Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 614,584 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 614,584 | 0 | A | T | 99.7% | 723.0 / ‑5.1 | 304 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 614,585 | 0 | C | G | 100.0% | 731.5 / NA | 304 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (153/151); total (153/151) | |||||||||||
* | CP042583 | 614,586 | 0 | T | A | 99.7% | 727.4 / NA | 304 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (153/150); minor base C (0/1); total (153/151) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
CGAGGGTTAACTTAGAGCCTAATTGCGGTAATGGACGAAAAAGATAGGTGCGGCTTATTCCGCCACTCTGGTCATGGTTATCTTCGCTATCGGTCTTATTAAGCTGGTAATCACTGCGTAAGCGCCATGCCCCGGCGTTAATTCCGGCGGTACCGTAGGCATTCAGGTTAGTGCTGCTGCTGCCGTCCTGTGGGCGGTAGCTGCTGGCAAACAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCACTGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGACTATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGA > CP042583/614307‑614864 ||| agttcggcgcTAAGTGGGTTAATGACCGAAAAAGATAGGTGCTCGATATTCCGCCTGACTGGTCATGGTTTTTTTCGTTATCGGTCTTATTAAGCTGGTAATCACTGCGTAAGCGCCATGCCCCGGCGTTAATTCCGGCGGTACCGTGGGCATTCAGGTTAGTGCTGCTGCTGCCGTCCTGTGGGCGGTAGCTGCTGGCAAACAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCTGAGTGCCACGCCAGCCAGGc < 2:1532373/280‑1 (MQ=255) 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CGAGGGTTAACTTAGAGCCTAATTGCGGTAATGGACGAAAAAGATAGGTGCGGCTTATTCCGCCACTCTGGTCATGGTTATCTTCGCTATCGGTCTTATTAAGCTGGTAATCACTGCGTAAGCGCCATGCCCCGGCGTTAATTCCGGCGGTACCGTAGGCATTCAGGTTAGTGCTGCTGCTGCCGTCCTGTGGGCGGTAGCTGCTGGCAAACAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCACTGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGACTATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGA > CP042583/614307‑614864 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |