Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,995,569 | Δ1 bp | 10.5% | coding (1185/1272 nt) | bkdB → | branched‑chain alpha‑keto acid dehydrogenase complex lipoamide acyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,995,569 | 0 | C | . | 10.5% | 113.1 / 8.5 | 38 | coding (1185/1272 nt) | bkdB | branched‑chain alpha‑keto acid dehydrogenase complex lipoamide acyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/15); new base . (2/2); total (21/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 |
GCGCCCTGGGTGGCATTGTCAGCACGCCGGTGGTCAACACCCCGGAAGTGGCAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTACCCTGTTGATCATCGGCGGCGGCCCTGGCGGCTAT > NC_002947/4995421‑4995715 | gcgcCCTGGGTGGCATTGTCAGCACGCCGGTGGTCAACACCCCGGAAGTGGCAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGaccacc < 1:134734/150‑1 (MQ=255) cGCCGGTGGTCAACACCCCGGAAGTGGCAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATgccg < 1:565725/150‑1 (MQ=255) gtCAACACCCCGGAAGTGGCAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTc > 1:288457/1‑150 (MQ=255) aaCACCCCGGAAGTGGCAATCGTCTGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATc > 2:316659/1‑150 (MQ=255) ccacCCCGGAAGTGGCAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATcc > 2:546929/2‑150 (MQ=255) cacCCCGGAAGTGGCAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCa < 2:570653/150‑1 (MQ=255) acCCCGGAAGTGGCAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAg < 1:300773/150‑1 (MQ=255) acCCCGGAAGTGGCAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAg > 2:797145/1‑150 (MQ=255) cGGCAGTGGCACTAGTCGGGGTAAACCGCATGGTCGAACGGCCAGGGGTGATGTACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCg > 2:729925/1‑150 (MQ=255) aaTCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCt > 2:200083/1‑150 (MQ=255) aaTCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCt > 2:199718/1‑150 (MQ=255) gtcgGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTc < 2:625020/150‑1 (MQ=255) ccGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCgc > 2:434111/1‑150 (MQ=255) aCGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTgg > 1:519948/1‑120 (MQ=255) aCGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTgg < 2:519948/120‑1 (MQ=255) ccAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAg < 1:200083/150‑1 (MQ=255) ccAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAg < 1:199718/150‑1 (MQ=255) tgATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGt > 1:160066/1‑139 (MQ=255) tgATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGt < 2:160066/139‑1 (MQ=255) aTCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGc > 2:457555/1‑150 (MQ=255) gcgcAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTccc < 1:797145/150‑1 (MQ=255) aaGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGcc < 1:212691/85‑1 (MQ=255) aaGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGcc > 2:212691/1‑85 (MQ=255) aGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTACCCTGtt < 2:623923/150‑1 (MQ=255) gatgaACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTACCCTGTTGatc > 1:66651/1‑150 (MQ=255) gatgaACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTACCCTGTTGatc < 2:66651/150‑1 (MQ=255) gTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGaacaac < 1:550668/83‑1 (MQ=255) gTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGaacaac > 2:550668/1‑83 (MQ=255) cAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGATCATGCAACAGATTATCCAGACTACCCTGTTGATCATCggcggcggc > 2:417940/1‑150 (MQ=255) cAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTACCCTGTTGATCATCggcggcggc > 2:633328/1‑150 (MQ=255) tCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTg > 2:335385/1‑93 (MQ=255) tCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTg < 1:335385/93‑1 (MQ=255) gTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTg < 1:673271/91‑1 (MQ=255) gTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTg > 2:673271/1‑91 (MQ=255) gTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTACCCTGTTGATCATCGGCGGCGGCCCTggc > 2:319446/1‑150 (MQ=255) catCGACCA‑CGCGGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTACCCTGTTGatcatc > 2:437345/3‑135 (MQ=255) catCGACCA‑CGCGGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTACCCTGTTGatcatc < 1:437345/133‑1 (MQ=255) tCGACCA‑CGCGGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCAt < 2:200837/99‑1 (MQ=255) tCGACCA‑CGCGGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCAt > 1:200837/1‑99 (MQ=255) ccaccGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCAt > 1:704238/1‑95 (MQ=255) ccaccGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCAt < 2:704238/95‑1 (MQ=255) ccaccGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCACCGAGGTCGTACGTGACCAGTGTGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTACCCTGTTGATCATCGGCGGCGGCCCTGGCGGCTAt < 1:729925/150‑1 (MQ=255) | GCGCCCTGGGTGGCATTGTCAGCACGCCGGTGGTCAACACCCCGGAAGTGGCAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTACCCTGTTGATCATCGGCGGCGGCCCTGGCGGCTAT > NC_002947/4995421‑4995715 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |