Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,060,105:1 | +T | 9.1% | coding (248/891 nt) | iciA → | chromosome initiation inhibitor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,060,105 | 1 | . | T | 9.1% | 158.2 / 11.0 | 44 | coding (248/891 nt) | iciA | chromosome initiation inhibitor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (20/20); new base T (2/2); total (22/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 |
ATCAAGTTGCTTGAGGCGCGGGTCGGCCAGCCGGTGCTGGTACGTGCCTCGCCGCCCGGCGCGACCGAAGTCGGCCGCCAGCTACTCAACCATGTGCAGCAGGTGCGCCTGCTCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCTGGTGGGCCGGCGCGGTGGGCAACTTCTGCGCACAACAGAACGTGCTGACCGACCTGGTGGTTGAGGACCAGGAAGTGGGC > NC_002947/1059966‑1060253 | aTCAAGTTGCTTGAGGCGCGGGTCGGCCAGCCGGTGCTGGTACGTGCCTCGCCGCCCGGCGCGACCGAAGTCGGCCGCCAGCTACTCAACCATGTGCAGCAGGTGCGCCTGCTCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGAc > 2:385283/1‑150 (MQ=255) tCAAGTTGCTTGAGGCGCGGGTCGGCCAGCCGGTGCTGGTACGTGCCTCGCCGCCCGGCGCGACCGAAGTCGGCCGCCAGCTACTCAACCATGTGCAGCAGGTGCGCCTGCTCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACg > 1:593107/1‑150 (MQ=255) aaGTTGCTTGAGGCGCGGGTCGGCCAGCCGGTGCTGGTACGTGCCTCGCCGCCCGGCGCGACCGAAGTCGGCCGCCAGCTACTCAACCATGTGCAGCAGGTGCGCCTGCTCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGaa > 1:768765/1‑150 (MQ=255) tGCTTGAGGCGCGGGTCGGCCAGCCGGTGCTGGTACGTGCCTCGCCGCCCGGCGCGACCGAAGTCGGCCGCCAGCTACTCAACCATGTGCAGCAGGTGCGCCTGCTCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAgg < 1:194483/150‑1 (MQ=255) gAGGCGCGGGTCGGCCAGCCGGTGCTGGTACGTGCCTCGCCGCCCGGCGCGACCGAAGTCGGCCGCCAGCTACTCAACCATGTGCAGCAGGTGCGCCTGCTCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATg < 2:593107/150‑1 (MQ=255) gcgGGTCGGCCAGCCGGTGCTGGTACGTGCCTCGCCGCCCGGCGCGACCGAAGTCGGCCGCCAGCTACTCAACCATGTGCAGCAGGTGCGCCTGCTCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGa < 1:721658/150‑1 (MQ=255) gTGCTGGTACGTGCCTCGCCGCCCGGCGCGACCGAAGTCGGCCGCCAGCTACTCAACCATGTGCAGCAGGTGCGCCTGCTCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGcc > 2:161518/1‑150 (MQ=255) gTGCTGGTACGTGCCTCGCCGCCCGGCGCGACCGAAGTCGGCCGCCAGCTACTCAACCATGTGCAGCAGGTGCGCCTGCTCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGcc > 1:367516/1‑150 (MQ=255) tGGTACGTGCCTCGCCGCCCGGCGCGACCGAAGTCGGCCGCCAGCTACTCAACCATGTGCAGCAGGTGCGCCTGCTCGAACGCGGCCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCa > 1:133408/1‑150 (MQ=255) tCGCCGCCCGGCGCGACCGAAGTCGGCCGCCAGCTACTCAACCATGTGCAGCAGGTGCGCCTGCTCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGAGAGc > 1:532954/1‑150 (MQ=255) ccGGCGCGACCGAAGTCGGCCGCCAGCTACTCAACCATGTGCAGCAGGTGCGCCTGCTCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCg > 2:111745/1‑110 (MQ=255) ccGGCGCGACCGAAGTCGGCCGCCAGCTACTCAACCATGTGCAGCAGGTGCGCCTGCTCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCg < 1:111745/110‑1 (MQ=255) cgACCGAAGTCGGCCGCCAGCTACTCAACCATGTGCAGCAGGTGCGCCTGCTCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCtggt < 1:161518/150‑1 (MQ=255) gACCGAAGTCGGCCGCCAGCTACTCAACCATGTGCAGCAGGTGCGCCTGCTCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCtggtg < 2:741041/150‑1 (MQ=255) gACCGAAGTCGGCCGCCAGCTACTCAACCATGTGCAGCAGGTGCGCCTGCTCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCtggtg > 1:717179/1‑150 (MQ=255) cGAAGTGGGCCGCAGGCTACTCAACGCTGTGCAGCAGGTGCGCCTGCCCGTACGCTACCTGCAGCTCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCTTCGCCCTCAACTCCGATAGCCTGGCCACCTGGTGGGc < 2:278817/150‑1 (MQ=255) cGGCCGCCAGCTACTCAACCATGTGCAGCAGGTGCGCCTGCTCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCACTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCTGGTGGGCCGgcgc < 2:67726/150‑1 (MQ=255) gccgccAGCTACTCAACCATGTGCAGCAGGTGCGCCTGCTCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCTGGTGGGCCGGCGCgg > 1:351380/1‑150 (MQ=255) gccAGCTACTCAACCATGTGCAGCAGGTGCGCCTGCTCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCTGGTGGGCCGGCGCGGTgg < 1:86648/150‑1 (MQ=255) cTACTCAACCATGTGCAGCAGGTGCGCCTGCTCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCTGGTGGGCCGGCGCGGTGGGCAAc < 1:581689/150‑1 (MQ=255) tCAACCATGTGCAGCAGGTGCGCCTGCTCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGcc > 1:177326/1‑107 (MQ=255) tCAACCATGTGCAGCAGGTGCGCCTGCTCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGcc < 2:177326/107‑1 (MQ=255) ccATGTGCAGCAGGTGCGCCTGCTCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCTGGTGGGCCGGCGCGGt < 1:171245/135‑1 (MQ=255) ccATGTGCAGCAGGTGCGCCTGCTCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCTGGTGGGCCGGCGCGGt > 2:171245/1‑135 (MQ=255) tgCAGCAGGTGCGCCTGCTCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCTGGTGGGCCGGCGCGGTGGGCAACTTCTGCGCacaac < 1:32021/150‑1 (MQ=255) cagGTGCGCCTGCTCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCTGGTGGGCCGGCGCGGTGGGCAACTTCTGCGCACAACAGAAc < 2:798454/150‑1 (MQ=255) cTGCTCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCTGGTGGGCCGGCGCGGTGGGCAACTTCTGCGCACAACAGAACGTGCTgacc > 1:704886/1‑150 (MQ=255) tGCTCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCTGGTGGGCCGGCGCGGTGGGCAACTTCTGCGCACAACAGAACGTGCTgaccg > 1:741045/1‑150 (MQ=255) gCTCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGCCGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCTGGTGGGCCGGCGCGGTGGGCAACTTCTGCGCACAACAGAACGTGCTgaccga > 2:317070/1‑150 (MQ=255) tCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCTGGTGGGCCGGCGCgg > 1:679191/1‑111 (MQ=255) tCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCTGGTGGGCCGGCGCgg < 2:679191/111‑1 (MQ=255) cgACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATACCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCTGGTGGGCCGGCGCGGTGGGCAACTTCTGCGCACAACAGAACGTGCTGACCGACCTggtggt > 1:458596/1‑150 (MQ=255) gACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCTGGTGGGCCGGCGCGGTGGGCAACTTCTGCGCACAACAGAACGTGCTGACCGACCTGGTGGtt < 2:704886/150‑1 (MQ=255) ccTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCTGGTGGGCCGGCGCGGTGGGCAACTTCTGCGCACAACAGAACGTGCTGACCGACCTGGTGGTTGa < 1:84048/150‑1 (MQ=255) ccTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCTGGTGGGCCGGCGCGGTGGGCAACTTCTGCGCACAACAGAACGTGCTGACCGACCTGGTGGTTGa > 1:278858/1‑150 (MQ=255) ccTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGCCATGACGGACAACCTGCCGGCCGGCCTCAACGCCTAGATCCTGGCCACCTGGTGGGCCGGCGCGGTGGGCAACTTCTGCGCACAACAGAACGTGCTGACCGACCTGGTGGTTGa > 1:14562/1‑150 (MQ=255) tccAGCGCC‑GGTACCTGGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCTGGTGGGCCGGCGCGGTgg > 1:225688/3‑102 (MQ=255) tccAGCGCC‑GGTACCTGGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCTGGTGGGCCGGCGCGGTgg < 2:225688/100‑1 (MQ=255) tccAGCGCC‑GGTACCTGGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCTGGTGGGCCGGCGCGGTGGGCAACTTCTGCGCACAACAGAACGTGCTGACCGACCTGGTGGTTGAgg > 1:255983/3‑150 (MQ=255) gCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCTGGTGGGCCGGCGCGGTGGGCAACTTCTGCGCACAACAGAACGTGCTGACCGACCTGGTGGTTGAGGa < 2:351380/150‑1 (MQ=255) cAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCTGGTGGGCCGGCGCGGTGGGCAACTTCTGCGCACAACAGAACGTGCTGACCGACCTGGTGGTTGAGGAc > 2:391131/1‑150 (MQ=255) gcgcCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCTGGTGGGCCGGCGCGGTGGGCAACTTCTGCGCACAACAGAACGTGCTGACCGACCTGGTGGTTGAGGACCa < 2:741045/150‑1 (MQ=255) gcgccggTACCTGGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCTGGTGGGCCGGCGCGGTGGGCAACTTCTGCGCACAACAGAACGTGCTGACCGACCTGGTGGTTGAGGACCa < 2:255983/145‑1 (MQ=255) tACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCTGGTGGGCCGGCGCGGTGGGCAACTTCTGCGCACAACAGAACGTGCTGACCGACCTGGTGGTTGAGGACCAGGAAGTgg < 2:503036/150‑1 (MQ=255) cc‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCTGGTGGGCCGGCGCGGTGGGCAACTTCTGCGCACAACAGAACGTGCTGACCGACCTGGTGGTTGAGGACCAGGAAGTGGGc < 1:340780/150‑1 (MQ=255) | ATCAAGTTGCTTGAGGCGCGGGTCGGCCAGCCGGTGCTGGTACGTGCCTCGCCGCCCGGCGCGACCGAAGTCGGCCGCCAGCTACTCAACCATGTGCAGCAGGTGCGCCTGCTCGAACGCGACCTGCAGCGCCAGGTACC‑GGCGCTGGACGAAGAGGGCATGCCGGAGCGCCTGCGCATCGCCCTCAACGCCGATAGCCTGGCCACCTGGTGGGCCGGCGCGGTGGGCAACTTCTGCGCACAACAGAACGTGCTGACCGACCTGGTGGTTGAGGACCAGGAAGTGGGC > NC_002947/1059966‑1060253 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |