Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,189,646 | A→C | 11.0% | H349Q (CAT→CAG) | PP_2799 ← | class III aminotransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,189,646 | 0 | A | C | 11.0% | 86.2 / 4.1 | 36 | H349Q (CAT→CAG) | PP_2799 | class III aminotransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/14); new base C (2/2); total (20/16) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 |
TCCCTGGCTGGGCGAACGGTTGGCGGGTGGCCTTGTCGGCAACCAGTTCGATCCCGCCCATCAGCCCGACGCCTCTGACGTTGCCGACCAACGGGTGGTCTTCGAACGCGCGCAGGTGGCGCTGGAACACGGGGGCCAGGTGCTGCACATGGCCGACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCGGATGTTTTCCAGCGCAACCGCCGTGGCGACGGGGTGGCCCGTGCAGGTCAGGCCGTGGGCGAATGCCCCCAGGCGCTGGCTCTGGCTCACCAGTACATCGTTCATGGCATC > NC_002947/3189498‑3189789 | gcccTGGCTGGGCGAACGGTTGGCGGGTGGCCTTGTCGGCAACCAGTTCCATCCCGCCCATCAGCCCGACGCCTCTGACGTTGCCGACCAACGGGTGGTCTTCGAACGCGCGCAGGTGGCGCTGGAACACGGGGGACAGGTGCTGCCCAt > 2:160734/2‑150 (MQ=255) ctggGCGAACGGTTGGCGGGTGGCCTTGTCGTCAACCAGGTTGCTCCCGCCCATCAGCCCGACGCCTCTGACGTTGCCGATCAACGGGTCGTCGTCGAACGCGCGCAGGTCGCGCTGGAACACGGGGGCCAGGTGCTGCACATGGCCGAc < 2:41543/150‑1 (MQ=255) gcaCGGTTGGCGGGTGGCCTTGTCGGCAACCAGTTCGATCCCGCCCATCAGCCCGACGCCTCTGACGTTGCCGACCAACGGGTGGTCTTCGAACGCGCGCAGGTGGCGCTGGAACACGGGGGCCAGGTGCTGCACATGGCCGACCAGATc > 2:14284/3‑150 (MQ=255) ttGTCGGCAACCAGTTCGATCCCGCCCATCAGCCCGACGCCTCTGACGTTGCCGACCAACGGGTGGTCTTCGAACGCGCGCAGGTGGCGCTGGAACACGGGGGCCAGGTGCTGCACATGGCCGACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCgg > 2:281592/1‑150 (MQ=255) gTCGGCAACCAGTTCGATCCCGCCCATCAGCCCGACGCCTCTGACGTTGCCGACCAACGGGTGGTCTTCGAACGCGCGCAGGTGGCGCTGGAACACGGGGGCCAGGTGCTGCACATGGCCGACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCGGAt < 1:344003/150‑1 (MQ=255) gATCCCGCCCATCAGCCCGACGCCTCTGGCGTTGCCGACCAAGGGGTGGTCTTCGAACGCGCGCAGGTAGCGCTGGAACACGGGGGCCAGGTGCTGCACATGGCCGACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCGGATGTTTTACAACGCAAc > 1:257809/1‑150 (MQ=255) tCCCGCCCATCAGCCCGACGCCTCTGACGTTGCCGACCAACGGGTGGTCTTCGAACGCGCGCAGGTGGCGCTGGAACACGGGGGCCAGGTGCTGCACATGGCCGACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCGGAt > 1:173843/1‑133 (MQ=255) tCCCGCCCATCAGCCCGACGCCTCTGACGTTGCCGACCAACGGGTGGTCTTCGAACGCGCGCAGGTGGCGCTGGAACACGGGGGCCAGGTGCTGCACATGGCCGACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCGGAt < 2:173843/133‑1 (MQ=255) aGCCCGACGCCTCTGACGTTGCCGACCAACGGGTGGTCTTCGAACGCGCGCAGGTGGCGCTGGAACACGGGGGCCAGGTGCTGCACATGGCCGACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCGGATGTTTTCCAGCGCAACCGCCGTGGCGACg > 1:254239/1‑150 (MQ=255) cGACGCCTCTGACGTTGCCGACCAACGGGTGGTCTTCGAACGCGCGCAGGTGGCGCTGGAACACGGGGGCCAGGTGCTGCACATGGCCGACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCGGATGTTTTCCAGCGCAACCGCCGTGGCGACGGGGt > 1:195051/1‑150 (MQ=255) tctGACGTTGCCGACCAACGGGTGGTCTTCGAACGCGCGCAGGTGGCGCTGGAACACGGGGGCCAGGTGCTGCACATGGCCGACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCGGATGTTTTCCAGCGCAACCGCCGTGGCGACGGGGTGGCCCGt > 1:292462/1‑150 (MQ=255) ctGACGTTGCCGACCAACGGGTGGTCTTCGAACGCGCGCAGGTGGCGCTGGAACACGGGGGCCAGGTGCTGCACATGGCCTACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCGGATGTTTTCCAGCGCAACCGCCGTGGCGACGGGGTGGCCCGTg < 2:257809/150‑1 (MQ=255) aCGTTGCCGACCAACGGGTGGTCTTCGAACGCGCGCAGGTGGCGCTGGAACACGGGGGCCATGTGCAGCACCTgg < 1:428943/75‑1 (MQ=255) aCGTTGCCGACCAACGGGTGGTCTTCGAACGCGCGCAGGTGGCGCTGGAACACGGGGGCCATGTGCAGCACCTgg > 2:428943/1‑75 (MQ=255) gTTGCCGACCAACGGGTGGTCTTCGAACGCGCGCAGGTGGCGCTGGAACACGGGGGCCAGGTGCTGCACATGGCCGACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCGGATGTTTTCCAGCGCAACCGCCGTGGCGACGGGGTGGCCCGTGCAGGt < 2:195051/150‑1 (MQ=255) cGACCAACGGGTGGTCTTCGAACGCGCGCAGGTGGCGCTGGAACACGGGGGCCAGGTGCTGCACATGGCCGACCAGATCGCACTCTTCGATGATGCGGATGTTTTCCAGCGCAACCGCCGTGGCGACGGGGTGGCCCGTGCAGGTCAGGc > 1:392839/1‑150 (MQ=255) cGACCAACGGGTGGTCTTCGAACGCGCGCAGGTGACGCCGTAACACGGGAGCCACGTGCTGCACATGGCCAACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCGGATGTTTTCCAGCGGAACCGACGTGGCGACGGGGTGGACCTTGCAGGTCAGGc > 2:129269/1‑150 (MQ=255) ccAACGGGTGGTCTTCGAACGCGCGCAGGTGGCGCTGGAACACGGGGGCCAGGTGCTGCACATGGCCGACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCGGATGTTTTCCAGCGCAACCGCCGTGGCGACGGGGTGGCCCGTGCAGGTCAGGCCGt > 1:28199/1‑150 (MQ=255) ccAACGGGTGGTCTTCGAACGCGCGCAGGTGGCGCTGGAACACGGGGGCCAGGTGCTGCACATGGCCGACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCGGATGTTTTCCAGCGCAACCGCCGTGGCGACGGGGTGGCCCGTGCAGGTCAGGCCGt > 2:481398/1‑150 (MQ=255) ggtggtCTTCGAACGCGCGCAGGTGGCGCTGTAACACGGGGGCCAGGTGCTGCACATGGCCGACCAGATCGCGCTCTTCGATTATGCGGATGTTTTCCAGCGCAACCGCCGTGGCGACGGGGTGGCCCGTGCAGGTCAGGCCGTGGGCGa < 1:129269/150‑1 (MQ=255) tggtCTTCGAACGCGCGCAGGTGGCGCTGGAACACGGGGGCCAGGTGCTGCACATGGCCGACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCGGATGTTTTCCAGCGCAACCGCCGTGGCGACGGGGTGGCCCGTGCAGGTCAGGCCGTGGGCGAAt < 2:254239/150‑1 (MQ=255) tggtCTTCGAACGCGCGCAGGTGGCGCTGGAACACGGGGGCCAGGTGCTGCACATGGCCGACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCGGATGTTTTCCAGCGCAACCGCCGTGGCGACGGGGTGGCCCGTGCAGGTCAGGCCGTGGGCGAAt < 2:736128/150‑1 (MQ=255) gtCTTCGAACGCGCGCAGGTGGCGCTGGAACACGGGGGCCAGGTGCTGCACATGGCCGACCAGATCGCACTCTTCGATGATGCGGATGTTTTCCAGCGCAACCGCCGTGGCGACGGGGTGGCCCGTGCAGGTCAGGCCGTGGGCGAATGc < 2:392839/150‑1 (MQ=255) ttCGAACGCGCGCAGGTGGCGCTGGAACACGGGGGCCAGGTGCTGCACATGGCCGACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCGGATGTTTTCCAGCGCAACCGCCGTGGCGACGGGGTGGCCCGTGCAGGTCAGGCCGTGGGCGAATGcccc > 2:13467/1‑150 (MQ=255) aaCGCGCGCAGGTGGCGCTGGAACACGGGGGCCAGGTGCTGCACATGGCCGACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCGGATGTTTTCCAGCGCAACCGCCGTGGCGACGGGGTGGCCCGTGCAGGTCAGGCCGTGGGCGAATGCCCCCAgg > 2:108128/1‑150 (MQ=255) aaCGCGCGCAGGTGGCGCTGGAACACGGGGGCCAGGTGCTGCACATGGCCGACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCGGATGTTTTCCAGCGCAACCGCCGTGGCGACGGGGTGGCCCGTGCAGGTCAGGCCGTGGGCGAATGCCCCCAgg > 1:793555/1‑150 (MQ=255) gcAGGTGGCGCTGGAACACGGGGGCCAGGTGCTGCACATGGCCGACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCGGATGTTTTCCAGCGCAACCGCCGTGGCGACGGGGTGGCCCGTGCAGATCAGGCCGTGGGCGAATGCCCCCAGGCGctggc > 1:205927/1‑150 (MQ=255) aGGTGGCGCTGGAACACGGGGGCCAGGTGCTGCACATGGCCGACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCGGATGTTTTCCAGCGCAACCGCCGTGGCGACGGGGTGGCCCGTGCAGGTCAGGCCGTGGGCGAATGCCCCCAGGCGctggctc < 2:292462/150‑1 (MQ=255) tGGCGCTGGAACACGGGGGCCAGGTGCTGCACATGGCCGACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCGGATGTTTTCCAGCGCAACCGCCGTGGCGACgg < 1:359320/97‑1 (MQ=255) tGGCGCTGGAACACGGGGGCCAGGTGCTGCACATGGCCGACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCGGATGTTTTCCAGCGCAACCGCCGTGGCGACgg > 2:359320/1‑97 (MQ=255) gcTGTAACACGGGTTCTAGGTGCTGCACATGGCCGACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCGGATGTTTTCCAGCGCAACCGCCGTGGCGACGGGGTGGCCCGTGCAGGTCAGGCCGTGGGCGAATGCCCCCAGGCGCTGGCTCTGGCTCa < 2:205927/150‑1 (MQ=255) cTGGAACACGGGGGCCAGGTGCTGCACATGGCCGACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCGGATGTTTTCCAGCGCAACCGCCGTGGCGACGGGGTGGCCCGTGCAGGTCAGGCCGTGGGCGAATGCCCCCAGGCGCTGGCTCTGGCTCAc < 2:28199/150‑1 (MQ=255) ggCCATGTGCAGCACCTGGCCGACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCGGATGTTTTCCAGCGCAACCGCCGTGGCGACGGGGTGGCCCGTGCAGGTCAGGCCGTGGGCGAATGCCCCCAGGCGctggctctgg > 2:65276/1‑133 (MQ=255) ggCCATGTGCAGCACCTGGCCGACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCGGATGTTTTCCAGCGCAACCGCCGTGGCGACGGGGTGGCCCGTGCAGGTCAGGCCGTGGGCGAATGCCCCCAGGCGctggctctgg < 1:65276/133‑1 (MQ=255) gTGCTGCACATGGCCGACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCGGATGTTTTCCAGCGCAACCGCCGTGGCGACGGGGTGGCCCGTGCAGGTCAGGCCGTGGGCGAATGCCCCCAGGCGCTGGCTCTGGCTCACCAGTACATCGTTCATGGc > 1:312957/1‑150 (MQ=255) ctgcACATGGCCGACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCGGATGTTTTCCAGCGCAACCGCCGTGGCGACGGGGTGGCCCGTGCAGGTCAGGCCGTGGGCGAATGCCCCCAGGCGCTGGCTCTGGCTCACCATTACATCGTTCTTTGCATc < 2:793555/150‑1 (MQ=255) | TCCCTGGCTGGGCGAACGGTTGGCGGGTGGCCTTGTCGGCAACCAGTTCGATCCCGCCCATCAGCCCGACGCCTCTGACGTTGCCGACCAACGGGTGGTCTTCGAACGCGCGCAGGTGGCGCTGGAACACGGGGGCCAGGTGCTGCACATGGCCGACCAGATCGCGCTCTTCGATGATGCGGATGTTTTCCAGCGCAACCGCCGTGGCGACGGGGTGGCCCGTGCAGGTCAGGCCGTGGGCGAATGCCCCCAGGCGCTGGCTCTGGCTCACCAGTACATCGTTCATGGCATC > NC_002947/3189498‑3189789 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |