| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 4586100 | 16 (0.540) | 8 (0.390) | 9/170 | NT | 40.0% | intergenic (+139/+78) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| ? | NC_002947 | = 4586128 | 13 (0.640) | intergenic (+167/+50) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase | |||||
GCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGACAAAA > NC_002947/4585980‑4586277 | gCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTGCTACCGGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCc < 1:450001‑M2/150‑2 (MQ=255) gAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGAACGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctg > 1:385051‑M2/1‑145 (MQ=255) aCAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggt > 2:168573‑M2/1‑143 (MQ=255) aCAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggt > 2:168575‑M2/1‑143 (MQ=255) tGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggag > 2:730531‑M2/1‑138 (MQ=255) cATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGGCAGCGCCG‑CATTCAAGGCCGGCACGGTccctggtaggagcgg < 1:596048‑M2/138‑16 (MQ=255) aTTGAAAGGTTGGGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccgtggtagtagcgggtttacccgcgaa > 1:464812‑M2/1‑122 (MQ=255) aTTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaa > 1:540051‑M2/1‑122 (MQ=255) tGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaaga > 1:317184‑M2/1‑120 (MQ=255) tGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcc > 2:450001‑M2/1‑112 (MQ=255) gggTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGcaca > 2:549227/1‑150 (MQ=255) tGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAAccc < 1:549227/150‑1 (MQ=255) tctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCa > 2:583201/1‑150 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCAt > 1:755805/1‑150 (MQ=255) aaCCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcgggtttac < 1:555240‑M2/67‑22 (MQ=255) aaCCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcgggtttac > 2:555240‑M2/1‑46 (MQ=255) cccGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGA‑GGCGATGCCCCTGGTATGATCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACtt > 1:778865/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTTCCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatg < 2:596048‑M2/138‑96 (MQ=255) cTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGc < 2:755805/150‑1 (MQ=255) cTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagca < 1:760547‑M2/137‑101 (MQ=255) cTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagca > 2:760547‑M2/1‑37 (MQ=255) tACCAGGGACCGTGCCTGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctg < 2:365844‑M2/150‑115 (MQ=255) tACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgc > 1:707155‑M2/1‑36 (MQ=255) tACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgc < 2:707155‑M2/61‑26 (MQ=255) tACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCt > 2:39561/1‑150 (MQ=255) tACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCt > 2:526221/1‑150 (MQ=255) aCCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaccctttcaatggagcagcgcagatcagctgt < 1:202668‑M2/150‑116 (MQ=255) aCCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACtt < 2:579360/141‑1 (MQ=255) aCCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACtt > 1:579360/1‑141 (MQ=255) ccAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTg < 2:778865/150‑1 (MQ=255) cAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttc < 2:508047‑M2/150‑118 (MQ=255) aGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatc > 1:711329‑M2/1‑32 (MQ=255) aGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatc < 2:711329‑M2/112‑81 (MQ=255) gTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcggtcacg > 1:368028/1‑150 (MQ=255) ggCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCAt > 1:203185/1‑150 (MQ=255) tGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccg > 1:647599‑M2/1‑11 (MQ=255) tGC‑GGCGCTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccg < 2:647599‑M2/46‑36 (MQ=255) gcTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGAc > 2:156173/1‑150 (MQ=255) cTGCccctggtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccgatcaatgcaagatcttcaccttgccaagcacccggtcatcctcaacctttcaatggagcagcgcagatcagctgttcacgccggtgccgtggtctacccttaagcc > 1:508047‑M2/1‑4 (MQ=255) ccccTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGACaaaa < 1:526221/150‑1 (MQ=255) ccccTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGACaaaa > 1:262330/1‑150 (MQ=255) | GCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGACAAAA > NC_002947/4585980‑4586277 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |