| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,777,730 | A→G | 16.0% | L57P (CTG→CCG) | PP_1585 ← | antidote protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,777,730 | 0 | A | G | 16.0% | 52.7 / 4.2 | 25 | L57P (CTG→CCG) | PP_1585 | antidote protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (12/9); new base G (2/2); total (14/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 | |||||||||||
TTGATCAGGATGTGTTCAAGCGACCAGACGCTGGACCGACCCGATGATCTCATCGCCGTGTTGCTGTTCGGCTGTGCGCAGATCGAAGGCCGTCTGCAGGTTGAGCCAGAACTCAGGGGTGGTGTCCAGGCAGATGGACAGGCGCAGTGCCATGTCGGCGGAAACACCGCCCCGTTCGCGCAGGATGTTGTTGACGGTTGGCGTTGCTACACCCAACGCCCTGGCCAGAGCCGCGGCGCTGAAGCCCATTTCCTTCTGGAACTCCTCCCGCAGGAT > NC_002947/1777585‑1777860 | ttGATCAGGATGTGTTCAAGCGACCAGACGCTGGACCGACCCGATGATCTCATCGCCGTGTTGCTGTTCGGCTGTGCGCAGATCGAAGGCCGTCTGCAGGTTGAGCCAGAACTCAGGGGTGGTGTCCAGGCAGATGGACAGGCGCAGTGc > 1:710253/1‑150 (MQ=255) ttCAAGCGACCAGACGCTGGACCGACCCGATGATCTCATCGCCGTGTTGCTGTTCGGCTGTGCGCAGATCGAAGGCCGTCTGCAGGTTGAGCCAGAACTCAGGGGTGGTGTCCAGGCAGATGGACAGGCGCAGTGCCATGTCGGCGGaaa < 2:710253/150‑1 (MQ=255) ttCAAGCGACCAGACGCTGGACCGACCCGATGATCTCATCGCCGTGTTGCTGTTCGGCTGTGCGCAGATCGAAGGAAGTTCACTGGTTTAGCCAGAACTCAGGGGTGGTGTGCAGGACGATGAACAAGCTCAGTGCCATGTCGGCGGaaa > 1:613267/1‑150 (MQ=255) aGCGACCAGACGCTGGACCGACCCGATGATCTCATCGCCGTGTTGCTGTTCGGCTGTGCGCAGATCGAAGGCCGTCTGCAGGTTGAGCCAGAACTCAGGGGTGGTGTCCAGGCAGATGGACAGGCGCAGTGCCATGTcggcggtgtttcc > 2:156950/1‑143 (MQ=255) ccGATGATCTCATCGCCGTGTTGCTGTTCGGCTGTGCGCAGATCGAAGGCCGTCTGCAGGTTGAGCCAGAACTCAGGGGTGGTGTCCAGGCAGATGGACAGGCGCAGTGCCa < 1:173236/112‑1 (MQ=255) ccGATGATCTCATCGCCGTGTTGCTGTTCGGCTGTGCGCAGATCGAAGGCCGTCTGCAGGTTGAGCCAGAACTCAGGGGTGGTGTCCAGGCAGATGGACAGGCGCAGTGCCa > 2:173236/1‑112 (MQ=255) gCCGTGTTGCTGTTCGGCTGTGCGCAGATCGAAGGCCGTCTGCAGGTTGAGCCAGAACTCAGGGGTGGTGTCCAGGCAGATGGACAGGCGCAGTGCCATGTCGGCGGAAACACCGCCCCGTTCGCGCAGGATGTTGTTGACGGTTGGCgg < 2:613267/150‑2 (MQ=255) ttGCTGTTCGGCTGTGCGCAGATCGAAGGCCGTCTGCAGGTTGAGCCAGAACTCAGGGGTGGTGTCCAGGCAGATGGACAGGCGCGGTGCCATGTCGGCGGAAACACCGc < 1:545631/110‑1 (MQ=255) ttGCTGTTCGGCTGTGCGCAGATCGAAGGCCGTCTGCAGGTTGAGCCAGAACTCAGGGGTGGTGTCCAGGCAGATGGACAGGCGCGGTGCCATGTCGGCGGAAACACCGc < 1:545671/110‑1 (MQ=255) ttGCTGTTCGGCTGTGCGCAGATCGAAGGCCGTCTGCAGGTTGAGCCAGAACTCAGGGGTGGTGTCCAGGCAGATGGACAGGCGCGGTGCCATGTCGGCGGAAACACCGc > 2:545671/1‑110 (MQ=255) ttGCTGTTCGGCTGTGCGCAGATCGAAGGCCGTCTGCAGGTTGAGCCAGAACTCAGGGGTGGTGTCCAGGCAGATGGACAGGCGCGGTGCCATGTCGGCGGAAACACCGc > 2:545631/1‑110 (MQ=255) ttGCTGTTCGGCTGTGCGCAGATCGAAGGCCGTCTGCAGGTTGAGCCAGAACTCAGGGGTGGTGTCCAGGCAGATGGACAGGCGCAGTGCCATGTCGGCGGAAACACCGCCCCGTTCGCGCAGGATGTTGTTGACGGTTGGCGTTGCTac > 1:547419/1‑150 (MQ=255) tGCTGTTCGGCGGTGCGCAGATCGAAGGCCGTCTGCAGGTTGAGCCAGAACTCAGGGGTGGTGTCCAGGCAGATGGACAGGCGCAGTGCCATGTCGGCGGAAACACCGCCCCGTTCGCGCAGGATGTTGTTGACGGTTGGCGTTGCTaca < 1:280169/150‑1 (MQ=255) gcAGATCGAAGGCCGTCTGCAGGTTGAGCCAGAACTCAGGGGTGGTGTCCAGGCAGGTGGACAGGCGCAGTGCCAt < 1:90355/76‑1 (MQ=255) gcAGATCGAAGGCCGTCTGCAGGTTGAGCCAGAACTCAGGGGTGGTGTCCAGGCAGGTGGACAGGCGCAGTGCCAt > 2:90355/1‑76 (MQ=255) aTCGAAGGCCGTCTGCAGGTTGAGCCAGAACTCAGGGGTGGTGTCCAGGCAGATGGACAGGCGCAGTGCCATGTCGGCGGAAACACCGCCCCGTTCGCGCAGGATGTTGTTGACGGTTGGCGTTGCTACACCCAACGCCCTGGCCAGAGc < 2:547419/150‑1 (MQ=255) aaGGCCGTCTGCAGGTTGAGCCAGAACTCAGGGGTGGTGTCCAGGCAGATGGACAGGCGCAGTGCCATGTCGGCGGAAACACCGCCCCGTTCGCGCAGGATGTTGTTGACGGTTGGCGTTGCTACACCCAACGCCCTGGCCAGAGCcgcg > 1:55235/1‑150 (MQ=255) gTCTGCAGGTTGAGCCAGAACTCAGGGGTGGTGTCCAGGCAGATGGACAGGCGCAGTGCCATGTCGGCGGAAACACCGCCCCGTTCGCGCAGGATGTTGTTGACGGTTGGCGTTGCTACACCCAACGCCCTGGCCAGAGCCGCGGCGCTg > 2:686120/1‑150 (MQ=255) ccAGAACTCAGGGGTGGTGTCCAGGCAGATGGACAGGCGCAGTGCCATGTCGGCGGAAACACCGCCCCGTTCGCGCAGGATGTTGTTGACGGTTGGCGt < 1:660665/99‑1 (MQ=255) ccAGAACTCAGGGGTGGTGTCCAGGCAGATGGACAGGCGCAGTGCCATGTCGGCGGAAACACCGCCCCGTTCGCGCAGGATGTTGTTGACGGTTGGCGt > 2:660665/1‑99 (MQ=255) ccAGAACTCAGGGGTGGTGTCCAGGCAGATGGACAGGCGCAGTGCCATGTCGGCGGAAACACCGCCCCGTTCGCGCAGGATGTTGTTGACGGTTGGCGTTg < 2:202379/101‑1 (MQ=255) ccAGAACTCAGGGGTGGTGTCCAGGCAGATGGACAGGCGCAGTGCCATGTCGGCGGAAACACCGCCCCGTTCGCGCAGGATGTTGTTGACGGTTGGCGTTg > 1:202379/1‑101 (MQ=255) cAGGCAGATGGACAGGCGCAGTGCCATGTCGGCGGAAACACCGCCCCGTTCGCGCAGGATGTTGTTGACGGTTGGCGTTGCTACACCCAACGCCCTGGCCAGAGCCGCGGCGCTGAAGCCCATTTCCTTCTGGAACTCCTCCCGCAGGAt > 1:468793/1‑150 (MQ=255) gACAGGCGCAGTGCCATGTCGGCGGAAACACCGCCCCGTTCGCGCAGGATGTTGTTGACGGTTGGCGTTGCTACACCCAACGCCCTGGCCagag > 2:305809/1‑94 (MQ=255) gACAGGCGCAGTGCCATGTCGGCGGAAACACCGCCCCGTTCGCGCAGGATGTTGTTGACGGTTGGCGTTGCTACACCCAACGCCCTGGCCagag < 1:305809/94‑1 (MQ=255) | TTGATCAGGATGTGTTCAAGCGACCAGACGCTGGACCGACCCGATGATCTCATCGCCGTGTTGCTGTTCGGCTGTGCGCAGATCGAAGGCCGTCTGCAGGTTGAGCCAGAACTCAGGGGTGGTGTCCAGGCAGATGGACAGGCGCAGTGCCATGTCGGCGGAAACACCGCCCCGTTCGCGCAGGATGTTGTTGACGGTTGGCGTTGCTACACCCAACGCCCTGGCCAGAGCCGCGGCGCTGAAGCCCATTTCCTTCTGGAACTCCTCCCGCAGGAT > NC_002947/1777585‑1777860 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |