Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 614,371 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 614,371 | 0 | A | T | 99.7% | 768.6 / NA | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 614,372 | 0 | C | G | 98.7% | 733.5 / NA | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); major base G (161/152); minor base T (3/1); total (166/154) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.24e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 614,373 | 0 | T | A | 100.0% | 770.0 / NA | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (166/154); total (166/154) |
Only 100 of 320 total aligned reads displayed.
TGAGGTCATCAATAATAAACGGGCCTGGCGGGACTTTTTTCTGGTAAATGACGCGGCCACTTTGACTGATCGTCACCGTGGCATTGGTCTGTGCAATACCGCTAATTTGTGGGGCGTAGCCACGCAGCTCCCACGGTAACATTCGATCGTCACTCGCCAGTGCCGCGCCGGTATAAGAAAAACCATCGAAAATATTGGAACTGAAATCGGTTTCGCCGAGGGTTAACTTAGAGCCTAATTGCGGTAATGGACGAAAAAGATAGGTGCGGCTTATTCCGCCACTCTGGTCATGGTTATCTTCGCTATCGGTCTTATTAAGCTGGTAATCACTGCGTAAGCGCCA‑TGCCCCGGCGTTAATTCCGGCGGTACCGTAGGCATTCAGGTTAGTGCTGCTGCTGCCGTCCTGTGGGCGGTAGCTGCTGGCAAACAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCACTGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAA > CP042583/614091‑614652 ||| ctattcaaCGGGCCTGGCGGGGCTTGTTTCTGGTCAATGACTGGGCCACGTTGACTGATACGCACGGTGGCATTGGTCTGTGCACTCCCGCTAATTTATGGGCCAGCGCCAGGCAGCTCCCACGGTAACAGTCGATCGTCAATCGCCAGTGCCGCGCCGGTATAAGAAAAACCATCGAAAATATTGGATGTGAAATCGGGTGCGCGGAGGGTTAACTTAGGGCCTAATTGCGGTAATGGACGAAAGAGATAGGTGCGCGATATTCCGCCTGACTGGTCATGGTTATCtt < 2:2391719/283‑1 (MQ=255) taataaACGGGCCTGGCGGGACTTTTTTCTGGTAAATGACGCGGCCTGATTGACTGATCGTCACCGTGGCATTGGTCTGTGCAATACCGCTAATTTGTGGGGCGTAGCCACGCAGCTCCCACGGTAACATTCGATCGTCACTCGCCAGTGCCGCGCCGGTATAAGAAAAACCATCGAAAATATTGGAACTGAAATCGGTTTCGCCGAGGGTTAACTTAGAGCCTAATTGCGGTAATGGACGAAAAAGATAGGTGCGCGATATTCCGCCTGACCGGTTATGGTTATCtta > 2:412991/1‑288 (MQ=255) cacgggacgtgcctgACTTTTTTCTGTTAAATGCCGCGGCCTGATTGACTGATCGTCACCGTGGCATTGGTCTGAGCAATACCGCTAATTTGTGGGGCGTAGCCACGCAGCTCCCACGGTAACATTCGATCGTCACTCGCCAGTGCCGCGCCGGTATAAGAAAAACCATCGAAAATATTGGAACTGAAATCGGTTTCGCCGAGGGTTAACTTAGAGCCTAATTGCGGTAATGGACGAAAAAGATAGGTGCGCGATATTCCGCCTGACTGGTCATGGTTATCTTCGCTAt < 2:884739/275‑1 (MQ=255) aaCGGGCCTGGCTGAACTTTTTTCCGGTAAATGCCCCTGCCTGTTTGACTGATCGTCACGTGGGCATTGGTCTGGGCAATTCCGCTAATTTGTGGGGCGTAGCCCCGCAGCTCCCACGGTAAAATTCGATCGTCACTCGCCAGTGCCGCGCCGGTATAAGAAAAACCATCGAAAATATTGGAACTGAAATCGGTTTCGCCGAGGGTTAACTTAGAGCCTAATTGCGGTAATGGACGAAAAAGATAGGTGCGCGATATTCCGCCTGACTGGTCATGGTTATCTTCGCTAt < 2:538275/289‑1 (MQ=255) aaCGGGCCTGGCGTGACTTTTTTCTGGTAAATGACGCGGCCTGATTGACTGATCGTCACCGTGGCATTGGTCTGTGCAATACCGCTAATTTGTGGGGCGTAGCCACGCAGCTCCCACGGTAACATTCGATCGTCACTCGCCAGTGCCGCGCCGGTATAAGAAAAACCATCGAAAATATTGGAACTGAAATCGGTTTCGCCGAGGGTTAACTTAGAGCCTAATTGCGGTAATGGACGAAAAAGATAGGTGCGCGATATTCCGCCTGACTGGTCATGGTTATCTTCGCTAt < 2:1723670/289‑1 (MQ=255) gCCTGGCGGGACTTTTTTCTGGTAAATGACGCGGCCTGATTGACTGATCGTCACCGTGGCATTGGTCTGTGCAATACCGCTAATTTGTGGGGCGTAGCCACGCAGCTCCCACGGTCACATTCGATCGTCACTCGCCAGTGCCGCGCCGGTATAAGAAAAACCATCGACAATATTGGAACTGAAATCGGTTTCGCCGAGGGTTAACTTAAAGCCTAATTGCGGTAATGGACG‑AAAAGATCGGTGGGCGATTTTCCGCCTGACTGGTAATGGTTATCTTAGCTATCGGt > 2:243533/1‑287 (MQ=255) gCCTGGCGGGACTTTTTTCTGGTAAATGACGCGGCCTGATTGACTGATCGTCACCGTGGCATTGGTCTGTGCAATACCGCTAATTTGTGGGGCGTAGCCACGCAGCTCCCACGGTAACATTCGATCGTCACTCGCCAGTGCCGCGCCGGTATAAGAAAAACCATCGAAAATATTGGAACTGAAATCGGTTTCGCCGAGGGTTAACTTAGAGCCTAATTGCGGTAATGGACGAAAAAGCTAGGTGCGCGATATTCCGCCTGACTGGTCATGGTTATCttgcctagtgg > 2:626889/1‑278 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |