Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,164,645 | T→G | 55.9% | T256P (ACC→CCC) | hexR ← | DNA‑binding transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,164,645 | 0 | T | G | 55.9% | 18.2 / 47.2 | 43 | T256P (ACC→CCC) | hexR | DNA‑binding transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/11); new base G (12/12); total (20/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.60e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.84e-01 |
GAGCCTGGCACCTGGGCAGCGTGCGCACCTGCGTTTGCAGGCGCACCGGCTCAGTTGAGGTCGTCGTCCTCGATCGGGTAACGGCTGGCGTTGAGGCTTTCCTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGTCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGGATGATCCGCGAGGTCATTGGCATGTAGATGTCGGTATCTTCCGGCAGCGGAATGTGCAGGCTCAGGCTGCAGGCATTGGCCAGTGGCGAGCCTGCGGCGGTGAGGCCCAGC > NC_002947/1164497‑1164793 | gAGCCTGGCACCTGGGCAGCGTGCGCACCTGCGTTTGCAGGCGCACCGGCTCAGTTGAGGTCGTCGTCCTCGATCGGGTAACGGCTGGCGTTGAGGCTTTCCTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGTc < 2:456375/150‑1 (MQ=255) ggCACCTGGGCAGCGTGCGCACCTGCGTTTGCAGGCGCACCGGCTCAGTTGAGGTCGTCGTCCTCGATCGGGTAACGGCTGGCGTTGAGGCTTTCCTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGTCATGCCg < 1:515452/150‑1 (MQ=255) cgcACCTGCGTTTGCAGGCGCACCGGCTCAGTTGAGGTCGTCGTCCTCGATCGGGTAACGGCTGGCGTTGAGGCTTTCCTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGGCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAg < 1:719240/150‑1 (MQ=255) ccTGCGTTTGCAGGCGCACCGGCTCAGTTGAGGTCGTCGTCCTCGATCGGGTAACGGCTGGAGTTGAGGCTTTCCTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGGCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACg > 2:79789/1‑150 (MQ=255) cTGCGTTTGCAGGCGCACCGGCTCAGTTGAGGTCGTCGTCCTCGATCGGGTAACGGCTGGCGTTGAGGCTTTCCTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGTCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACgg > 2:525246/1‑150 (MQ=255) gcgcACCGGCTCAGTTGAGGTCGTCGTCCTCGATCGGGTAACGGCTGGCGTTGAGGCTTTCCTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGTCATGCCGGTg < 1:147812/119‑1 (MQ=255) gcgcACCGGCTCAGTTGAGGTCGTCGTCCTCGATCGGGTAACGGCTGGCGTTGAGGCTTTCCTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGTCATGCCGGTg > 2:147812/1‑119 (MQ=255) ggCTCAGTTGAGGTCGTCGTCCTCGATCGGGTAACGGCTGGCGTTGAGGCTTTCCTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGGCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGGATGATCCGCGa < 2:80543/150‑1 (MQ=255) gCTCAGTTGAGGTCGTCGTCCTCGATCGGGTAACGGCTGGCGTTGAGGCTTTCCTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGGCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAg < 2:292382/125‑1 (MQ=255) gCTCAGTTGAGGTCGTCGTCCTCGATCGGGTAACGGCTGGCGTTGAGGCTTTCCTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGGCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAg > 1:292382/1‑125 (MQ=255) cgtcgtcCTCGATCGGGTAACGGCTGGCGTTGAGGCTTTCCTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGGCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGGATGATCCGCGAGGTCATTGGCATGt > 2:260362/1‑150 (MQ=255) tcgtcCTCGATCGGGTAACGGCTGGCGTTGAGGCTTTCCTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGTCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGga < 1:118710/124‑1 (MQ=255) tcgtcCTCGATCGGGTAACGGCTGGCGTTGAGGCTTTCCTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGTCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGga > 2:118710/1‑124 (MQ=255) cgtcCTCGATCGGGTAACGGCTGGCGTTGAGGCTTTCCTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGGCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGGATGATCCGCGAGGTCATTGGCATGTAGa < 1:260362/150‑1 (MQ=255) cTCGATCGGGTAACGGCTGGCGTTGAGGCTTTCCTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGTCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGGATGATCCGCGAGGTCATTGGCATGTAGATGTc > 2:671834/1‑150 (MQ=255) tCGATCGGGTAACGGGTGGAGTTGAGGCTTTTCTGGATATTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGGCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGGATGATCCGCGAGGTCATTGGCATGTAGATGTCg < 2:304204/150‑1 (MQ=255) gTAACGGCTGGCGTTGAGGCTTTCCTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGGCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACg > 1:197918/1‑100 (MQ=255) gTAACGGCTGGCGTTGAGGCTTTCCTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGGCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACg < 2:197918/100‑1 (MQ=255) gTAACGGCTGGCGTTGAGGCTTTCCTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGGCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGGATGATCCGCGAGGTCATTGGCATGTAGATGTCg > 2:400231/1‑142 (MQ=255) gTAACGGCTGGCGTTGAGGATTTCCTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGGCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGGATGATCCGCGAGGTCATTGGCATGTAGATGTCg < 1:400231/142‑1 (MQ=255) tGGCGTTGAGGCTTTCCTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGTCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGGATGATCCGCGAGGTCATTGGCATGTAGATGTCGGTATCCTCCGGCAGCg < 1:503541/150‑1 (MQ=255) gTTGAGGCTTTCCTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGTCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGGATGATCCGCGAGGTCATTGGCATGTAGATGTCGGTATCTTCCGGCAGCGGAAt < 1:525246/150‑1 (MQ=255) ttGAGGCTTTCCTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGGCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGGATGATCCGCGAGGTCATTGGCATGTAGATGTCGGTATCTTCCGGCAGCGGAAtg > 1:163416/1‑150 (MQ=255) tGAGGCTTTCCTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGGCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGGATGATCCGCGAGGTCATTGGCATGTAGATGTCGGTATCTTCCGGCAGCGGAAtgt < 2:163416/150‑1 (MQ=255) gCTTTCCTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGTCCTGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGGATGATCCGCGAGGTCATTGGCATGTAGATGTCGGTATCTTCCGGCAGCGGAATGTGcag > 1:248423/1‑150 (MQ=255) tttCCTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGTCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGGATGATCCGCGAGGTCATTGGCATGTAGATGTCGGTATCTTCCGGAAGCGGAATGTGcaggc < 1:671834/150‑1 (MQ=255) cTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGTCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGt > 1:796323/1‑78 (MQ=255) cTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGTCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGt < 2:796323/78‑1 (MQ=255) cTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGTCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGGATGATCCGCGAGGTCATTGGCATGt > 2:707496/1‑110 (MQ=255) cTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGTCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGGATGATCCGCGAGGTCATTGGCATGt < 1:707496/110‑1 (MQ=255) cTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGGCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGGATGATCCGCGAGGTc < 2:83030/100‑1 (MQ=255) cTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGGCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGGATGATCCGCGAGGTc > 1:83030/1‑100 (MQ=255) gATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGGCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGGATGATCCGCGAGGTCATTGGCATGTAGATGTCGGTATCTTCCGGCAGCGGAATGTGcaggctcaggct > 1:664972/1‑150 (MQ=255) ttGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGGCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGGATGATCCGCGAGGTCATTGGCATGTAGATGTCGGTATCTTCCGGCAGCGGAATGTGCAGGCTCAGGCTGCAg > 2:53684/1‑150 (MQ=255) ttGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGGCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGGATGATCCGCGAGGTCATTGGCATGTAGATGTCGGTATCTTCCGGCAGCGGAATGTGCAGGCTCAGGCTGCAg < 1:79789/150‑1 (MQ=255) ttGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGGCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGGATGATCCGCGAGGTCATTGGCATGTAGATGTCGGTATCTTCCGGCAGCGGAATGTGCAGGCTCAGGCTGCAg < 1:53684/150‑1 (MQ=255) cAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGGCATGCCGGTCGCCTGTCCCCCCAGCACTGTCCACTCTATCATTGCCTACGTTTCTGGTATGTAGTTGTTGGTATCTTCCGTCATCGGAATGTGAAGGATAAGGCTGCAGGCAtt < 2:488707/150‑1 (MQ=255) cACGCCGCGGCGCAGGGTCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGGATGATCCGCGAGGTCATTGGCATGTAGATGTCGGTATCTTCCGGCAGCGGAATGTGCAGGCTCAGGCTGCa < 2:495002/126‑1 (MQ=255) cACGCCGCGGCGCAGGGTCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGGATGATCCGCGAGGTCATTGGCATGTAGATGTCGGTATCTTCCGGCAGCGGAATGTGCAGGCTCAGGCTGCa > 1:495002/1‑126 (MQ=255) aCGCCGCGGCGCAGGGGCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGGATGATCCGCGAGGTCATTGGCATGTAGATGTCGGTATCTTCCGGCAGCGGAATGTGCAGGCTCAGGCTGCAGGCATTGGCCAGTGGCGAGCCTgcg > 2:494131/1‑150 (MQ=255) aCGCCGCGGCGCAGGGGCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGGATGATCCGCGAGGTCATTGGCATGTAGATGTCGGTATCTTCCGGCAGCGGAATGTGCAGGCTCAGGCTGCAGGCATTGGCCAGTGGCGAGCCTgcg > 2:549028/1‑150 (MQ=255) gcggcgCAGGGGCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGGATGATCCGCGAGGTCATTGGCATGTAGATGTCGGTATCTTCCGGCAGCGGAATATGTAGGCTCGCGCAGCATGCATTCGCCAGTGGCGACGCAGcggcggc > 2:131011/1‑149 (MQ=255) gTCATGCCGGTGGCCCGTACATAGCGCACGGTCAGCTGGATTATCCGCGAGGTCATTGGCATGTAGATGTCGGTATCTTCCGGCAGCGGAATGTGCAGGCTCAGGCTGCAGGCATTGGCCAGTGGCGAGCCTGCGGCGGTGAGGCCCAGc < 2:248423/150‑1 (MQ=255) | GAGCCTGGCACCTGGGCAGCGTGCGCACCTGCGTTTGCAGGCGCACCGGCTCAGTTGAGGTCGTCGTCCTCGATCGGGTAACGGCTGGCGTTGAGGCTTTCCTTGATCTTGCGCAGGTGAGGCTGGAAGTCCACGCCGCGGCGCAGGGTCATGCCGGTGGCCAGTACATCGAGCACGGTCAGCTGGATGATCCGCGAGGTCATTGGCATGTAGATGTCGGTATCTTCCGGCAGCGGAATGTGCAGGCTCAGGCTGCAGGCATTGGCCAGTGGCGAGCCTGCGGCGGTGAGGCCCAGC > NC_002947/1164497‑1164793 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |