| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 630,606 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 630,606 | 0 | A | T | 100.0% | 603.7 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (129/122); total (129/122) | |||||||||||
| * | CP042583 | 630,607 | 0 | G | C | 99.6% | 581.8 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (127/122); total (129/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 630,608 | 0 | C | G | 100.0% | 594.2 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (129/122); total (129/122) | |||||||||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
GGCGCAATGGCGAACGGCGTTTACGGCCCGTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAAAATGGTTAGCGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTAGCTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTAGCACACCCGGTGCCGGCATTTTCAGCCTCTTTTTACTTCATGATAATGGCGCGGGCGGTGTTATGGCGGCAATTGGCTGGTTTGGCGCGGCATTGGTGGGGGCTGCAATC‑AGCACTGCAATTCTCCTGATGTGGCGGCGTCACGCGGTTAAGCATGGCAACTATCTGACTGATGGCGTAATGCCATAAACAAAAAGGAAACGACGATGAAAGCAGTATCTCGCGTTCACATCACCCCGCATATGCACTGGGATCGAGAGTGGTATTTCACCACCGAAGA > CP042583/630330‑630885 ||| ggCGCAATGGCGAACGGCGTTTACGGCCCGTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAAAATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGt > 1:816091/1‑288 (MQ=255)ggCGCAATGGCGAACGGCGTTTACGGCCCGTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAAAATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGt < 2:1997913/288‑1 (MQ=255) aCGGCGTTTACGGCCCGTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAAAATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTctc < 2:419119/289‑3 (MQ=255) tACGGCCCGTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAAAATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCtttt < 2:130433/289‑1 (MQ=255) cccttagtcacttttCGCTTCCGTCACAATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACtt < 2:2683350/278‑1 (MQ=255) cccGTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAAAATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACtt < 2:816091/289‑1 (MQ=255) gTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAAAATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGCTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGGAACGGGCGTTATTGTCGGTGCGATGAATAGCGGCCTTTCGACATCCGCTGTCGGCATTTTCTCGCTCTTttcatttcat > 2:504824/1‑289 (MQ=255) ttCGCCTCCGTCAGAATGGTTTAGGAATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAAGCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGATAATGgcg < 2:2216490/289‑1 (MQ=255) tacGCCTCCGTCAAAATGGTTTCGTCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGATAATGgcg < 1:1697301/287‑1 (MQ=255) tCGCCTCCGTCAAAATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGATAATGgcgc > 1:1777985/1‑289 (MQ=255) ccTCCGTCAAAATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGATAATGGCgcggg < 1:395874/289‑1 (MQ=255) ccTCCGTCAAAATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGATAATGGCgcggg < 2:1876234/289‑1 (MQ=255) ttCCGTCAAAAGGGTGTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGGACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGGCCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGATAATGGCgcggg < 2:1667913/287‑1 (MQ=255) cGTCAAAATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGATAATGGCGCGGGCGgt > 1:2545371/1‑289 (MQ=255) tACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTg > 1:443138/1‑221 (MQ=255) aCCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGATAATGGCGCGGGCGGTGTTATGGCGGCAATTGGCTGGTTTGgcg < 2:1783622/289‑1 (MQ=255) cTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTTCGGGTTATCGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTCGGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCCGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGTGAATGGCGCGGGCGGGTGTAGGGCGGGACTTTGCTTGGTTGGCGCgg > 2:1921124/1‑288 (MQ=255) ttCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGATAATGGCGCGGGCGGTGTTATGGCGGCAATTGGCTGGTTTGGCGCGGCa < 1:1706835/289‑1 (MQ=255) ttCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATAGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCCTTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGCTAATGGCGCGGGCGGGGTTATGGCGGGCATTGGCGTGGTTGgccgggga > 2:1449619/1‑283 (MQ=255) 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cGCACCGGGCCTGTTTAAGGGGTTTGAAATTGGGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAGGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGATAATGGCGCGGGCGGTGTTATGGCGGCAATTGGCTGGTTTGGCGCGGCATTGGTGGGGGCt < 2:1211632/289‑1 (MQ=255) cGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGATAATGGCGCGGGCGGTGTTATGGCGGCAATTGGCTGGTTTGGCTCGGCATTGGTgggg > 1:2561585/1‑286 (MQ=255) gcgcCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGATAATGGCGCGGGCGGTGTTATGGCGGCAATTGGCTGGTTTGGCGCGGCATTGGTGGGGGCTGCAAt > 2:714534/1‑288 (MQ=255) 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ttGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGATAATGgc > 1:1757636/1‑212 (MQ=255) gagaCCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCtttt > 1:1055617/1‑187 (MQ=255) gAAATCAACCGGGCTGTTGGGGCTGGAAGGTCTTACCGACGGGGCGCTCCCGATGGGGATTGAGGATCGGCGGCGGGTTTTTGGTGCGTTTGTGCTGGGCTCTAGGGTACCGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGATAATGGCGCGGGCGGTGTTATGGCGGCAATTGGCTGGTTTGGCGCGGCATTGGTGGGGGCTGCAATC‑TCGACTGCAATTCTCCTGATGTGGCGGCGTCa < 2:2078217/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |