Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 566,891 | G→A | 10.5% | L870L (CTG→TTG) | uvrA ← | uvrABC excinuclease protein A |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 566,891 | 0 | G | A | 10.5% | 97.8 / 3.7 | 38 | L870L (CTG→TTG) | uvrA | uvrABC excinuclease protein A |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/18); new base A (2/2); total (18/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.06e-01 |
CCGCAGGCAATGATCTGCCCACCCTTGGAACCGCCCTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTCGCGCGACAGCTTTACCCGCTGCGCCTCACCGCCGGACAACGTGGTCGCTGATTGC > NC_002947/566746‑567030 | ccGCAGGCAATGATCTGCCCACCCTTGGAACCGCCCTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGc > 2:194517/1‑150 (MQ=255) ccGCAGGAAATGATCTGCCCACCCTTGGAACCGCCCTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGc < 1:593108/150‑1 (MQ=255) cGCAGGCAATGATCTGCCCACCCTTGGAACCGCCCTCAGGCCCCAGGTAAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATTACATCCAGGTTATGCTCGATCCCGCCCCCGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCt < 1:259024/150‑1 (MQ=255) gCAATGATCTGCCCACCCTTGGAACCGCCCTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAACTGCTGGacg < 2:706554/150‑3 (MQ=255) aaTGATCTGCCCACCCTTGGAACCGCCCTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCGGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATGGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATc > 1:446218/1‑150 (MQ=255) aaTGATCTGCCCACCCTTGGAACCGCCCTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATc > 2:340208/1‑150 (MQ=255) cACCCTTGGAACCGCCCTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGGCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCa > 1:8359/1‑150 (MQ=255) aCCCTTGGAACCGCCCTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAg < 2:597728/150‑1 (MQ=255) aCCCTTGGAACCGCCCTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAACTGCTGGatgtat > 2:553229/1‑135 (MQ=255) aCCCTTGGAACCGCCCTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAACTGCTGGacgtat < 1:553229/139‑6 (MQ=255) ttGGAACCGCCCTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCg > 2:101367/1‑150 (MQ=255) ggAACCGCCCTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCggt < 2:320475/150‑1 (MQ=255) gCCCTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCCACACCACGTGATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAgg < 1:96342/150‑1 (MQ=255) gCCCCAGGTCAACCAGCCGGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGa < 2:446218/150‑1 (MQ=255) ccccAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAg > 2:111965/1‑150 (MQ=255) cccAGGGCCAGCACCCAGTTGCCAGTCTTGATCACAGCCAGGTTATGGTCGATCACCACCACGGTATTGCCGGGGCCGCGCAGGCGAGGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGGTCGTCGAgg < 2:128111/150‑1 (MQ=255) gTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTa > 2:237107/1‑150 (MQ=255) aCCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAg < 1:237107/150‑1 (MQ=255) cagccagTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTAAAAGGt > 1:36782/1‑150 (MQ=255) ttGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCTATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCgcgc > 2:75752/1‑150 (MQ=255) tGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCt > 1:723865/1‑150 (MQ=255) aTCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTg < 1:111965/150‑1 (MQ=255) aTCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCgcgc < 1:107098/142‑1 (MQ=255) aTCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCgcgc > 2:107098/1‑142 (MQ=255) gCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCtt > 2:168997/1‑133 (MQ=255) gCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCtt < 1:168997/133‑1 (MQ=255) tCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTCGCGCGACAGc < 2:723865/150‑1 (MQ=255) accacGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTCGCGCGACAGCTGTACCCGc > 1:632520/1‑150 (MQ=255) cacGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGa > 1:559014/1‑123 (MQ=255) cacGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGa < 2:559014/123‑1 (MQ=255) acGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTCGCGCGACAGCTTTACCCGCTgc < 1:194517/150‑1 (MQ=255) gTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTCGCGCGACAGCTTTACCCGCTGCGCCTCACCGCCGGa > 1:522059/1‑150 (MQ=255) gTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTCGCGCGACAGCTTTACCCGCTGCGCCTCACCGCCGGa < 1:101367/150‑1 (MQ=255) cGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTCGCGCGACAGCTTTACCCGCTGCGCCTCACCGCCGGACAACGTGGTc < 2:522059/150‑1 (MQ=255) cGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGCTATCGCGCTTACACAGTTAGCGTGACGGATGTACCCGCGGTGCCGTAGCGCGGGACAACGTGGTc < 2:8359/150‑1 (MQ=255) aaTACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTtc > 1:434541/1‑53 (MQ=255) aaTACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTtc < 2:434541/53‑1 (MQ=255) atatCCAGCAACTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTCGCGCGACAGCTTTACCCGCTGCGCCTCACCGCCGGACAACGTGGTCGCTGATTGc > 2:467651/4‑150 (MQ=255) cagcagTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTg > 1:164436/1‑82 (MQ=255) cagcagTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTg < 2:164436/82‑1 (MQ=255) | CCGCAGGCAATGATCTGCCCACCCTTGGAACCGCCCTCAGGCCCCAGGTCAACCAGCCAGTCGGCAGTCTTGATCACATCCAGGTTATGCTCGATCACCACCACGGTATTGCCGTGGTCGCGCAGGCGATGCAATACGTCCAGCAGTTGCTGGATATCGGCAAAGTGCAGGCCGGTGGTAGGTTCGTCGAGGATGTACAAGGTCTTGCCGGTATCGCGCTTGGACAGTTCGCGCGACAGCTTTACCCGCTGCGCCTCACCGCCGGACAACGTGGTCGCTGATTGC > NC_002947/566746‑567030 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |