| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,688,176 | G→T | 12.4% | L22M (CTG→ATG) | PP_2355 ← | two‑component system response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,688,176 | 0 | G | T | 12.4% | 91.3 / 2.4 | 32 | L22M (CTG→ATG) | PP_2355 | two‑component system response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/15); new base T (2/2); total (15/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTCGACCTTGGGCAGTTTCAGGTCGAGTAACAGCACGGCAGGGTTGCCGTCATCGCGCTCGGCATAGGCGTTGCGGCGCAGCAAGTAGTCGAGGGCATCGGCGCCGTCACGCAGCACGATGACCTCGTTGGCCAACTGGCTGCGCTCCAGGGCCAGCAGGGTCAGCTCCAGGTCTCGGGGGTTGTCTTCGACCAGCAGAATGGGCTTGAGCATGATGGTAGCGATGCCTCAGGTAGCAGTGTTTCGGGGTAGGGTGAAGTGGAAGCTGGCGCCTTGGTCGACCTGGCCAGTGGCCCAG > NC_002947/2688027‑2688324 | gTCGACCTTGGGCAGTTTCAGGTCGAGTAACAGCACGGCAGGGTTGCCGTCATCGCGCTCGGCATAGGCGTTGCGGCGCAGCAAGTAGTCGAGGGCATCGGCGCCGTCACGCAGCACGATGACCTCGTTGGCCAACTGGCTGCGCTCCAg > 1:412700/1‑150 (MQ=255) ttGGGCAGTTTCAGGTCGAGTAACAGCACGGCAGGGTTGCCGTCATCGCGCTCGGCATAGGCGTTGCGGCGCAGCAAGTAGTCGAGGGCATCGGCGCCGTCACGCAGCACGATGACCTCGTTGGCCAACTGGCTGCGCTCCAGGGCcagc < 2:608620/150‑1 (MQ=255) aGTTTCAGGTCGAGTAACAGCACGGCAGGGTTGCCGTCATCGCGCTCGGCATAGGCGTTGCGGCGCAGCAAGTAGTCGAGGGCATCGGCGCCGTCACGCAGCACGATGACCTCGTTGGCCAACTGGCTGCGCTCCAGGGCCAGCAGGGTc > 2:125436/1‑150 (MQ=255) tAACAGCACGGCAGGGTTGCCGTCATCGCGCTCGGCATAGGCGTTGCGGCGCAGCAAGTAGTCGAGGGCATCGGCGCCGTCACGCAGCACGATGACCTCGTTGGCCAACTGGCTGCGCTCCAGGGCCAGCAGGGTCAGCTCCAGGTCTCg < 2:412700/150‑1 (MQ=255) aaCAGCACGGCAGGGTTGCCGTCATCGCGCTCGGCATAGGCGTTGCGGCGCAGCAAGTAGTCGAGGGCATCGGCGCCGTCACGCAGCACGATGACCTCGTTGGCCAACTGGCTGCGCTCCAGGGCCAGCAGGGTCAGCTCCAGGTCTCgg < 1:125436/150‑1 (MQ=255) aaCAGCACGGCAGGGTTGCCGTCATCGCGCTCGGCATAGGCGTTGCGGCGCAGCAAGTAGTCGAGGGCATCGGCGCCGTCACGCAGCACGATGACCTCGTTGGCCAACTGGCTGCGCTCCAGGGCCAGCAGGGTCAGCTCCAGGTCTCgg < 1:785816/150‑1 (MQ=255) aaCAGCACGGCAGGGTTGCCGTCATCGCGCTCGGACTGGGCGTTGCGGCGCAGCAAGTAGTCGAGGGCATCGGCGCCGTCACGCAGCACGATGACCTCGTTGGCCAACTGGCTGCGCTCCAGGGCCAGCAGGGTCAGCTCCAGGTCTCgg < 1:403491/150‑1 (MQ=255) aCAGCACGGCAGGGTTGCCGTCATCGCGCTCGGCATAGGCGTTGCGGCGCAGCAAGTAGTCGAGGGCATCGGCGCCGTCACGCAGCACGATGACCTCGTTGGCCAACTGGCTGCGCTCCAGGGCCAGCAgg < 2:188430/131‑1 (MQ=255) aCAGCACGGCAGGGTTGCCGTCATCGCGCTCGGCATAGGCGTTGCGGCGCAGCAAGTAGTCGAGGGCATCGGCGCCGTCACGCAGCACGATGACCTCGTTGGCCAACTGGCTGCGCTCCAGGGCCAGCAgg > 1:188430/1‑131 (MQ=255) cAGGGTTGCCGTCATCACGCCAGGCATAGGGGTTGCGGCGTAGTAAGTAGTCGAGGGCATCGGCGCCGTCACGCAGCACGATGACCTCGTTGGCCAACTGGCTGCGCTCCAGGGCCAGCAGGGTCAGCTCCAGGTCTCGGGGGTTGTCtt < 2:639971/150‑1 (MQ=255) cGTCATCGCGCTCGGCATAGGCGTTGCGTCGCAGCAAGTAGTCGAGGNCATCGGCGCCGTCACGCAGCACGATGACCTCGTTGGCCAACTGGCTGGGCTCCAGGGCCAGCAGGGTCAGCTCCAGGTCTCGGGGGGTGTCTTCGACcagca > 1:228795/1‑150 (MQ=255) ggCATAGGCGTTGCGGCGCAGCAAGTAGTCGAGGGCATCGGCGCCGTCACGCAGCACGATGACCTCGTTGGCCAACTGGCTGCGCTCCATGGCCAGCAGGGTCAGCTCCAGGTCTCGGGGGTTGTCTTCGACCAGCAGAATGGGCTTGAg > 1:153301/1‑150 (MQ=255) aTAGGCGTTGCGGCGCAGCAAGTAGTCGAGGGCATCGGCGCCGTCACGCAGCACGATGACCTCGTTGGCCAACTGGCTGCGCTCCAGGGCCAGCAGGGTCAGCTCCAGGTCTCGGGGGTTGTCTTCGACCAGCAGAATGGGCTTGAGCat > 1:300907/1‑150 (MQ=255) gcagcaAGTAGTCGAGGGCATCGGCGCCGTCACGCAGCACGATGACCTCGTTGGCCAACTGGCTGCGCTCCATGGCCAGCAGGGTCAGCTCCAGGTCTCGGGGGTTGTCTTCGACCAGCAGAATGGGCTTGAGCATGAAGGTAGCGATGc < 2:153301/150‑1 (MQ=255) tCGAGGGCATCGGCGCCGTCACGCAGCACGATGACCTCGTTGGCCAACTGGCTGCGCTCCAGGGCCAGCAGGGTCAGCTCCAGGTCTCGGGGGTTGTCTTCGACCAGCAGAATGGGCTTGAGCATGATGGTAGCGATGCCTCAGGTAGCa > 1:611924/1‑150 (MQ=255) aGGGCATCGGCGCCGTCACGCAGCACGATGACCTCGTTGGCCAACTGGCTGCGCTCCAGGGCCAGCAGGGTCAGCTCCAGGTCTCGGGGGTTGTCTTCGACCAGCAGAATGGGCTTGAGCATGATGGTAGCGATGCCTCAGGTAGCAgtg > 2:216485/1‑150 (MQ=255) tCGGCGCCGTCACGCAGCACGATGACCTCGTTGGCCAACTGGCTGCGCTCCAGGGCCAGTAGGGTCAGCTCCAGGTATAGCCAGTTCACTTCTACCTCCAGAAAGCTCTTTACCATTATGGTAGCGATGCCTCAGGTAGCAGTGTTTCgg < 1:216485/150‑1 (MQ=255) cgcCGTCACGCAGCACGATGACCTCGTTGGCCAACTGGCTGCGCTCCAGGGCCAGCAGGGTCAGCTCCAGGTCTCGGGGGTTGTCTTCGACCAGCAGAATGGGCTTGAGCATGATGGTAGCGATGCCTCAGGTAGCAGTGTTTCGGGGTa < 2:790004/150‑1 (MQ=255) ccGTCACGCAGCACGATGACCTCGTTGGCCAACTGGCTGCGCTCCAGGGCCAGCAGGGTCAGCTCCAGGTCTCGGGGGTTGTCTTCGACCAGCAGAATGGGCTTGAGCatgatg < 1:721836/114‑1 (MQ=255) ccGTCACGCAGCACGATGACCTCGTTGGCCAACTGGCTGCGCTCCAGGGCCAGCAGGGTCAGCTCCAGGTCTCGGGGGTTGTCTTCGACCAGCAGAATGGGCTTGAGCatgatg > 2:721836/1‑114 (MQ=255) ccGTCACGCAGCACGATGACCTCGTTGGCCAACTGGCTGCGCTCCAGGGCCAGCAGGGTCAGCTCCAGGTCTCGGGGGTTGTCTTCGACCAGCAGAATGGGCTTGAGCATGATGGTAGCGATGCCTCAGGTAGCAGTGTTTCGGGGTAgg < 1:732404/150‑1 (MQ=255) cGATGACCTCGTTGGCCAACTGGCTGCGCTCCAgg > 2:494970/1‑35 (MQ=255) cGATGACCTCGTTGGCCAACTGGCTGCGCTCCAgg < 1:494970/35‑1 (MQ=255) ccTCGTTGGCCAACTGGCTGCGCTCCAGGGCCAGCAGGGTCAGCTCCAGGTCTCGGGGGTTGTCTTCGACCAGCAGAATGGGCTTGAGCATGATGGTAGCGATGCCTCAGGTa < 2:792161/113‑1 (MQ=255) ccTCGTTGGCCAACTGGCTGCGCTCCAGGGCCAGCAGGGTCAGCTCCAGGTCTCGGGGGTTGTCTTCGACCAGCAGAATGGGCTTGAGCATGATGGTAGCGATGCCTCAGGTa > 1:792161/1‑113 (MQ=255) cTCGTTGGCCAACTGGCTGCGCTCCAGGGCCAGCAGGGTCAGCTCCAGGTCTCGGGGGTTGTCTTCGACCAGCAGAATGGGCTTGAGCATGATGGTAGCGATGCCTCAGGTAGCAGTGTTTCGGGGTAGGGTGAAGTGGAAGCTGGCGcc > 1:298900/1‑150 (MQ=255) cTCGTTGGCCAACTGGCTGCGCTCCAGGGCCAGCAGGGTCAGCTCCAGGTCTCGGGGGTTGTCTTCGACCAGCAGAATGGGCTTGAGCATGATGGTAGCGATGCCTCAGGTAGCAGTGTTTCGGGGTAGGGTGAAGTGGAAGCTGGCGcc < 1:151684/150‑1 (MQ=255) tCGTTGGCCAACTGGCTGCGCTCCAGGGCCAGCAGGGTCAGCTCCAGGTCTCGGGGGTTGTCTTCGACCAGCAGAATGGGCTTGAGCATGATGGTAGCGATGCCTCAGGTAGCAGTGTTTCGGGGTAGGGTGAAGTGGAAGCTGGCGCCt > 1:388860/1‑150 (MQ=255) ttGGCCAACTGGCTGCGCTCCAGGGCCAGCAGGGTCAGCTCCAGGTCTCGGGGGTTGTCTTCGACCAGCAGAATGGGCTTGAGCATGATGGTAGCGATGCCTCAGGTAGCAGTGTTTCGGGGTAGGGTGAAGTGGAAGCTGgc < 2:198079/143‑1 (MQ=255) ttGGCCAACTGGCTGCGCTCCAGGGCCAGCAGGGTCAGCTCCAGGTCTCGGGGGTTGTCTTCGACCAGCAGAATGGGCTTGAGCATGATGGTAGCGATGCCTCAGGTAGCAGTGTTTCGGGGTAGGGTGAAGTGGAAGCTGgc > 1:198079/1‑143 (MQ=255) cAACTGGCTGCGCTCCATGGCCAGCAGGGTCAGCTCCAGGTCTCGGGGGTTGTCTTCGACCAGCAGAATGGGCTTGAGCATGATGGTAGCGATGCCTCAGGTAGCAGTGTTTCGGGGTAGGGTGAAGTGGAAGCTGgc < 1:642517/138‑1 (MQ=255) cAACTGGCTGCGCTCCATGGCCAGCAGGGTCAGCTCCAGGTCTCGGGGGTTGTCTTCGACCAGCAGAATGGGCTTGAGCATGATGGTAGCGATGCCTCAGGTAGCAGTGTTTCGGGGTAGGGTGAAGTGGAAGCTGgc > 2:642517/1‑138 (MQ=255) tGCGCTCCAGGGCCAGCAGGGTCAGCTCCAGGTCTCGGGGGTTGTCTTCGACCAGCAGAATGGGCtt < 2:229671/67‑1 (MQ=255) tGCGCTCCAGGGCCAGCAGGGTCAGCTCCAGGTCTCGGGGGTTGTCTTCGACCAGCAGAATGGGCtt > 1:229671/1‑67 (MQ=255) aGGGCCAGCAGGGTCAGCTCCAGGTCTCGGGGGTTGTCTTCGACCAGCAGAATGGGCTTGAGCATGATGGTAGCGATGCCTCAGGTAGCAGTGTTTCGGGGTAGGGTGAAGTGGAAGCTGGCGCCTTGGTCGACCTGGCCAGTGGCCCAg > 1:559748/1‑150 (MQ=255) | GTCGACCTTGGGCAGTTTCAGGTCGAGTAACAGCACGGCAGGGTTGCCGTCATCGCGCTCGGCATAGGCGTTGCGGCGCAGCAAGTAGTCGAGGGCATCGGCGCCGTCACGCAGCACGATGACCTCGTTGGCCAACTGGCTGCGCTCCAGGGCCAGCAGGGTCAGCTCCAGGTCTCGGGGGTTGTCTTCGACCAGCAGAATGGGCTTGAGCATGATGGTAGCGATGCCTCAGGTAGCAGTGTTTCGGGGTAGGGTGAAGTGGAAGCTGGCGCCTTGGTCGACCTGGCCAGTGGCCCAG > NC_002947/2688027‑2688324 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |