Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 630,231 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 630,231 | 0 | A | T | 99.6% | 661.8 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (133/144); total (135/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 630,232 | 0 | G | C | 98.9% | 661.1 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (133/142); minor base A (2/1); total (135/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.13e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 630,233 | 0 | T | A | 99.6% | 660.6 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (135/143); minor base G (0/1); total (135/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 |
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
GGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGCGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACAGCCTTACCGCCTGGCTGAACGGTCTGAGTGGAAGTAACGCGCTGTTGCTGGGTGCCA‑TTCTCGGTTTTATGTGTTCCTTTGACCTTGGAGGGCCAGTGAATAAAGCCGCTTATGCATTCTGCCTGGGCGCAATGGCGAACGGCGTTTACGGCCCGTA‑TGCCATTTTCGCCTCCGTCAAAATGGTTAGCGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCG > CP042583/629951‑630506 ||| ggCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGCGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCGCCTGGCGGAACGGTCTGTCAGGAAGt > 1:2725616/1‑289 (MQ=255) tAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGCGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCGCCTGGCTGAACGGTCTGTCAGGAAGTAAcgcg < 1:2723253/289‑1 (MQ=255) tAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGCGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCGCCTGGCTGAACGGTCTGTCAGGAAGTAAcg < 2:1933917/287‑1 (MQ=255) gTTAGCGCCAGGCTTTGCGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTATTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCGCCTGGCTGTACGGTCTGTAAGGAAGTAACGCGGTGTTGCTg > 2:495923/1‑289 (MQ=255) tcgcCAGGCGTAGCGGCTGGAGTTGCCGCCAACATGATCGGATCCGAGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGACTGATAGCCGGTTACTTGCTGCGCTGGGTGAAATGTGACTTGCGTCTTAGAAGTAAATTCAATGGCTTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTAGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACGGGCTTACCGACTGGCTGAACGGTCTGTCAGGAAGTAACGCGCTGTTGCTGGGTg < 2:252860/288‑1 (MQ=255) cttgtcGGCTGGACTTGCCGCAGACATGATCGGATCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCGCCTGGCTGAACGGTCTGTCAGGAAGTAACGCGCTGTTGCTGGGTGCCA‑Ttct < 2:1997510/283‑1 (MQ=255) tGCGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCGCCTGGCTGAACGGTCTGTCAGGAAGTAACGCGCTGTTGCTGGGTGCCA‑TTCTCGGt < 2:552227/289‑1 (MQ=255) tGCGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCGCCTGGCTGAACGGTCTGTCAGGAAGTAACGCGCTGTTGCTGGGTGCCA‑GTCTCGGt > 1:1058362/1‑289 (MQ=255) gCGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGGTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATCACTCGCTTACCGCCTGGCTGAACGGTCTGTCAGGAAGTAACGCGCTGTTGCTGGGGTCCA‑GTCTCGGtt > 2:22504/1‑289 (MQ=255) gATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCGCCTGGCTGAACGGTCTGTCAGGAAGTAACGCGCTGTTGCTGGGTGCCA‑TTCTCGGTTTTATGTGTTCCTTTGACCTTGGa > 1:571123/1‑289 (MQ=255) 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tCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCGCCTGGCTGAACGGTCTGTCAGGAAGTAACGCGCTGTTGCTGGGTGCCA‑TTCTCGGTTTTATGTGTTCCTTTGACCTTGGAGGGCCa < 1:1021917/288‑1 (MQ=255) tCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTAGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGCTCAATAACTCGCTTACCGCCTGGCTGAACGGTCTGTCAGTAAGTAACGCGCTGTTGCTTGTTGCAC‑TGCTGGGTTTTAGGTGTTCTTTTGACCTTGGATGTCCat > 1:132015/1‑288 (MQ=255) ctcGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGATAGCCGGTTCCTTAATCCGCTGGGTGAAACATCACTTGCGTACCCGCAGTAAATTCAATGGCTTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACCTTGGGAGCGGGAAGTCTGATGCTGCATGTGGTGGGGGAACCCGTCGCCTGGATCACTAACCCGCTTACCGCGTGGCGGACCGGTCTGTCAGGAAGTAACGCTATGTTGCTGAGTGCAAGTTCT‑GGTGTTCTTAGTTCCGTTCACCTTGGATGGcagcttaataac > 2:2054447/1‑277 (MQ=255) 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aTTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCGCCTGGCTGAACGGTCTGTCAGGAAGTAACGCGCTGTTGCTGGGTGcc < 2:1160193/220‑1 (MQ=255) aTTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCGCCTGGCTGAACGGTCTGTCAGGAAGTAACGCGCTGTTGCTGGGTGCCA‑TTCTCGGTTTTATGTGTTCCTTTGACCTTGGAGGGCCa > 2:2303019/1‑259 (MQ=255) aTTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCGCCTGGCTGAACGGTCTGTCAGGAAGTAACGCGCTGTTGCTGGGTGCCA‑TTCTCGGTTTTATGTGTTCCTTTGACCTTGGAGGGCCAGTGAATAAAGCCGCTTATGCAtt < 1:2292305/282‑1 (MQ=255) aTTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCGGGATCAATAACTCGCTTACCGCCTGGCTGAACGGTCTGTCAGGAAGTAACGCGCTGTTGCTGGGTGCCA‑TTCTCGGTTTTATGTGTTCCTTTGACCTTGGAGGGCCAGTGAATAAAGCGGCTTATGCATTCTGCCTg > 1:2447962/1‑289 (MQ=255) aTAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCGCCTGGCTGAACGGTCTGTCAGGAAGTAACGCGCTGTTGCTGGGTGCCA‑TTCTCGGTTTTATGTGTTCCTTTGACCTTGGAg < 2:710408/250‑1 (MQ=255) ggTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCGCCTGGCTGAACGGTCTGTCAGGAAGTAACGCGCTGTTGCTGGGTGCCA‑TTCTCGGTTTTATGTGTTCCTTTGACCTTGGAGGGCCAGTGAATaa > 2:1349333/1‑257 (MQ=255) 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aCTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCGCCTGGCTGAACGGTCTGTCAGGAAGTAACGCGCTGTTGCTGGGTGCCA‑TTCTCGGTTTTAtgtg > 1:1829078/1‑223 (MQ=255) tGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCGCCTGGCTGAACGGTCTGTCAGGAAGTAACGCGCTGTTGCTGGGTGCCA‑TTCTCGGTTTTATGTGTTCCTTTGACCTTGGAGGGCCAGTGAATAAAGCCGCTTATGCATTCTGCCTGGGCGCAATGGCGAACgg < 2:373247/289‑1 (MQ=255) gcgcTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCGCCTGGCTGAACGGTCTGTCAGGAAGTAACGCGCTGTTGCTGGGTGCCA‑TTCTCGGTTTTATGTGTTCCTTTGACCTTGGAGGGCCAGTGAATAAAGCCGCTTATGCATTCTGCCTGGGCGCAATGGCGAACGGCGtt > 1:1206066/1‑289 (MQ=255) 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cGGTCTGTCAGGAAGTAACGCGCTGTTGCTGGGTGCCA‑TTCTCGGTTTTATGTGTTCCTTTGACCTTGGAGGGCCAGTGAATAAAGCCGCTTATGCATTCTGCCTGGGCGCAATGGCGAACGGCGTTTACGGCCCGTA‑TGCCATTTTCGCCTCCGTCAAAATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGACACCGGGAAATCCACCt > 1:2366321/1‑248 (MQ=255) ||| GGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGCGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACAGCCTTACCGCCTGGCTGAACGGTCTGAGTGGAAGTAACGCGCTGTTGCTGGGTGCCA‑TTCTCGGTTTTATGTGTTCCTTTGACCTTGGAGGGCCAGTGAATAAAGCCGCTTATGCATTCTGCCTGGGCGCAATGGCGAACGGCGTTTACGGCCCGTA‑TGCCATTTTCGCCTCCGTCAAAATGGTTAGCGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCG > CP042583/629951‑630506 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |