| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,741,298:1 | +T | 46.7% | intergenic (+489/+263) | gltA → / ← yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,741,298 | 1 | . | T | 46.7% | 44.2 / 64.0 | 30 | intergenic (+489/+263) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (8/8); new base T (9/5); total (17/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.21e-02 | |||||||||||
CTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CC‑TCC‑GCCAAC‑T‑GCATTCGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACAC‑GTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTTG > NC_002947/4741172‑4741441 | ctcctTGATGGTCGTAATGTGTAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATGGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGCG‑CA‑GC‑TTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACACGCCCCGGacac > 2:236350/1‑150 (MQ=255)ctcctTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGacac < 1:272447/150‑1 (MQ=255) gtgCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACAC‑GTCCTCCTGCAGCGCCTc > 1:310621/1‑150 (MQ=255) gcaCGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACAC‑GTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCt > 2:413873/1‑150 (MQ=255) caCGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACAC‑GTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCtt > 1:417499/1‑150 (MQ=255) cggcgTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTT‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACAC‑GTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGgcgc < 1:609419/150‑1 (MQ=255) cgTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TCCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGG‑CACAGGCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCtt > 1:406521/1‑150 (MQ=255) ccGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACAC‑GTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTgg > 2:592232/1‑132 (MQ=255) ccGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACAC‑GTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTgg < 1:592232/132‑1 (MQ=255) ggCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACAC‑GTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACg > 2:88132/1‑150 (MQ=255) aaCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTAGTGCTTGAGCAG‑GT‑TCT‑GCGACG‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACAC‑GTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATAACGGTCACACCGCGATAg > 1:338442/1‑150 (MQ=255) taGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACAC‑Gtcctc > 1:170481/1‑86 (MQ=255) taGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACAC‑Gtcctc < 2:170481/86‑1 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACAC‑GTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTg > 2:162585/1‑103 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACAC‑GTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTg < 1:162585/103‑1 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACAC‑GTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt < 1:88132/150‑1 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACAC‑GTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACg > 2:205341/1‑123 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACAC‑GTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACg < 1:205341/123‑1 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTT‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACAC‑GTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCCCGCTAGGCCCTGTACttc > 2:122950/1‑149 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGAATGAA‑CC‑GT‑TCC‑TGTGAC‑TGGCATGCGGGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACAC‑GTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAc < 2:406521/150‑1 (MQ=255) tctGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACAC‑GTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCgg < 2:310621/150‑1 (MQ=255) ggTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTT‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACAC‑GTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCa < 2:417499/150‑1 (MQ=255) gTCACCTTCCTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACAC‑GTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc > 2:275340/1‑150 (MQ=255) acaaattCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑ACATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGTACAC‑GTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAcc > 2:138119/6‑150 (MQ=255) cTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTCTGCGATT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACAC‑GTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCAc < 1:109389/150‑1 (MQ=255) tgcgactt‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACAC‑GTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcg > 2:4073/8‑150 (MQ=255) tt‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACAC‑GTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcctcg > 2:323560/2‑150 (MQ=255) aTTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACAC‑GTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcctcgtcct > 2:525450/1‑150 (MQ=255) ttCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACAC‑GTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCCAAAGGCCTTGTAGTTGAGCCGGTCCGCCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCtt < 1:413873/150‑1 (MQ=255) tCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACAC‑GTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTTg < 2:716305/150‑1 (MQ=255) | CTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CC‑TCC‑GCCAAC‑T‑GCATTCGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACAC‑GTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTTG > NC_002947/4741172‑4741441 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |