| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,449,467 | C→T | 8.5% | R74R (CGG→CGA) | yhaV ← | toxin antitoxin system SohB(PrlF)‑YhaV toxin endoribonuclease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,449,467 | 0 | C | T | 8.5% | 131.7 / 3.5 | 47 | R74R (CGG→CGA) | yhaV | toxin antitoxin system SohB(PrlF)‑YhaV toxin endoribonuclease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/20); new base T (2/2); total (25/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.76e-01 | |||||||||||
GCCCGCTTGCTCGACTCGTCATTGATCCAGGCCAGCACGATGATCCTGCTGGGGGTGTGGTAGCGGAAGAACAACCGGTACTGCTGGAAGAACTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTT‑AAAGGTATTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAGCGCTTAGCGCGTCC > NC_002947/1449327‑1449611 | gCCCGCTTGCTCGACTCGTCATTGATCCAGGCCAGCACGATGATCCTGCTGGGGGTGTGGTAGCGGAAGAACAACCGGTACTGCTGGAAGAACTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCg > 1:734869/1‑150 (MQ=255) cccGCTTGCTCGACTCGTCATTGATCCAGGCCAGCACGATGATCCTGCTGGGGGTGTGGTAGCGGAAGAACAACCGGTACTGCTGGAAGAACTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCgg < 2:786084/150‑1 (MQ=255) tCGTCATTGATCCAGGCCAGCACGATGATCCTGCTGGGGGTGTGGTAGCGGAAGAACAACCGGTACTGCTGGAAGAACTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCgg > 1:110204/1‑146 (MQ=255) tCGTCATTGATCCAGGCCAGCACGATGATCCTGCTGGGGGTGTGGTAGCGGAAGAACAACCGGTACTGCTGGAAGAACTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCgg < 2:110204/146‑1 (MQ=255) tCGTCATTGATCCAGGCCAGCACGATGATCCTGCTGGGGGTGTGGTAGCGGAAGAACAACCGGTACTGCTGGAAGAACTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCt > 1:506992/1‑150 (MQ=255) cGTCATTGATCCAGGCCAGCACGATGATCCTGCTGGGGGTGTGGTAGCGGAAGAACAACCGGTACTGCTGGAAGAACTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCtt < 2:734869/150‑1 (MQ=255) gTCATTGATCCAGGCCAGCACGATGATCCTGCTGGGGGTGTGGTAGCGGAAGAACAACCGGTACTGCTGGAAGAACTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTg > 1:107187/1‑150 (MQ=255) gTCATTGATCCAGGCCAGCACGATGATCCTGCTGGGGGTGTGGTAGCGGAAGAACAACCGGTACTGCTGGAAGAACTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTg > 1:693171/1‑150 (MQ=255) aTTGATCCAGGCCAGCACGATGATCCTGCTGGGGGTGTGGTAGCGGAAGAACAACCGGTACTGCTGGAAGAACTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAgg > 2:513134/1‑150 (MQ=255) 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1:562673/1‑109 (MQ=255) cTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTT‑AAAGGTa < 2:562673/109‑1 (MQ=255) gtgGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTT‑AAAGGTATTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTc > 2:479354/1‑150 (MQ=255) ggTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTT‑AAAGGTATTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGa < 1:366776/150‑1 (MQ=255) ccGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTT‑AAAGGTATTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGa < 1:363887/150‑1 (MQ=255) cGCCAAGTGTTGCCCCTTGTCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTT‑AAAGGTATTTc > 1:583264/1‑102 (MQ=255) cGCCAAGTGTTGCCCCTTGTCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTT‑AAAGGTATTTc < 2:186053/102‑1 (MQ=255) cGCCAAGTGTTGCCCCTTGTCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTT‑AAAGGTATTTc < 2:583264/102‑1 (MQ=255) cGCCAAGTGTTGCCCCTTGTCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTT‑AAAGGTATTTc > 1:186053/1‑102 (MQ=255) tgtTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTT‑AAAGGTATTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAGCGCTTAg < 2:791373/150‑1 (MQ=255) ccTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTTCCGCGGGATCGC‑TTTGGTATAATCCGTTGGGACTTTCTCCCCTCGTGCCCTGGCTCTATTGCTTAGCGCGTcc > 1:413226/1‑150 (MQ=255) | GCCCGCTTGCTCGACTCGTCATTGATCCAGGCCAGCACGATGATCCTGCTGGGGGTGTGGTAGCGGAAGAACAACCGGTACTGCTGGAAGAACTTTGCTCTGAACCAGTGCTTGTGGTCACCGCCAAGTGTTGCCCCTTGCCGGTATTCGGGTTTGGTCGGGTCTTGAGGGATTACATCGAACGCCAACCGCCGGATGGCGGCCAGCCTTTT‑AAAGGTATTTCTTTTCGTATAACCCGTTGGGTCTTTGTCCCGTTGAGCCTCGACTTGAGCGCTTAGCGCGTCC > NC_002947/1449327‑1449611 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |