| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,171,893 | Δ1 bp | 8.2% | coding (465/1836 nt) | glmS ← | L‑glutamine/D‑fructose‑6‑phosphate aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,171,893 | 0 | G | . | 8.2% | 151.6 / 8.0 | 49 | coding (465/1836 nt) | glmS | L‑glutamine/D‑fructose‑6‑phosphate aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/25); new base . (2/2); total (22/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
TCAGTAACCTGACGCAGCGCCAGCTGGTCGGACGCCAGGAAGTTCTCGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTC > NC_002947/6171750‑6172039 | tCAGTAACCTGACGCAGCGCCAGCTGGTCGGACGCCAGGAAGTTCTCGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑gg < 1:36065/150‑1 (MQ=255)tCAGTAACCTGACGCAGCGCCAGCTGGTCGGACGCCAAGAAGTTCTCGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑gg < 1:167608/150‑1 (MQ=255) tGACGCAGCGCCAGCTGGTCGGACGCCAGGAAGTTCTCGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCAcc < 1:732275/150‑1 (MQ=255) ccAGCTGGTCGGACGCCAGGAAGTTCTCGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTATCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTaa < 1:607830/150‑1 (MQ=255) aGCTGGTCAGAAGAAAGGTAGTGCTGCCCAGGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAgg < 2:569000/150‑1 (MQ=255) tCGGACGCCAGGAAGTTCTCGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCg > 2:180341/1‑150 (MQ=255) cGGACGCCAGGAAGTTCTCGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGACGCCCTTAAGGcggcgg < 1:756812/150‑1 (MQ=255) ccAGGAAGTTCTCGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTGAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGACGCCCTTAAGGCGGCGGtgaagc < 1:136895/150‑6 (MQ=255) cAGGAAGTTCTCGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGCTGGGGAGCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGTTTCACAGACGAAATAAGGGCGTCGGTCAGGTc > 1:772881/1‑150 (MQ=255) tctcGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCC‑TGCACGGCGCttac > 2:478107/1‑112 (MQ=255) tctcGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCC‑TGCACGGCGCttac < 1:478107/114‑3 (MQ=255) cGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGctct > 1:10721/1‑150 (MQ=255) gCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑gg < 2:716718/97‑1 (MQ=255) gCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑gg > 1:716718/1‑97 (MQ=255) gATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAggg < 2:395318/140‑1 (MQ=255) gATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAggg > 1:395318/1‑140 (MQ=255) aCCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAgg < 1:426963/150‑1 (MQ=255) cAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTg > 2:455775/1‑150 (MQ=255) gCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGAt < 2:10721/150‑1 (MQ=255) tACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGa > 1:79255/1‑150 (MQ=255) tACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGa < 1:180341/150‑1 (MQ=255) tACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTATTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGa < 2:78064/150‑1 (MQ=255) cACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGt > 1:95742/1‑66 (MQ=255) cACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGt < 2:95742/66‑1 (MQ=255) cACTGCATGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCCGCGCCACCCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCCTAAGGGCGTCGGTCAGATCTGGAATGCGCTTCAGGGAGTGGTGGATCAGGTGGACGATGAcat > 2:215915/1‑148 (MQ=255) aCTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTc < 2:79255/150‑1 (MQ=255) ttGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCg > 2:399601/2‑150 (MQ=255) tGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑Ggcgc > 1:613272/1‑71 (MQ=255) tGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑Ggcgc < 2:613272/71‑1 (MQ=255) gTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTAt < 2:655742/150‑1 (MQ=255) ccaccaGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCt > 1:700248/1‑150 (MQ=255) gTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGCCGATGACTTCGGTATTGGTCGGCGAAGTCaa < 2:772881/150‑1 (MQ=255) gTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTAAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGaa > 1:647367/1‑150 (MQ=255) tCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAg > 1:505651/1‑150 (MQ=255) tgctTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAg < 1:399601/150‑1 (MQ=255) ttGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGccc < 1:108868/150‑1 (MQ=255) cTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATa < 1:255635/140‑1 (MQ=255) cTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATa > 2:255635/1‑140 (MQ=255) aTCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTgtgg > 1:286292/1‑87 (MQ=255) aTCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTgtgg < 2:286292/87‑1 (MQ=255) tCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATATCCCAGGCCCTTCa > 2:221848/1‑150 (MQ=255) cAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCg < 2:429502/103‑1 (MQ=255) cAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCg > 1:429502/1‑103 (MQ=255) ggtgaaGCGCC‑TGCACGGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCgcgc < 2:442230/146‑1 (MQ=255) ggtgaaGCGCC‑TGCACGGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCgcgc > 1:442230/5‑150 (MQ=255) cGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATATCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCa < 1:221848/150‑1 (MQ=255) tAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCCAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGc > 2:543905/1‑150 (MQ=255) cgcCGTGCA‑GGAGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGACGTAAAAGCGTAGCGCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGctcct > 2:662382/1‑150 (MQ=255) gcCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTGAATGGCGTCGGTCAGGTCTGGATTGCTCTTCAGGGTCTGCCGATTTAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGctcctc < 1:215915/150‑1 (MQ=255) | TCAGTAACCTGACGCAGCGCCAGCTGGTCGGACGCCAGGAAGTTCTCGCCAAGGCCCAGGCCGATAACCAGCGGGCTACCACTGCGTGCTGCCACCAGGCGGTCCGGCTGCTTGGCACTGATCAGCGCCAGGCCGTAAGCGCCGTGCA‑GGCGCTTCACCGCCGCCTTAAGGGCGTCGGTCAGGTCTGGAATGCTCTTCAGGGTGTGGTGGATCAGGTGGACGATGACTTCGGTATCGGTCTGCGAAGTGAAGACATAGCCCAGGCCCTTCAGCTCTTCGCGCAGCTCCTC > NC_002947/6171750‑6172039 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |