| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,141,550:1 | +A | 14.7% | coding (424/972 nt) | PP_2757 → | sugar‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,141,550 | 1 | . | A | 14.7% | 107.9 / 15.2 | 34 | coding (424/972 nt) | PP_2757 | sugar‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (14/15); new base A (3/2); total (17/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATGCGGTAATTCAGACCCTCGGTACCCTGAGCGTGATCGACCCCTGGCTCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTACGACGAGTTGAAGAAGGTACTGGCCGATCATCCGCAATTGCAGATCGTCCAGC > NC_002947/3141401‑3141697 | aTGCGGTAATTCAGACCCTCGGTACCCTGAGCGTGATCGACCCCTGGCTCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCcgcg > 2:668340/1‑150 (MQ=255) ggTAATTCAGACCCTCGGTACCCTGAGCGTGATCGACCCCTGGCTCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGtt > 1:425067/1‑150 (MQ=255) ggTAATTCAGACCCTCGGTACCCTGAGCGTGATCGACCCCTGGCTCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGtt < 1:607625/150‑1 (MQ=255) ggTAATTCAGACCCTCGGTACCCTGAGCGTGATCGACCCCGGGCTCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCCCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGtt > 1:761591/1‑150 (MQ=255) gACCCTCGGTACCCTGAGCGTGATCGACCCCTGGCTCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGCCAACG‑CGCGGCCGGCCGCGACGTTgtc > 2:468774/1‑142 (MQ=255) gACCCTCGGTACCCTGAGCGTGATCGACCCCTGGCTCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGCCAACG‑CGCGGCCGGCCGCGACGTTgtc < 1:468774/144‑3 (MQ=255) cccTCGGTACCCTGAGCGTGATCGACCCCTGGCTCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGc < 2:781261/150‑1 (MQ=255) ccTCGGTACCCTGAGCGTGATCGACCCCTGGCTCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCt > 2:670007/1‑150 (MQ=255) ccTGAGCGTGATCGACCCCTGGCTCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGa < 1:668340/150‑1 (MQ=255) gAGCGTGATCGACCCCTGGCTCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGacac < 2:425067/150‑1 (MQ=255) tCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGCCAACG‑CGCGGCCGGCCGCGACGTTgtc < 1:61514/109‑3 (MQ=38) tCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGCCAACG‑CGCGGCCGGCCGCGACGTTgtc > 2:61514/1‑107 (MQ=38) aGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACg > 1:497548/1‑150 (MQ=255) cGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCtt < 1:29338/139‑1 (MQ=255) cGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCtt > 2:29338/1‑139 (MQ=255) cTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACAACACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCg < 2:35676/150‑1 (MQ=255) tttCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGt < 2:497548/150‑1 (MQ=255) ttCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTc > 2:682652/1‑150 (MQ=255) aCCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCtgt > 1:597131/1‑150 (MQ=255) ccATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCt > 2:78807/1‑147 (MQ=255) ccATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCt < 1:78807/147‑1 (MQ=255) aTTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCtgtg > 1:714870/1‑148 (MQ=255) aTTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCtgtg < 2:714870/148‑1 (MQ=255) aTTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCg > 1:445188/1‑150 (MQ=255) gATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGGTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATc < 2:26716/150‑1 (MQ=255) aGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACCCCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGCCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTACGACGAGt < 2:761591/150‑1 (MQ=255) gTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACg > 2:457792/1‑116 (MQ=255) gTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACg < 1:457792/116‑1 (MQ=255) tCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTACGACGAGTTGAAGAAgg > 1:679104/1‑150 (MQ=255) acaacaCCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTACGACGAGTTGAAGAAGGTAc > 1:397116/1‑150 (MQ=255) accaccTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTACGACGAGTTGAAGAAGGTACt > 1:345569/1‑146 (MQ=255) accaccTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTACGACGAGTTGAAGAAGGTACt < 2:345569/146‑1 (MQ=255) ccaccTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCTGCTACGACGAGTTGAAGAAGGTACTGGCCg < 1:786848/150‑1 (MQ=255) tgttCGGCCAACG‑CGCGGCCGGCCGCGACGTTGTCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTACGACGAGTTGCAGAAGGTACTGGCCGat > 2:151854/4‑150 (MQ=38) ggACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTACGACGAGTTGAAGAAGGTACTGGCCGATCATcc < 1:670007/150‑1 (MQ=255) gcg‑cgTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTACGACGAGTTGAAGAAGGTACTGGCCGATCATCCGCAATTGCAGATCGTCCAGc < 2:397116/150‑1 (MQ=255) | ATGCGGTAATTCAGACCCTCGGTACCCTGAGCGTGATCGACCCCTGGCTCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTACGACGAGTTGAAGAAGGTACTGGCCGATCATCCGCAATTGCAGATCGTCCAGC > NC_002947/3141401‑3141697 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |