| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,101,429 | G→C | 14.3% | T135T (ACG→ACC) | msrC → | free methionine‑(R)‑sulfoxide reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,101,429 | 0 | G | C | 14.3% | 94.6 / 7.6 | 35 | T135T (ACG→ACC) | msrC | free methionine‑(R)‑sulfoxide reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/12); new base C (2/3); total (20/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
AACGCGGCAGACCCAGCGGGTTGAGGATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAG > NC_002947/2101288‑2101573 | aaCGCGGCAGACCCAGCGGGTTGAGGATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACCGTCGGGct > 1:417251/1‑149 (MQ=255)aaCGCGGCAGACCCAGCGGGTTGAGGATGTACATGCATTCACTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCg > 1:759765/1‑150 (MQ=255) cgcgGCAGACCCAGCGGGTTGAGGATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACCGTCGGGCTGt < 2:417251/150‑1 (MQ=255) cgGCAGACCCAGCGGGTTGAGGATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGAACCGCCCGACCGTCGGGctgtcc < 1:581724/150‑6 (MQ=255) ccAGCGGGTTGAGGATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGc > 1:534802/1‑150 (MQ=255) gAGGATGTACATTCATTCCGTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGACGGACGGCAGGTGGATTGGCGTGCTGGACCTGGACACCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTg < 1:109241/150‑1 (MQ=255) ggCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGGGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGgcggcg > 2:10208/1‑150 (MQ=255) tgtgACAGTCCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCg > 2:628797/1‑150 (MQ=255) aCAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTtga > 1:350733/1‑150 (MQ=255) aCAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTtga > 2:278994/1‑150 (MQ=255) ccTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTggc < 2:372491/124‑1 (MQ=255) ccTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTggc > 1:372491/1‑124 (MQ=255) tCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGActgc > 1:37322/1‑150 (MQ=255) gCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCaa < 2:759765/150‑1 (MQ=255) gCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGtt > 1:603829/1‑150 (MQ=255) gTGATCCCGTTGGTGAAGGCCGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTACCt > 2:469352/1‑150 (MQ=255) aTCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCa < 1:512092/70‑1 (MQ=255) aTCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCa > 2:512092/1‑70 (MQ=255) cGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCgg > 1:281098/1‑150 (MQ=255) tGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCct < 1:378717/150‑1 (MQ=255) tGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCtt > 1:792007/1‑150 (MQ=255) ggACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCt > 1:355935/1‑150 (MQ=255) cGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGAc > 1:563464/1‑64 (MQ=255) cGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGAc < 2:563464/64‑1 (MQ=255) gATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCggg < 2:534802/150‑1 (MQ=255) gCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTAc < 1:628797/150‑1 (MQ=255) ggacctggacAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaa < 1:10208/150‑1 (MQ=255) 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ccGACGGTCGTGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCCATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCCTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGACAAGAGGCCGGCACAg < 2:238726/150‑1 (MQ=255) ccGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAg < 1:278994/150‑1 (MQ=255) | AACGCGGCAGACCCAGCGGGTTGAGGATGTACATGCATTCCCTGGCCACATTGCCTGTGACAGTGCCTCCAACAGCGAGCTGGTGATCCCGTTGGTGAAGGACGGCAGGTTGATTGGCGTGCTGGACCTGGACAGCCCGACGGTCGGGCGGTTCAGCGAGGCGGACCAGGTGGGGCTGGAGCGGTTGGCGGCGATCTTTCTGGCGTTGACTGACTGCTGATCAATGTTGCCTGAGTCGGCCTCTTCGCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAG > NC_002947/2101288‑2101573 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |