Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 743,442 | T→G | 15.3% | intergenic (+118/+156) | PP_0635 → / ← PP_0636 | group II intron‑encoding maturase/cold shock DNA‑binding domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 743,442 | 0 | T | G | 15.3% | 110.7 / 14.7 | 51 | intergenic (+118/+156) | PP_0635/PP_0636 | group II intron‑encoding maturase/cold shock DNA‑binding domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/20); new base G (5/3); total (28/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.15e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.18e-01 |
ATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGA > NC_002947/743293‑743583 | aTACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCt > 1:26671/1‑150 (MQ=255) ggCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTa > 1:565667/1‑150 (MQ=255) gCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTAc > 1:532620/1‑150 (MQ=255) ccGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCg < 2:565667/150‑1 (MQ=255) tACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGc < 2:532620/150‑1 (MQ=255) acaccaCCGTGCGTACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGcc > 2:45758/6‑150 (MQ=255) gAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCTGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGC‑AATTCATCACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCggg < 1:216067/150‑1 (MQ=37) gAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCggg > 1:427496/1‑150 (MQ=255) acggacggTGGTGTGAGAGGGCGGCGGGTGGGAATCCGCCTCCTACTCGATTGGGCGAAGTCA‑GACCTGCCGTGTGTGCCCGCTATGGGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTTCCGGGGAAacta < 2:295356/150‑1 (MQ=38) aCGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTg < 2:427496/150‑1 (MQ=255) ggtggtGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGt > 2:536368/1‑150 (MQ=255) gagGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGc < 2:674494/90‑1 (MQ=255) gagGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGc > 1:674494/1‑90 (MQ=255) agGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGtgtg > 1:403226/1‑150 (MQ=255) 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tCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGcgtc < 1:239545/84‑1 (MQ=255) tCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGGAACTACTTGGTCGCGGCGGGTGGAGCAGAGAATGTAGGGGAGCGTTGACAg > 1:65765/1‑150 (MQ=255) gATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTg > 2:215063/1‑150 (MQ=255) gcgAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGtt > 1:306473/1‑150 (MQ=255) gAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAg > 1:343668/1‑126 (MQ=255) gAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAg < 2:343668/126‑1 (MQ=255) 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2:253043/142‑1 (MQ=25) tccGCTATGTAACGCAACCGAAGGTTGCTTCACATAGCGGGCACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCgg > 1:253043/2‑143 (MQ=25) tccGCTATGTAACGCAACCGAAGGTTGCTTCACATAGCGGGCACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCt > 2:50618/2‑150 (MQ=37) tgAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAgg > 2:753044/1‑149 (MQ=255) aaGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGa > 1:397198/1‑150 (MQ=255) | ATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGA > NC_002947/743293‑743583 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |