| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,995,572:1 | +G | 9.8% | coding (1188/1272 nt) | bkdB → | branched‑chain alpha‑keto acid dehydrogenase complex lipoamide acyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,995,572 | 1 | . | G | 9.8% | 150.4 / 11.3 | 41 | coding (1188/1272 nt) | bkdB | branched‑chain alpha‑keto acid dehydrogenase complex lipoamide acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (20/17); new base G (2/2); total (22/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 | |||||||||||
CGCCGGTGGTCAACACCCCGGAAGTGGCAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTACCCTGTTGATCATCGGCGGCGGCCCTGGCGGCTAT > NC_002947/4995445‑4995715 | cGCCGGTGGTCAACACCCCGGAAGTGGCAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATgccg < 1:565725/150‑1 (MQ=255) gtCAACACCCCGGAAGTGGCAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTc > 1:288457/1‑150 (MQ=255) aaCACCCCGGAAGTGGCAATCGTCTGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATc > 2:316659/1‑150 (MQ=255) ccacCCCGGAAGTGGCAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATcc > 2:546929/2‑150 (MQ=255) cacCCCGGAAGTGGCAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCa < 2:570653/150‑1 (MQ=255) acCCCGGAAGTGGCAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAg > 2:797145/1‑150 (MQ=255) acCCCGGAAGTGGCAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAg < 1:300773/150‑1 (MQ=255) cGGCAGTGGCACTAGTCGGGGTAAACCGCATGGTCGAACGGCCAGGGGTGATGTACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCg > 2:729925/1‑150 (MQ=255) aaTCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCt > 2:200083/1‑150 (MQ=255) aaTCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCt > 2:199718/1‑150 (MQ=255) gtcgGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTc < 2:625020/150‑1 (MQ=255) ccGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCgc > 2:434111/1‑150 (MQ=255) aCGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTgg < 2:519948/120‑1 (MQ=255) aCGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTgg > 1:519948/1‑120 (MQ=255) ccAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAg < 1:199718/150‑1 (MQ=255) ccAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAg < 1:200083/150‑1 (MQ=255) tgATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGt > 1:160066/1‑139 (MQ=255) tgATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGt < 2:160066/139‑1 (MQ=255) aTCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGc > 2:457555/1‑150 (MQ=255) gcgcAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTccc < 1:797145/150‑1 (MQ=255) aaGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGcc > 2:212691/1‑85 (MQ=255) 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(MQ=255) catCGACCA‑CGCGGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTACCCTGTTGatcatc < 1:437345/133‑1 (MQ=255) catCGACCA‑CGCGGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTACCCTGTTGatcatc > 2:437345/3‑135 (MQ=255) tCGACCA‑CGCGGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCAt > 1:200837/1‑99 (MQ=255) tCGACCA‑CGCGGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCAt < 2:200837/99‑1 (MQ=255) ccaccGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCAt < 2:704238/95‑1 (MQ=255) ccaccGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCAt > 1:704238/1‑95 (MQ=255) ccaccGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCACCGAGGTCGTACGTGACCAGTGTGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTACCCTGTTGATCATCGGCGGCGGCCCTGGCGGCTAt < 1:729925/150‑1 (MQ=255) | CGCCGGTGGTCAACACCCCGGAAGTGGCAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGC‑GTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTACCCTGTTGATCATCGGCGGCGGCCCTGGCGGCTAT > NC_002947/4995445‑4995715 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |