTGATGTTGGCGGTCGTGGAGGCGTCTGCATTCCACCAGGTTTGATGTAGCAGGTTGGCGTAAAGATTGAGGTTTAGTGGGGTAATCGGTTGGCCCACGGATAAGCTGATCGTCTGTTTTTCGTCCTGCGCATCGCTGTCGTTGTATTTGTGATCCAGATAGTTGGCGTAGCTGTGAAAATGACGATCACTGAAGCGATAAGCGGCGAGGCTAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAGCCCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATATTTTGCCCGATACCCATTGCGGCAGAATGGTAGTCATCATCAGAAATCAGCAGGCCGCCGTACAGGCTGGTGTTACTGAGCATCCCCCAGGAAACTTCATTGCTAAAAAAGGTTTCATTTTCAGTTTGATGACTCATGGAAGGC > CP042583/613391‑613948 ||| gggTCGTATTGAATGACGTCGAAATCGAGATATCTCTCCAGTCACCAATATCAACATTAAAACCTGCTGTGATGTTGGCGGTCGTGGAGGCGTCTGCATTCCACCAGGTTTGATGTAGCAGGTTGGCGTAAAGATTGAGGTTTAGTGGGGTAATCGGTTGGCCCACGGATAAGCTGATCGTCTGTTTTTCGTCCTGCGCATCGCTGTCGTTGTATTTGTGATCCAGATAGTTGGCGTAGCTGTGAAAATGACGATCTGAGAAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTg < 1:1950923/287‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |