Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,041,942 | A→C | 10.5% | E141A (GAG→GCG) | colR → | two‑component system response regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,041,942 | 0 | A | C | 10.5% | 90.2 / 4.0 | 38 | E141A (GAG→GCG) | colR | two‑component system response regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (16/18); new base C (2/2); total (18/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.29e-01 |
TTCCGCTCGGGGGCTGACGACTACCTGCTCAAGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCTGGAAGAAGCCTTGTGGGGCGACGACTGCCCTGATAGCGACAGC > NC_002947/1041794‑1042087 | ttCCGCTCGGGGGCTGACGACTACCTGCTCAAGACATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAg < 2:654760/150‑1 (MQ=255) cTCGGGGGCTGACGACTACCTGCTCAAGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTAc < 1:519984/150‑1 (MQ=255) cTGACGACTACCTGCTCAAGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGCGGGTAACCTCCAgg < 2:554108/150‑1 (MQ=255) tGACGACTACCTGCTCAAGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAg < 2:791322/136‑1 (MQ=255) tGACGACTACCTGCTCAAGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAg > 1:791322/1‑136 (MQ=255) acgacTACCTGCTCAAGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGCGGGTAACCTCCAGGGta < 1:640318/150‑2 (MQ=255) gCTCAAGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGGGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGCAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGaa < 2:303279/150‑1 (MQ=255) aaGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGa > 2:509234/1‑119 (MQ=255) aaGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGa < 1:509234/119‑1 (MQ=255) aGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGCGGGTAACCTCCAgg > 1:225102/1‑132 (MQ=255) gCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCaa > 1:397967/1‑150 (MQ=255) tttGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCg > 2:638132/1‑150 (MQ=255) cccTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGtt > 2:263582/1‑133 (MQ=255) cccTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGtt < 1:263582/133‑1 (MQ=255) aGCTGGCGTCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCATGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAgc < 2:258685/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAgct < 1:471917/150‑1 (MQ=255) ggcggcGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTCACCTCCGATCCCACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAgctgct < 1:495354/150‑1 (MQ=255) cggcgCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTgg < 2:397967/150‑1 (MQ=255) cgcgcATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCgg < 1:638132/150‑1 (MQ=255) aTCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTg > 1:31240/1‑150 (MQ=255) tgcagggtgcGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACACTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTCATGATGCAg > 1:11059/8‑150 (MQ=255) gTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGc < 1:571126/145‑1 (MQ=255) gTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGACGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGc > 2:571126/1‑145 (MQ=255) tgctgcGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTAATGATGCAGaaaa > 1:286243/1‑150 (MQ=255) ggtgcGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAg < 1:112351/101‑1 (MQ=255) ggtgcGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAg > 2:112351/3‑103 (MQ=255) tGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGa < 2:31240/150‑1 (MQ=255) tGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGGTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCTGGaagaag > 2:571229/1‑150 (MQ=255) ggCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCTGGAAGAAGCCTtgtg < 2:216131/150‑1 (MQ=255) gCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCTGGAAGAAGCCTTGTgg > 2:323146/1‑150 (MQ=255) gCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCTGGAAGAAGCCTTGTgg > 2:587307/1‑150 (MQ=255) cTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCTGGAAGAAGCCTTGTggg < 1:587307/150‑1 (MQ=255) tGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGaa < 2:549247/52‑1 (MQ=255) tGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGaa > 1:549247/1‑52 (MQ=255) gCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCTGGAAGAAGCCTTGTGGGGCGGCGACt > 1:91228/1‑150 (MQ=255) gACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCTGGAAGAAGCCTTGTGGGGCGACGACTGCCCt < 2:724819/150‑1 (MQ=255) ccTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAGGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCTGgaagaa < 2:524442/124‑1 (MQ=255) ccTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCTGgaagaa > 1:524442/1‑124 (MQ=255) gaCCCTGGCGGGTAACCTCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCTGGAAGAAGCCTTGTGGGGCGACGACTGCCCTGATAGCGa > 1:244789/2‑150 (MQ=255) cTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCTGGAAGAAGCCTTGTGGGGCGACGACTGCCCTGATAGCGACAGc > 1:581740/1‑150 (MQ=255) | TTCCGCTCGGGGGCTGACGACTACCTGCTCAAGCCATTTGCCCTGTCGGAGCTGGCGGCGCGCATCGAAGCGGTGCTGCGCCGTGCCCAGGGCGGTGGGCGGCGCACCCTGCAGGTGGCTGACCTGAGCTACGACCTCGATACCCTGGAGGTTACCCGCCAGGGTCGCCTGTTGAAGCTCAACCCGGTCGGCCTCAAGCTGCTGGCGGTACTGATGCAGAAAAGCCCGCACGTACTGCGCCGCGAGGTGCTGGAAGAAGCCTTGTGGGGCGACGACTGCCCTGATAGCGACAGC > NC_002947/1041794‑1042087 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |