Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,226,713 | T→A | 17.7% | intergenic (‑217/‑114) | gltI ← / → PP_1072 | glutamate/aspartate ABC transporter substrate‑binding protein/leucine‑rich repeat‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,226,713 | 0 | T | A | 17.7% | 51.8 / 6.2 | 28 | intergenic (‑217/‑114) | gltI/PP_1072 | glutamate/aspartate ABC transporter substrate‑binding protein/leucine‑rich repeat‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/9); new base A (2/3); total (16/12) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.24e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.14e-01 |
GGCTACCAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGAACGAT > NC_002947/1226580‑1226853 | ggCTACCAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATggg < 1:181052/150‑1 (MQ=255) aCCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTGTCGGTAACTATGCAGTgcg > 2:525473/1‑150 (MQ=255) cTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGATAACCGAACga > 2:499588/1‑98 (MQ=255) cTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGATAACCGAACga < 1:499588/99‑2 (MQ=255) cgatctcTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAg < 1:192978/144‑1 (MQ=255) ttGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGTGTTCACCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCGGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTAGCGGGAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTTAGCCGTAGtagatcg > 2:192978/1‑144 (MQ=255) aCAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGaa > 2:271844/1‑68 (MQ=255) aCAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGaa < 1:271844/68‑1 (MQ=255) cAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACGGCGATNGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCGTTGct > 1:256218/1‑150 (MQ=255) tcGACCTCTCTCCGAGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCTGTTCTCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTg > 2:571136/1‑150 (MQ=255) 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1:469237/1‑127 (MQ=255) tAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTcaccgcaccg > 1:462538/1‑150 (MQ=255) aaCAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGc > 1:409479/1‑150 (MQ=255) aCAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCt > 1:2142/1‑150 (MQ=255) aTTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGaa < 1:626893/150‑1 (MQ=255) tttcTCGTTCGGTTATCCTAACGGACGCGCTGCCAACCTATCCCGCTATGGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCTCGGCGAGGCCGCAGACGTAGTGAGCTTCGCCCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCCCCGCACCGGCTCCCGAAc < 2:256218/147‑1 (MQ=255) ccatgcGTTCGGATAACCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGAAc > 1:1506/6‑150 (MQ=255) tgcGTTCGGATAACCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGAACGAt < 2:1506/148‑1 (MQ=255) | GGCTACCAAGTGTAGAGCATGACTCGTGCCAAGCCCTGCTGTCGACCTTAAACCACTGGTATTGCTCGTGCTTGACAGTCTCGACCTCTCTCCGGGGTTCGCCAGGCCGAATAAACAGCGATTGCTCGTTCGGTTATCCGAACGCATGGGCTGCCAACCTATCCCGGTATCGCTTGCGGTAACTATGCAGTGCGCGGCAAGGGCTCAGACGTAGTGAGCTTTGCTCTTTGCCTGGAGAGTTCCACAGATGTCACCGCACCGGCTCCCGAACGAT > NC_002947/1226580‑1226853 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |