| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,859,743 | G→A | 10.5% | R192C (CGC→TGC) | PP_1663 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,859,743 | 0 | G | A | 10.5% | 97.4 / 3.7 | 38 | R192C (CGC→TGC) | PP_1663 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/16); new base A (2/2); total (20/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.57e-01 | |||||||||||
GCGCGATCAGTTGCCCTTCACCGGCTTGCCATCGACCGTGCCATCCTGCAGCACGATCACATACTCCTTGCCATCGGTCTCTACCTGGCGCAGTTGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTCTGGCTGGGATCGCGCACGCGCTCGACCTTCACGGCATCGACCTGGCCGGTCTTGGTGGTGACCTTTTCGGTGCCCAGCACGCGGAAGTCGTAGGTGTCGATCTCGTCGCCGTCGACCACCTGGTAGG > NC_002947/1859600‑1859877 | gcgcGGTCAGTTGCCCTTCACCGGCTTGCCATCGACCGGGCCATCCTGCAGCACGATCACATACTCCTTGCCATCGGTCTCTACCTGGCGCAGTTGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGct < 2:56110/150‑1 (MQ=255) gATCAGTTGCCCTTCACCGGCTTGCCATCGACCGTGCCATCCTGCAGCACGATCACATACTCCTTGCCATCGGTCTCTACCTGGCGCAGTTGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTctgg > 2:326285/1‑150 (MQ=255) gATCAGTTGCCCTTCACCGGCTTGCCATCGACCGTGCCATCCTGCAGCACGATCACATACTCCTTGCCATCGGTCTCTACCTGGCGCAGTTGCACCAGCACGTAGTCACAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTctgg > 1:451349/1‑150 (MQ=255) ttGCCCTTCACCGGCTTGCCATCGACCGTGCCATCCTGCAGCACGATCACATACTCCTTGCCATCGGTCTCTACCTGGCGCAGTTGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTCTGGCTGGGa > 1:177464/1‑150 (MQ=255) ttGCCCTTCACCGGCTTGCCATCGACCGTGCCATCCTGCAGCACGATCACATACTCCTTGCCATCGGTCTCTACCTGGCGCAGTTGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTCTGGCTGGGa > 2:719802/1‑150 (MQ=255) ttGCCCTTCACCGACTTGCCATCGACCGTGCCATTCTGCAGCACGATCACCTACTCCTTGCCATCGGTCTCTACCTGGCGCAGTTGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTCTGGCTGGGa > 1:345631/1‑150 (MQ=255) ccTTCACCCGCTTGCCATCGACCGTGCCATCCTGCAGCACGATCACATACTCCTTGCCATCGGTCTCTACCTGGCGCAGTTGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTCTGGCTGGGATcgc < 1:289663/150‑1 (MQ=255) cTTCACCGGCTTGCCATCGACCGTGCCATCCTGCAGCACGATCACATACTCCTTGCCATCGGTCTCTACCTGGCGCAGTTGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTCTGGCTGGGATcgcg > 1:200937/1‑150 (MQ=255) cGACCGTGCCATCCTGCAGCACGATCACATACTCCTTGCCATCGGTCTCTACCTGGCGCAGTTGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTCTGGCTGGGATCGCGCACGCGCTCGACCTTCa < 2:200937/150‑1 (MQ=255) ccATCCTGCAGCACGATCACATACTCCTTGCCATCGGTCTCTACCTGGCGCAGTTGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTctgg > 2:737538/1‑114 (MQ=255) ccATCCTGCAGCACGATCACATACTCCTTGCCATCGGTCTCTACCTGGCGCAGTTGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTctgg < 1:737538/114‑1 (MQ=255) gATCACATACTCCTTGCCATCGGTCTCTACCTGGCGCAGTTGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTCTGGCTGGGATCGCGCACGCGCTCGACCTTCACGGCATCGACCTGGCCGGTCtt < 1:326285/150‑1 (MQ=255) aTCACATACTCCTTGCCATCGGTCTCTACCTGGCGCAGTTGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTCTGGCTGGGATCGCGCACGCGCTCGACCTTCACGGCATCGACCTGGCCGGTCTtg < 1:18555/150‑1 (MQ=255) aTCACATACTCCTTGCCATCGGTCTCTACCTGGCGCAGTTGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTCTGGCTGGGATCGCGCACGCGCTCGACCTTCACGGCATCGACCTGGCCGGTCTtg < 1:719802/150‑1 (MQ=255) ccacaTACTCCTTGCCAGCGGTCTCTACCGGCGGCAGTTGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGAGCTTGCGCTGGCTGGGATCGCGCACGCGCTCGACCTTCACGGCATCGACCCGGCCGGTCTtgg < 2:345631/149‑1 (MQ=255) cacaTTCTCCTTGCCATCGGTCTCTACCTGGCGCAGTTGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTCTGGCTGGGATCGCGCACGCGCTCGACCTTCACGGCATCGACCTGGCCGGTCTtggt < 2:655102/150‑1 (MQ=255) acaTACTCCTTGCCATCGGTCTCTACCTGGCGCAGTTGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTctggctgg > 1:193166/1‑100 (MQ=255) acaTACTCCTTGCCATCGGTCTCTACCTGGCGCAGTTGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTctggctgg < 2:193166/100‑1 (MQ=255) aTACTCCTTGCCATCGGTCTCTCCCTGGCGCCGTTGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTCTGGCTGGGATCGCGCACGCGCTCGACCTTCACGGCATCGACCTGGCCGGTCTtggtg < 2:318539/148‑1 (MQ=255) aTACTCCTTGCCATCGGTCTCTACCTGGCGCAGTTGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTCTGGCTGGGATCGCGCACGCGCTCGACCTTCACGGCATCGACCTGGCCGGTCTtggtg > 1:318539/1‑148 (MQ=255) ttGCCATCGGTCTCTACCTGGCGCAGTTGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTctg > 2:728459/1‑86 (MQ=255) ttGCCATCGGTCTCTACCTGGCGCAGTTGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTctg < 1:728459/86‑1 (MQ=255) aTCGGTCTCTACCTGGCGCAGTTGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTCTGGCTGGGATCGCGCACGCGCTCGACCTTCACGGCATCGACCTGGCCGGTCTTGGTGGTGACCTTTTCGGt > 2:688200/1‑150 (MQ=255) ccTGGCGCAGTTGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTCTGGCTGGGATCGCGCACGCGCTCGACCTTCACGGCa < 2:62161/104‑1 (MQ=255) ccTGGCGCAGTTGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTCTGGCTGGGATCGCGCACGCGCTCGACCTTCACGGCa > 1:62161/1‑104 (MQ=255) gcAGTTGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTCTGGCTGGGATCGCGCACGCGCTCGACCTTCACGGCATCGACCTGGCCGGTCTTGGTGGTGACCTTTTCGGTGCCCAGCACGCGGAAGt < 1:748395/150‑1 (MQ=255) gcAGTTGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTCTGGCTGGGATCGCGCACGCGCTCGACCTTCACGGCATCGACCTGGCCGGTCTTGGTGGTGACCTTTTCGGGGCCCAGCACGCGGAAGt > 2:184335/1‑150 (MQ=255) ttGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCACTTGCTCTGGCTGGGATCGCGCACGCGCTCGACCTTCACGGCATCGACCTGGCCGGTCTTGGTGGTGACCTTTTCGGTGCCCAGCACGCGGAAGTCGTa > 2:389507/1‑150 (MQ=255) ttGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCACTTGCTCTGGCTGGGATCGCGCACGCGCTCGACCTTCACGGCATCGACCTGGCCGGTCTTGGTGGTGACCTTTTCGGTGCCCAGCACGCGGAAGTCGTa > 2:389720/1‑150 (MQ=255) tGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCACTTGCTCTGGCTGGGATCGCGCACGCGCTCGACCTTCACGGCATCGACCTGGCCGGTCTTGGTGGTGACCTTTTCGGTGCCCAGCACGCGGAAGTCGTAg < 1:389507/150‑1 (MQ=255) tGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCACTTGCTCTGGCTGGGATCGCGCACGCGCTCGACCTTCACGGCATCGACCTGGCCGGTCTTGGTGGTGACCTTTTCGGTGCCCAGCACGCGGAAGTCGTAg < 1:389720/150‑1 (MQ=255) gcagGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTCTGGCTGGGATCGCGCACGCGCTCGACCTTCACGGc < 2:454286/85‑1 (MQ=255) gcagGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTCTGGCTGGGATCGCGCACGCGCTCGACCTTAACGGc > 1:454286/1‑85 (MQ=255) ccAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTCTGGCTGGGATCGCGCACGCGCTCGACCTTCACGGCATCGACCTGGCCGGTCTTGGTGGTGACCTTTTCGGTGCCCAGCACGCGGAAGTCGTAGGTGTCGATCTCGTCGcc > 1:570760/1‑150 (MQ=255) ccAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTCTGGCTGGGATCGCGCACGCGCTCGACCTTCACGGCATCGACCTGGCCGGTCTTGGTGGTGACCTTTTCGGTGCCCAGCACGCGGAAGTCGTAGGTGTCGATCTCGTCGcc > 1:16225/1‑150 (MQ=255) gCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTCTGGCTGGGATCGCGCACGCGCTCGACCTTCACGGCATCGACCTGGCCGGTCTTGGTGGTGACCTTTTCGGTGCCCAGCACGCGGAAGTCGTAGGTGTCGATCTCGTCGCCGTCGaccacc < 2:451349/150‑1 (MQ=255) ccACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTCTGGCTGGGATCGCGCACGCGCTCGACCTTCACGGCATCGACCTGGCCGGTCTTGGTGGTGACCTTTTCGGTGCCCAGCACGCGGAAGTCGTAGGTGTCGATCTCGTCGCCGTCGACCACCTGGTa > 2:426945/1‑150 (MQ=255) acaGCTCGGTGATGCGCTTGCTCTGGCTGGGATCGCGCACGCGCTCGACCTTCACGGCATCGACCTGGCCGGTCTTGGTGGTGACCTTTTCGGTGCCCAGCACGCGGAAGTCGTAGGTGTCGATCTCGTCGCCGTCGACCACCTGGTAgg > 1:622755/1‑150 (MQ=255) | GCGCGATCAGTTGCCCTTCACCGGCTTGCCATCGACCGTGCCATCCTGCAGCACGATCACATACTCCTTGCCATCGGTCTCTACCTGGCGCAGTTGCACCAGCAGGTAGTCCCAGTTCTTGGCAAACCACAGCTCGGTGATGCGCTTGCTCTGGCTGGGATCGCGCACGCGCTCGACCTTCACGGCATCGACCTGGCCGGTCTTGGTGGTGACCTTTTCGGTGCCCAGCACGCGGAAGTCGTAGGTGTCGATCTCGTCGCCGTCGACCACCTGGTAGG > NC_002947/1859600‑1859877 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |