Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 105,000 | G→A | 15.2% | intergenic (+100/‑207) | PP_0099 → / → cynT | hypothetical protein/carbonic anhydrase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 105,000 | 0 | G | A | 15.2% | 49.6 / 4.4 | 27 | intergenic (+100/‑207) | PP_0099/cynT | hypothetical protein/carbonic anhydrase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/12); new base A (2/2); total (13/14) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.04e-01 |
TTTTGCCCACCGGGTGGGCAGATGGCGCTGTTCTGACATGAACCCCACCCCCCACAGGGGGCTGCGCATTGCTCACAACGCAACTAATAACAACCAATAATTGCGCTAATACATATTGGCAACTGATGTTTTTTTGCTATTATCCAGTTCCCGCCTTTTTCATCTGGAACGCCCGTTCTAGAGCCTTCGAATTAAGTTTCAGTTAAGTTTTCCCCGCTAGCGTAGGTAACAAGTCCACACCGACTGTGATCTATGGCCCGTGCGTGTCATCTAA > NC_002947/104865‑105138 | ttttGCCCACCGGGTGGGCAGATGGCGCTGTTCTGACATGAACCCCAACCCCCACAGGGGGCTGCGCATTGCTCACAACGCAACTAATAACAACCAATAATTGCGCTAATACATATTGGCAACTGATGTTTTTTTGCTATTATCCAGTTc > 1:217467/1‑150 (MQ=255) cACCGGGTGGGCAGATGGCGCTGTTATGACATGAACCCCACCCCCCACAGGGGGCTGCGCATTGCTCACAACGCAACTAATAACAACCAATAATTGCGCTAATACATATTGGCAACTGATGTTTTTTTGCTATTATCCAGTTCCCGCCtt > 1:455533/1‑150 (MQ=255) cccaccccCCACAGGGGGCTGCGCATTGCTCACAACGCAACTAATAACAACCAATAATTGCGCTAATACATATTGGCAACTGATGTTTTTTTGCTATTATCCAGTTCCCGCCTTTTTCATCTGGAACGCCGGTTCTAGAGCCTTCGAAtt > 2:523321/1‑150 (MQ=255) cccaccccCCACAGGGGGCTGCGCATTGCTCACAACGCAACTAATAACAACCAATAATTGCGCTAATACATATTGGCAACTGATGTTTTTTTGCTATTATCCAGTTCCCGCCTTTTTCATCTGGAACGCCCGTTCTAGAGCCTTCGAAtt < 2:217467/150‑1 (MQ=255) caccccCCACAGGGGGCTGCGCATTGCTCACAACGCAACTAATAACAACCAATAATTGCGCTAATACATATTGGCAACTGATGTTTTTTTGCTATTATCTAATTCCCGCCTTTTTCATCTGGATCGCTCGTTATAGAGCCTTCGAATTaa > 2:154000/1‑150 (MQ=255) ccccccACAGGGGGCTGCGCATTGCTCACAACGCAACTAATAACAACCAATAATTGCGCTAATACATATTGGCAACTGATGTTTTTTTGCTATTATCCAGTTCCCGCCTTTTTCATCTGGAACGCCCGTTCTAGAGCCTTCGAATTAAGt > 1:701109/1‑150 (MQ=255) ccACAGGGGGCTGCGCATTGCTCACAACGCAACTAATAACAACCAATAATTGCGCTAATACATATTGGCAACTGATGTTTTTTTGCTATTATCCAGTTCCCGCCTTTTTCATCTGGAACGCCCGTTCTAGAGCCTTCGAATTAAGTTTCa < 1:523321/150‑1 (MQ=255) caGGGGGCTGCGCATTGCTCACAACGCAACTAATAACAACCAATAATTGCGCTAATACATATTGGCAACTGATGTTTTTTTGCTATTATCCAg > 2:494149/1‑93 (MQ=255) caGGGGGCTGCGCATTGCTCACAACGCAACTAATAACAACCAATAATTGCGCTAATACATATTGGCAACTGATGTTTTTTTGCTATTATCCAg < 1:494149/93‑1 (MQ=255) cTGCGCATTGCTCACAACGCAACTAATAACAACCAATAATTGCGCTAATACATATTGGCAACTGATGTTTTTTTGCTATTATCCAGTTCCCGCCTTTTTCATCTGGAACGCCCGTTCTAGAGCCTTCGAATTAAGTTTCAGTTAAGtttt > 2:372102/1‑150 (MQ=255) gcgcATTGCTCAAAACGCAACTAATAACAACCAATAATTGCGCTAATACATATTGGCAACTGATGTTTTTTTGCTATTATCCAGTTCCCGCCTTTTTCATCTGGAACGCCCGTTCTAGAGCCTTCGAATTAAGTTTCAGTTAAGTTTTcc < 1:43406/150‑1 (MQ=255) tGCTCACAACGCAACTAATAACAACCAATAATTGCGCTAATACATATTGGCAACTGATGTTTTTTTGCTATTATCCAGTTCCCGCCTTTTTCATCTGGAACGCCCGTTCTAGAGCCTTCGAATTAAGTTTCAGTTAAGTTTTCCCCGCTa < 2:701109/150‑1 (MQ=255) cTCACAACGCAACTAATAACAACCAATAATTGCGCTAATACATATTGGCAACTGATGTTTTTTTACTATTATCCAGTTCCCGCCTTTTTCATCTGGAACGCCCGTTCTAGAGCCTTCGAATTAAGTTTCAGTTAAGTTTTCCCCGCTAGc > 2:558934/1‑150 (MQ=255) cTCACAACGCAACTAATAACAACCAATAATTGCGCTAATACATATTGGCAACTGATGTTTTTTTACTATTATCCAGTTCCCGCCTTTTTCATCTGGAACGCCCGTTCTAGAGCCTTCGAATTAAGTTTCAGTTAAGTTTTCCCCGCCAGc > 2:558781/1‑150 (MQ=255) tCACAACGCAACTAATAACAACCAATAATTGCGCTAATACATATTGGCAACTGATGTTTTTTTGCTATTATCCAGTTCCCGCCTTTTTCATCTGGAACGCCCGTTCTAGAGCCTTCGAATTAAGttt < 1:323199/127‑1 (MQ=255) tCACAACGCAACTAATAACAACCAATAATTGCGCTAATACATATTGGCAACTGATGTTTTTTTGCTATTATCCAGTTCCCGCCTTTTTCATCTGGAACGCCCGTTCTAGAGCCTTCGAATTAAGttt > 2:323199/1‑127 (MQ=255) aaCGCAACTAATAACAACCAATAATTGCGCTAATACATATTGGCAACTGATGTTTTTTTGCTATTATCCAGTTCCCGCCTTTTTCATCTGGAACGCCCGTTCTAGAGCCTTCGAATTAAg < 2:202729/120‑1 (MQ=255) aaCGCAACTAATAACAACCAATAATTGCGCTAATACATATTGGCAACTGATGTTTTTTTGCTATTATCCAGTTCCCGCCTTTTTCATCTGGAACGCCCGTTCTAGAGCCTTCGAATTAAg > 1:202729/1‑120 (MQ=255) aCTAATAACAACCAATAATTGCGCTAATACATATTGGCAACTGATGTTTTTTTGCTATTATCCAGTTCCCGCCTTTTTCATCTGGAACGCCCGTTCTAGAGCCTTCGACTTAACTTTCAGTTAAGTTTTCCCCGCTAGCGTAGGTAACaa < 1:154000/150‑1 (MQ=255) aacCAATAATTGCGCTAATACATATTGGCAACAAATGGATTACTTCGATTATCCAGTTCCCGCCTTTTGCGTCGGGCACGCAAGGCGAAGAGTCTTTGAATTAAGTTTCAGTTAAGTTTTCCCCGCTAGCGTAGGTAATAATACCACAcc > 1:258373/1‑150 (MQ=255) taatTGCGCTAATACATATTGGCAACTGATGTTTTTTTGCTATTATCCAGTTCCCGCCTTTTTCATCTGGAACGCCCGTTCTAGAGCCTTCGAATTAAGTTTCAGTTAAGTTTTCCCCGCTAGCGTAGGTAACAAGTCCACACCGACtgt < 1:797670/150‑1 (MQ=255) gcTAATACATATTGGCAACTGATGTTTTTTTGCTATTATCCAGTTCCCGCCTTTTTCATCTGGAACGCCCGTTCTAGAGCCTTCGAATTAAGTTTCAGTTAAGTTTTCCCCGCTAGCGTAGGTAACAAGTCCACACCGACTGTGATCTAt < 1:402504/150‑1 (MQ=255) gcTAATACATATTGGCAACTGATGTTTTTTTGCTATTATCCAGTTCCCGCCTTTTTCATCTGGAACGCCCGTTCTAGAGCCTTCGAATTAAGTTTCAGTTAAGTTTTCCCCGCTAGCGTAGGTAACAAGTCCACACCGACTGTGATCTAt < 2:455533/150‑1 (MQ=255) tAATACATATTGGCAACTGATGTTTTTTTGCTATTATCCAGTTCCCGCCTTTTTCATCTGGAACGCCCGTTCTAGAGCCTTCGAATTAAGTTTCAGTTAAGTTTTCCCCGCTAGCGTAGGTAACAAGTCCACACCGACTGTGATCTATgg > 2:276481/1‑150 (MQ=255) gCAACTGATGTTTTTTTGCTATTATCCAGTTCCCGCCTTTTTCATCTGGAACGCCCGTTCTAGAGCCTTCGAATTAAGTTTCAGTTAAGTTTTCCCCGCTAGCGTAGGTAACAAGTCCACACCGACTGTGATCTATGGCCCGTGCGTGTc < 1:276481/150‑1 (MQ=255) gATGTTTTTTTACTATTATCCAGTTCCCGCCTTTTTCATCTGGAACGCCCGTTCTAGAGCCTTCGAATTAAGTTTCAGTTAAGTTTTCCCCGCTAGCGTAGGTAACAAGTCCACACCGACTGTGATCTATGGCCCGTGCGTGTCATCTaa < 1:558934/150‑1 (MQ=255) gATGTTTTTTTACTATTATCCAGTTCCCGCCTTTTTCATCTGGAACGCCCGTTCTAGAGCCTTCGAATTAAGTTTCAGTTAAGTTTTCCCCGCCAGCGTAGGTAACAAGTCCACACCGACTGTGATCTATGGCCCGTGCGTGTCATCTaa < 1:558781/150‑1 (MQ=255) | TTTTGCCCACCGGGTGGGCAGATGGCGCTGTTCTGACATGAACCCCACCCCCCACAGGGGGCTGCGCATTGCTCACAACGCAACTAATAACAACCAATAATTGCGCTAATACATATTGGCAACTGATGTTTTTTTGCTATTATCCAGTTCCCGCCTTTTTCATCTGGAACGCCCGTTCTAGAGCCTTCGAATTAAGTTTCAGTTAAGTTTTCCCCGCTAGCGTAGGTAACAAGTCCACACCGACTGTGATCTATGGCCCGTGCGTGTCATCTAA > NC_002947/104865‑105138 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |