Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 645,603 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 645,603 | 0 | A | T | 100.0% | 792.1 / NA | 329 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 645,604 | 0 | G | C | 99.7% | 779.8 / NA | 329 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (183/145); minor base T (0/1); total (183/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 645,605 | 0 | T | A | 99.4% | 784.1 / NA | 329 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (183/143); minor base C (0/2); total (183/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
TCGTCGTCTACGCCAACACTTCTGCTGCGGTAAAAGCGCGCGCAGATTGGGTGGTAACTAGTAGCATTGCCGTCGAACTTATTGATCATCTTGATAGTTTGGGTGAAAAAATCATCTGGGCACCCGACAAACATCTGGGGCGTTACGTGCAAAAACAGACGGGTGGAGACATTCTATGCTGGCAGGGTGCCTGTATTGTGCATGATGAATTTAAGACTCAGGCGTTAACCCGCTTGCAAGAAGAATACCCGGATGCTGCCATACTGGTGCATCCAGAAAGTCCACAAGCTATTGTCGATATGGCGGATGCGGTCGGTTCCACCAGTCAACTGATCGCTGCTGCGAAAACATTGCCACATCAGAGGCTTATTGTGGCAACCGATCGGGGTATTTTCTACAAAATGCAGCAGGCGGTGCCAGATAAAGAGTTACTGGAAGCACCAACCGCAGGTGAGGGTGCAACCTGCCGCAGCTGCGCGCATTGTCCGTGGATGGCCATGAATGGCCTTCAGGCCATCGCAGAGGCATTAGAACAGGAAGGAAGCAATCACGAGGTTCAT > CP042583/645325‑645884 ||| tcgtcTACGCCAACACTTCTGCTGCGGTAAAAGCGCGCGCAGATTGGGTGGTAACTTCAAGCATTGCCGTCGAACTTATTGATCATCTTGATAGTTTGGGTGAAAAAATCATCTGGGCACCCGACAAACATCTGGGGCGTTACGTGCAAAAACAGACGGGTGGAGACATTCTATGCTGGCAGGGTGCCTGTATTGTGCATGATGAATTTAAGACTCAGGCGTTAACCCGCTTGCAAGAAGAATACCCGGATGCTGCCATACTGGTGCATCCAGAATCACCACAAGCTAt > 1:1936076/1‑289 (MQ=255) tcgtcTACGCCAACACTTCTGCTGCGGTAAAAGCGCGCGCAGATGGGGTGGTAACTTCAAGCATTGCCGTCGAACTTATTGATCATCTTGATAGTTTGGGTGAAAAAAGCATCTGGGCACCCGACAAACATCTGGGGCGTTACGTGCAAAAACAGACGGGTGGAGACATTCTATGCTGGCAGGGTGCCTGTATTGTGCATGATGAATTTAAGACTCAGGCGTTAACCCGCTTGCATGAAGAAGACCCGGATGCTGCCAGACGGGTGCATCCAGAATCACCACAAGCTAt > 2:1848274/1‑289 (MQ=255) cgtcTACGCCAACACTTCTGCTGCGGTAAAAGCGCGCGCAGATTGGGTGGTAACTTCAAGCATTGCCGTCGAACTTATTGATCATCTTGATAGTTTGGGTGAAAAAATCATCTGGGCACCCGACAAACATCTGGGGCGTTACGTGCAAAAACAGACGGGTGGAGACATTCTATGCTGGCAGGGTGCCTGTATTGTGCATGATGAATTTAAGACTCAGGCGTTAACCCGCTTGCAAGAAGAATACCCGGATGCTGCCATACTGGTGCATCCAGAATCACCACAAGCTAt < 1:717425/288‑1 (MQ=255) cGCCAACACTTCTGCTGCGGTAAAAGCGCGCGCAGATTGGGTGGTAACTTCAAGCATTGCCGTCGAACTTATTGATCATCTTGATAGTTTGGGTGAAAAAATCATCTGGGCACCCGACAAACATCTGGGGCGTTACGTGCAAAAACAGACGGGTGGAGACATTCTATGCTGGCAGGGTGCCTGTATTGTGCATGATGAATTTAAGACTCAGGCGTTAACCCGCTTGCAAGAAGAATACCCGGATGCTGCCATACTGGTGCATCCAGAATCACCACAAGCTATTGTCGat > 1:458139/1‑289 (MQ=255) ggcgtaaaaaGAGCGCGCAGATTGGGTGGTAACGTCAAGCATTGCCGTCGAACTTATTGATCATCTTGATAGTTTGGGTAAAAAAATCATCTGGGCACCCGACAAACATCTGGGGCGTTACGTGCAAAAACAGACGGGTGGAGACATTCTATGCTGGCAGGGTGGCTGTATTGTGCATGATGAATTTAAGACTCAGGCGTTAACCCGCTTGCAAGAAGAATACCCGGATGCTGCCATACTGGTGCATCCAGAATCACCACAAGCTATTGTCGATATGGCGGATGcggt < 2:1371431/282‑1 (MQ=255) cGGTAAAAGCGCGCGCAGATTGGGTGGTAACTTCAAGCATTGCCGTCGAACTTATTGATCATCTTGATAGTTTGGGTGAAAAAATCATCTGGGCACCCGACAAACATCTGGGGCGTTACGTGCAAAAACAGACGGGTGGAGACATTCTATGCTGGCAGGGTGCCTGTATTGTGCATGATGAATTTAAGACTCAGGCGTTAACCCGCTTGCAAGAAGAATACCCGGATGCTGCCATACTGGTGCATCCAGAATCACCACAAGCTATTGTCGATATGGCGGATGcggtcgg > 2:801053/1‑289 (MQ=255) aaaaGCGAGGGCAGATTGGGTGGTAACTGCACGCATTGCCGTCGAACTTATTGATCATCTTGCTAGTTTGGGTGAAAAAATCATCTGGGCACCCGACAAACATCTGGGGCGTTACGTGCAAAAACAGACGGGTGGAGACATTCTATGCTGGCAGGGTGCCTGTATTGTGCATGATGAATTTAAGACTCAGGCGTTAACCCGCTTGCAAGAAGAATACCCGGATGCTGCCATACTGGTGCATCCAGAATCACCACAAGCTATTGTCGATATGGCGGATGCGGTCGGTTc < 2:693422/288‑1 (MQ=255) gcgcgcAGATTGGGTGGTAACTTCAAGCATTGCCGTCGAACTTATTGATCATCTTGATAGTTTGGGTGAAAAAATCATCTGGGCACCCGACAAACATCTGGGGCGTTACGTGCAAAAACAGACGGGTGGAGACATTCTATGCTGGCAGGGTGCCTGTATTGTGCATGATGAATTTAAGACTCAGGCGTTAACCCGCTTGCAAGAAGAATACCCGGATGCTGCCATACTGGTGCATCCAGAATCACCACAAGCTATTGTCGATATGGCGGATGCGGTCGGTTCCACCAg > 1:1854826/1‑288 (MQ=255) ttGGGTGGTAACTTCAAGCATTGCCGTCGAACTTATTGATCATCTTGATAGTTTGGGTGAAAAAATCATCTGGGCACCCGACAAACATCTGGGGCGTTACGTGCAAAAACAGACGGGTGGAGACATTCTATGCTGGCAGGGTGCCTGTATTGTGCATGATGAATTTAAGACTCAGGCGTTAACCCGCTTGCAAGAAGAATACCCGGATGCTGCCATACTGGTGCATCCAGAATCACCACAAGCGATTGTCGATATGGCGGATGCGGTCGGTTCCACCAGTCAACTGAt < 2:187152/288‑1 (MQ=255) gCATTGCCGTCGAACTTATTGATCATCTTGATAGTTTGGGTGAAAAAATCATCTGGGCACCCGACAAACATCTGGGGCGTTACGTGCAAAAACAGACGGGTGGAGACATTCTATGCTGGCAGGGTGCCTGTATTGTGCATGATGAATTTAAGACTCAGGCGTTAACCCGCTTGCAAGAAGAATACCCGGATGCTGCCATACTGGTGCATCCAGAATCACCACAAGCTATTGTCGATATGGCGGATGCGGTCGGTTCCACCAGTCAACTGATCGCTGCTGCGAAAACAtt > 2:1449853/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |