Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 906,835 | A→T | 11.2% | K92* (AAG→TAG) ‡ | PP_0790 → | inner membrane protein AmpE |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 906,835 | 0 | A | T | 11.2% | 126.9 / 7.4 | 48 | K92* (AAG→TAG) ‡ | PP_0790 | inner membrane protein AmpE |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/20); new base T (3/2); total (25/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 |
CCCATGGTGGACGTTGGCCATCCTGGTGTTGGCGCCGGTAGCGCTGCTGGTGTTGCTGCTGCATGTGCTGGAGCCGGTGGCCTATGGTCTGCTGGCGTTGCCGGTGCACCTGCTGGTGCTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGCCGATGAACCGCACAGCTTGCTGGTGCGGGTGCAGGGTAACTTGCTGTGGCAGGTTTA > NC_002947/906687‑906983 | cccATGGTGGACGTTGGCCATCCTGGTGTTGGCGCCGGTAGCGCTGCTGGTGTTGCTGCTGCATGTGCTGGAGCCGGTGGCCTATGGTCTGCTGGCGTTGCCGGTGCACCTGCTGGTGCTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCaa < 1:745594/150‑1 (MQ=255) aTGGTGGACGTTGGCCATCCTGGTGTTGGCGCCGGTAGCGCTGCTGGTGTTGCTGCTGCATGTGCTGGAGCCGGTGGCCTATGGTCTGCTGGCGTTGCCGGTGCACCTGCTGGTGCTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGc > 2:707604/1‑150 (MQ=255) ggACGTTGACCATCCTGGTGTTGGCGCCGGTAGCGCTGCTGGTGTTGCTGCTGCATGTGCTGGAGCCGGTGGCCTATGGTCTGCTGGCGTTGCCGGTGCACCTGCTGGTGCTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGc < 2:140086/150‑1 (MQ=255) ggCCATCCTGGTGTTGGCGCCGGTAGCGCTGCTGGTGTTGCTGCTGCATGTGCTGGAGCCGGTGGCCTATGGTCTGCTGGCGTTGCCGGTGCACCTGCTGGTGCTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCAt < 2:389887/140‑1 (MQ=255) ggCCATCCTGGTGTTGGCGCCGGTAGCGCTGCTGGTGTTGCTGCTGCATGTGCTGGAGCCGGTGGCCTATGGTCTGCTGGCGTTGCCGGTGCACCTGCTGGTGCTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCAt > 1:389887/1‑140 (MQ=255) tGGTGTTGGCGCCGGTAGCGCTGCTGGTGTTGCTGCTGCATGTGCTGGAGCCGGTGGCCTATGGTCTGCTGGCGTTGCCGGTGCACCTGCTGGTGCTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTg > 2:208806/1‑150 (MQ=255) ggCGCCGGTAGCGCTGCTGGTGTTGCTGCTGCATGTGCTGGAGCCGGTGGCCTATGGTCTGCTGGCGTTGCCGGTGCACCTGCTGGTGCTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTg < 2:66080/150‑1 (MQ=255) tAGCGCTGCTGGTGTTGCTGCTGCATGTGCTGGAGCCGGTGGCCTATGGTCTGCTGGCGTTGCCGGTGCACCTGCTGGTGCTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCggg < 2:279966/150‑1 (MQ=255) gctgcATGTGCTGGAGCCGGTGGCCTATGGTCTGCTGGCGTTGCCGGTGCACCTGCTGGTGCTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCt < 1:154519/150‑1 (MQ=255) tgtgCTGGAGCCGGTGGCCTATGGTCTGCTGGCGTTGCCGGTGCACCTGCTGGTGCTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCAcgc > 1:76167/1‑150 (MQ=255) tGGAGCCGGTGGCCTATGGTCTGCTGGCGTTGCCGGTGCACCTGCTGGTGCTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCg > 2:325496/1‑150 (MQ=255) ggTGGCCTATGGTCTGCTGGCGTTGCCGGTGCACCTGCTGGTGATGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGa > 2:578849/1‑150 (MQ=255) tGGCCTATGGTCTGCTGGCGTTGCCGGTGCACCTGCTGGTGCTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGAcc < 1:208806/150‑1 (MQ=255) cTATGGTCTGCTGGCGTTGCCGGTGCACCTGCTGGTGCTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTggg > 2:345658/1‑150 (MQ=255) tGGTCTGCTGGCGTTGCCGGTGCACCTGCTGGTGCTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCGAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCt > 2:752450/1‑150 (MQ=255) gTCTGCTGGCGTTGCCGGTGCACCTGCTGGTGCTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGcggcgg > 1:523903/1‑101 (MQ=255) gTCTGCTGGCGTTGCCGGTGCACCTGCTGGTGCTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGcggcgg < 2:523903/101‑1 (MQ=255) gTCTGCTGGCGTTGCCGGTGCACCTGCTGGTGCTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCtgg > 1:764745/1‑150 (MQ=255) ctgGCGTTGCCGGTGCACCTGCTGGTGCTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGcc < 2:84932/150‑1 (MQ=255) ctgGCGTTGCCGGTGCACCTGCTGGTGCTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGcc < 2:722296/150‑1 (MQ=255) tgGCGTTGCCGGTGCACCTGCTGGTGCTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCtgg > 1:716154/1‑144 (MQ=255) tgGCGTTGCCGGTGCACCTGCTGGTGCTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCtgg < 2:716154/144‑1 (MQ=255) gCGTTGCCGGTGCACCTGCTGGTGCTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGCCGAt > 2:681571/1‑150 (MQ=255) gTTGCCGGTGCACCTGCTGGTGCTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGCCGATGa > 1:130671/1‑150 (MQ=255) tcagCACCAGCAGGTGCTGATCTCTAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGCCGATGAACCGca > 1:389771/4‑150 (MQ=255) aCCTGCTGGTGCTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGCCGa < 2:592122/136‑1 (MQ=255) aCCTGCTGGTGCTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGCCGa > 1:592122/1‑136 (MQ=255) ccTGCTGGTGCTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGc < 2:189770/132‑1 (MQ=255) ccTGCTGGTGCTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGc > 1:189770/1‑132 (MQ=255) cTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGCCGATGAACCGCACAGCTTGCTGGTGCgg < 2:221751/150‑1 (MQ=255) tGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGCCGATGAACCGCACAGCTTGCTGGTGCggg > 1:340899/1‑150 (MQ=255) tGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGCCGATGAAACGCACATCTTGCTGGTGCggg > 2:542545/1‑150 (MQ=255) cTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGCCGATGAACCGCACAGCTTGCTGGTGCGGGTGCa < 1:244067/150‑1 (MQ=255) tACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGCCGATGAACCGCACAGCTTGCTGGTGCGGGTGCAg < 2:214455/150‑1 (MQ=255) aGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGCCGATGAACCGCACAGCTTGCTGGTGCGGGTGCAGGGt < 1:578849/150‑1 (MQ=255) gCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGCCGATGAACCGCACAGCTTGCTGGTGc > 2:605276/1‑138 (MQ=255) gCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGCCGATGAACCGCACAGCTTGCTGGTGc < 1:605276/138‑1 (MQ=255) ccTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGCCGATGAACCGCACAGCTTGCTGGTGCGGGTGCAGGGTaa > 1:615732/1‑150 (MQ=255) tGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGCCGATGAACCGCACAGCTTGCTGGTGTGGGTGCAGGGTAACt < 1:345658/150‑1 (MQ=255) cccaagcgATGCCTTGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGCCGATGAACCGCACAGCTTGCTGGTGCGGGTGCAGGGTAACTTGCt > 1:156610/6‑150 (MQ=255) ccGCGGCGATGCCGAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGCCGATGAACCGCACAGCTTGCTGGTGCGGGTGCAGGGTAACTTGCt < 1:752450/150‑1 (MQ=255) gcggcgATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGCCGATGAACCGCACAGCTTGCTGGTGCGGGTGCAGGGTAACTTGCtgt > 2:649655/1‑150 (MQ=255) gcggcgATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGCCGATGAACCGCACAGCTTGCTGGTGCGGGTGCAGGGTAACTTGCtgt < 2:764745/150‑1 (MQ=255) caagcgATGCCTTGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGCCGATGAACCGCACAGCt > 2:634804/4‑120 (MQ=255) caagcgATGCCTTGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGCCGATGAACCGCACAGCt < 1:634804/117‑1 (MQ=255) ggcgATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGCCGATGAACCGCACAGCTTGCTGGTGCGGGTGCAGGGTAACTTGCTGTgg < 1:508078/150‑1 (MQ=255) gcgATGCCTTGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGCCGATGAACCGCACAGCTTGCTGGTGc < 2:537288/126‑1 (MQ=255) gcgATGCCTTGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGCCGATGAACCGCACAGCTTGCTGGTGc > 1:537288/1‑126 (MQ=255) cAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGCCGATGAACCGCACAGCTTGCTGGTGCGGGTGCAGGGTAACTTGCTGTGGCAGGTTTa > 1:611557/1‑150 (MQ=255) | CCCATGGTGGACGTTGGCCATCCTGGTGTTGGCGCCGGTAGCGCTGCTGGTGTTGCTGCTGCATGTGCTGGAGCCGGTGGCCTATGGTCTGCTGGCGTTGCCGGTGCACCTGCTGGTGCTGATCTACAGCCTGGGCCGCGGCGATGCCAAGGCATCGCTTGGGGCGTTTCGTGATGCCTGGCGGCGGGGGGACGATCAGGCGGCGCTGCACGCGGCCGAGCGCGACCTGGGCCTGGTGGCCGATGAACCGCACAGCTTGCTGGTGCGGGTGCAGGGTAACTTGCTGTGGCAGGTTTA > NC_002947/906687‑906983 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |