| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,371,656 | G→T | 11.8% | A1477A (GCG→GCT) | gdhB → | NAD‑specific glutamate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,371,656 | 0 | G | T | 11.8% | 91.2 / 3.6 | 34 | A1477A (GCG→GCT) | gdhB | NAD‑specific glutamate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (14/16); new base T (2/2); total (16/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.22e-01 | |||||||||||
TACCGCGCACTTCGGGCCGAAGATCGCGCAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGAAATCAGCAAC > NC_002947/2371512‑2371797 | tACCGCGCACTTCGGGCCGAAGATCGCGCAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTAc < 2:166579/150‑1 (MQ=255) cgcgCACTTCGGGCCGAAGATCGCGCAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAg < 1:750248/150‑1 (MQ=255) gcgcACTTCGGGCCGAAGATCGCGCAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCTGGTAcccgc > 1:59933/1‑147 (MQ=255) gcgcACTTCGGGCCGAAGATCGCGCAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGc > 2:45834/1‑150 (MQ=255) gcgcACTTCGGGCCGAAGATCGCGCAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGc > 1:714712/1‑150 (MQ=255) gcgcACTTCGGGAAGAAGATTGCGAAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGGCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCCCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGc < 1:438592/150‑1 (MQ=255) cTTCGGGCCGAAGATCGCGCAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCt < 1:45834/150‑1 (MQ=255) tCGGGCCGAAGATCGCGCAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCTGGTACCCGCCAccata < 2:59933/150‑4 (MQ=255) gcgcAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCgg > 1:203350/1‑121 (MQ=255) gcgcAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCgg < 2:203350/121‑1 (MQ=255) gcgcAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCg > 2:751114/1‑150 (MQ=255) cgcAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCTGTGTGCCAGCGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCTACCTGTACACCCTGCTGCCGa < 2:67703/150‑1 (MQ=255) gCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCAt < 2:359988/150‑1 (MQ=255) gctgctCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCgg > 1:353068/1‑150 (MQ=255) gctCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCa > 2:263451/1‑150 (MQ=255) aaGGTCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGTCGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGATGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGc < 2:266973/150‑1 (MQ=255) aaGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGc < 1:751114/150‑1 (MQ=255) cccGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAgg > 1:501791/1‑150 (MQ=255) cgcgAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGCGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTg > 1:97593/1‑150 (MQ=255) cgcgAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTg > 2:591042/1‑150 (MQ=255) gcgAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTTACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTgg > 2:103907/1‑150 (MQ=255) gAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGAc > 1:611278/1‑120 (MQ=255) gAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGAc < 2:611278/120‑1 (MQ=255) gCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAgg > 1:464021/1‑150 (MQ=255) tggatggaCCCGTACCGGTGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCa < 2:369092/150‑1 (MQ=255) tCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGaa < 2:352126/98‑1 (MQ=255) tCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGaa > 1:352126/1‑98 (MQ=255) ccGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGc < 2:464021/150‑1 (MQ=255) aCCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTgg < 2:501791/150‑1 (MQ=255) gACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTGGGCAGCGCGCTGgac > 2:720898/1‑150 (MQ=255) ccGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTgg > 1:652728/1‑124 (MQ=255) ccGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTgg < 2:652728/124‑1 (MQ=255) cgcgTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGAAATCa < 1:591042/150‑1 (MQ=255) aTGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGAAATCAGCAAc < 2:714712/150‑1 (MQ=255) gtggCTGGTACCCGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCa < 2:604089/77‑1 (MQ=255) gtggCTGGTACCCGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCa > 1:604089/1‑77 (MQ=255) | TACCGCGCACTTCGGGCCGAAGATCGCGCAGCTGGGTCTGAAGCTGGATGAGCTGCTCGAAGGCCCTACCCGCGAACGCTGGATGGTCCGCTACCAGGGCTTTGTCGACGCCGGTGTGCCGGAGTTGCTGGCGCGTATGGTGGCGGGTACCAGCCACCTGTACACCCTGCTGCCGATCATTGAAGCGGCCGACGTGACCGGCCATGAGCCTGCGCAGGTGGCCAAGGCATTCTTCGCCGTGGGCAGCGCGCTGGACCTGACCTGGTACCTGCAGGAAATCAGCAAC > NC_002947/2371512‑2371797 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |