Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,649,110 | G→A | 14.8% | I664I (ATC→ATT) | PP_1446 ← | TonB‑dependent receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,649,110 | 0 | G | A | 14.8% | 60.3 / 4.1 | 27 | I664I (ATC→ATT) | PP_1446 | TonB‑dependent receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/13); new base A (2/2); total (12/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 |
CAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGTCGGTCAGGTTTTCGCCGCGCACAAACGCCAGCCACTGGCTCTGGCCAATGTCGAAGCGGTAGCCAACGCTCGCGCCCAAGGTGGTGTAGCCATCGGTGCTGGTTTCG > NC_002947/1648962‑1649257 | cAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCgt < 2:235816/150‑2 (MQ=255) tAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATcgc > 1:316618/1‑150 (MQ=255) gAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGACCATGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCa < 1:729954/150‑1 (MQ=255) gAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCa > 2:570557/1‑150 (MQ=255) tGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTg < 1:760599/150‑1 (MQ=255) gcgcaTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGGCGGTCAgg < 2:398828/146‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCAATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGTCGGTCAGGTTTTc > 1:500656/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCAATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGTCGGTCAGGTTTTc > 1:500657/1‑150 (MQ=255) gTTCCTACACCGACCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGTCGGTCAGGTTTTCGCCGCGCACAAACgc > 2:633446/1‑150 (MQ=255) cTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGTCGGTCAGGTTTTc > 1:10445/1‑131 (MQ=255) cTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGTCGGTCAGGTTTTc < 2:10445/131‑1 (MQ=255) ttGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGTCGGTCAGGTTTTCGCCGCGCACAAACGCCAGCCACTGGCTCTGGCCAATGt < 2:413331/150‑1 (MQ=255) ggTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGTCGGTCAGGTTTTCGCCGCGCACAAACGCCAGCCACTGGCTCTGGCCAATGTCGaa < 1:306046/150‑1 (MQ=255) ttCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGTCGGTCAGGTTTTCGCCGCGCACAAACGCCAGCCACTGGCTCTGGCCAATGTCGAAGc > 2:663788/1‑150 (MQ=255) ttCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGTCGGTCAGGGTTTCGCCGCGCACAAACGCCAGCCACTGGCTCTGGCCAATGTCGAAGc < 2:509233/150‑1 (MQ=255) aGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGTCGGTCAGGTTTTCGCCGCGCACAAACGCCAGCCACTGGCTCTGGCCAATGTCGAAGCGGt > 2:297817/1‑150 (MQ=255) gAAAGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGTCGGTCAGGTTTTCGCCGCGCACAAACGCCAGCCACTGGCTCTGGCCAATGTCGAAGCGGTa > 2:229916/1‑150 (MQ=255) cAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGTCGGTCAGGTTTTCGCCGCGCACAAACGCAACCCACTGGCCCTGGCCAATGTCGAAGCGGTAGCCAACGCTcgc < 2:154254/150‑1 (MQ=255) gCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATAGCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGTCGGTCAGGTTTTCGCCGCGCACAAACGCCAGCCACTGGCTCTGGCCAATGTCGAAGCGGTAGCCAACGCTCGCGCCCAAGGTGGTGTa < 1:429892/150‑1 (MQ=255) cccGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGTCGGTCAGGTTTTCGCCGCGCTCAACCGCCAGCCACTGGCTCTGGCCAATGTCGAAGCGGTAGCCAACGCTCGCGCCCAAGGTGGTGTAGCCATCg < 1:297817/150‑1 (MQ=255) cGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGTCGGTCAGGTTTTCGCCGCGCACAAACGCCAGCCACTGGCTCTGGCCAATGTCGAAGCGGTAGCCAACGCTCGCGCCCAAggtggt < 1:741923/138‑1 (MQ=255) cGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGTCGGTCAGGTTTTCGCCGCGCACAAACGCCAGCCACTGGCTCTGGCCAATGTCGAAGCGGTAGCCAACGCTCGCGCCCAAggtggt > 2:741923/1‑138 (MQ=255) ggCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGTCGGTCAGGTTTTCGCCGCGCACAAACGCCAGCCACTGGCTCTGGCCAATGTCGAAGCGGTAGCCAACGCTCGCGCCCAAGGTGGTGTAGCCATCGGTg > 2:539438/1‑150 (MQ=255) ggCGCCGGTGCAATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGTCGGTCAGGTTTTCGCCGCGCACAAACGCCAGCCACTGGCTCTGGCCAATGTCGAAGCGGTAGCCAACGCTCGCGCCCAAGGTGGTGTAGCCATCGGTg < 2:500657/150‑1 (MQ=255) ggCGCCGGTGCAATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGTCGGTCAGGTTTTCGCCGCGCACAAACGCCAGCCACTGGCTCTGGCCAATGTCGAAGCGGTAGCCAACGCTCGCGCCCAAGGTGGTGTAGCCATCGGTg < 2:500656/150‑1 (MQ=255) tGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGTCGGTCAGGTTTTCGCCGCGCACAAACGCCAGCCACTGGCTCTGGCCAATGTCGAAGCGGTAGCCAACGCTCGCGCCCAAGGTGGTGTAGCCATCGGTGCTGGTTTc > 2:580675/1‑150 (MQ=255) tGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGTCGGTCAGGTTTTCGCCGCGCACAAACGCCAGCCACTGGCTCTGGCCAATGTCGAAGCGGTAGCCAACGCTCGCGCCCAAGGTGGTGTAGCCATCGGTGCTGGTTTc < 1:727008/150‑1 (MQ=255) gCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGTCGGTCAGGTTTTCGCCGCGCACAAACGCCAGCCACTGGCTCTGGCCAATGTCGAAGCGGTAGCCAACGCTCGCGCCCAAGGTGGTGTAGCCATCGGTGCTGGTTTCg < 1:570557/150‑1 (MQ=255) | CAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCAGGATCGAACTGGCATAGCGCACGGTCTGGTCGGTCAGGTTTTCGCCGCGCACAAACGCCAGCCACTGGCTCTGGCCAATGTCGAAGCGGTAGCCAACGCTCGCGCCCAAGGTGGTGTAGCCATCGGTGCTGGTTTCG > NC_002947/1648962‑1649257 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |