| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,601,862:1 | +C | 10.0% | coding (1671/5418 nt) | PP_4924 ← | subtilase family serine protease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,601,862 | 1 | . | C | 10.0% | 142.9 / 11.6 | 40 | coding (1671/5418 nt) | PP_4924 | subtilase family serine protease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (19/17); new base C (2/2); total (21/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.74e-01 | |||||||||||
GCCCAATCGTCGCTGGCACTGATCACGAATACATCGTCGCCCGCCCCGCCGTGATAGGTGTTGCTGCCACCGCCACCAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTGCGGCGTCCAGCGTGCTGCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGAAGTCAGTAGAGTGCCACCCTCCTGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACC > NC_002947/5601713‑5602006 | gCCCAATCGTCGCTGGCACTGATCACGAATACATCGTCGCCCGCCCCGCCGTGATAGGTGTTGCTGCCACCGCCACCAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCg > 1:769452/1‑150 (MQ=255) gtcgCTGGCACTGATCACGAATACATCGTCGCCCGCCCGGCCGTGATAGGTGTTGCTGCCACCGCCACCAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTgc > 2:460990/1‑150 (MQ=255) gCACTGATCACGAATACATCGTCGCCCGCCCCGCCGTGATAGGTGTTGCTGCCACCGCCACCAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTGCGGCGTcc > 2:616918/1‑150 (MQ=255) 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aaccaGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTGCGGCGTCCAGCGTGCTGCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGa > 1:719736/1‑150 (MQ=255) caGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTGCGGCGTCCAGCGTGCTGCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGAAGt < 2:719736/150‑1 (MQ=255) caGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTGCGGCGTCCAGCGTGCTGCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGAAGt < 2:639164/150‑1 (MQ=255) ccAACTGCCCTCTGTGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGGCTGTACGCCG‑AGCGCTGCGGCGTCCAGCGTGCTGCCTTGAGCACTCTGGCTGATCTATGCCCTTCGGGAAGGGGGCCCGCTTGACGAAGTCAg > 2:341407/1‑150 (MQ=255) aaCTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTGCGGCGTCCAGCGTGCTGCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGAAGTCAGTa < 1:661058/150‑1 (MQ=255) 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gTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTTCGGCTTCCAGTGTGCTGCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGAAGTCAGTAGAGTGCCACCCTCCTGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGc < 1:341407/150‑1 (MQ=255) gTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTGCGGCGTCCACCGTGCTGCCTTGAGCACTCTGGCTGCTGTTGGCCTTTCGGAAAGTGGGCCTGCTTGACGAAGTCCGTAGCGAGACACCCTCCTGGGGCTCGATCCGATTATCGCCGGTATCggg > 2:267620/1‑149 (MQ=255) ggaCGCCGCAGCGCT‑CGGCGTACAGCGTGCTGCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGAAGTCAGTAGAGTGCCACCCTCCTGGGCCTCGATCCGa > 2:592602/3‑122 (MQ=255) ggaCGCCGCAGCGCT‑CGGCGTACAGCGTGCTGCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGAAGTCAGTAGAGTGCCACCCTCCTGGGCCTCGATCCGa < 1:592602/120‑1 (MQ=255) tACGCCG‑AGCGCTGCGGCGTCCAGCGTGCTGCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGTCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGaa > 1:300252/1‑85 (MQ=255) tACGCCG‑AGCGCTGCGGCGTCCAGCGTGCTGCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGaa < 2:300252/85‑1 (MQ=255) aCGCCG‑AGCGCTGCGGCGTCCAGCGTGCTGCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGAAGTCAGTAGAGTGCCACCCTCCTGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCAcc < 1:480309/150‑1 (MQ=255) | GCCCAATCGTCGCTGGCACTGATCACGAATACATCGTCGCCCGCCCCGCCGTGATAGGTGTTGCTGCCACCGCCACCAACCAGCCAACTGCCCTCTGGGGCCGCGGTCAAGACATCATCGCCCGCGCTGCCGTAAAGCGTCTGTACGCCG‑AGCGCTGCGGCGTCCAGCGTGCTGCCTTGAGCACTCTGGCTGATGTAGGCCCTTCGGGAAGTGGGCCCGCTTGACGAAGTCAGTAGAGTGCCACCCTCCTGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACC > NC_002947/5601713‑5602006 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |