| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,211,932 | C→A | 13.4% | S309* (TCA→TAA) ‡ | PP_2815 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,211,932 | 0 | C | A | 13.4% | 76.3 / 3.7 | 30 | S309* (TCA→TAA) ‡ | PP_2815 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/13); new base A (2/2); total (15/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.49e-01 | |||||||||||
CCTGCTGCAGGACGTCGCCCGGCAATTTCCGAAGATACGCGCGGCAATCGGTTCGGCGGGCGCGGGGATGAATGGCTTCCGGCGCTCGCACCTGGAAGCCTTGACCACCCAGCGGTTGATGGGCCGTTTGGCGGGTTCACCCGCCGTTGCCACGATCGATCAGGTGAGGATGGTGTCGCTGATGACCCAGGATGCCCGCGCGGCCAGGCAGTTCGTCTTGAGCACGTTGGGGCGCTTGGCGACCGAGCCC > NC_002947/3211795‑3212044 | ccTGCTGCAGGACGTCGCCCGGCAATTTCCGAAGATACGCGCGGCAATCGGTTCGGCGGGCGCGGGGATGAATGGCTTCCGGCGCTCGCACCTGGAAGCCTTGACCACCCAGCGGTTGATGGGCCGTTTGGCGGGTTCACCCGCCGTTGc > 2:168395/1‑150 (MQ=255) gcAGGACGTCGCCCGGCAATTTCCGAAGATACGCGCGGCAATCGGTTCGGCGGGCGCGGGGATGAATGGCTTCCGGCGCTCGCACCTGGAAGCCTTGACCACCCAGCGGTTGATGGGCCGTTTGGCGGGTTCACCCGCCGTTGCCAcgat > 1:343851/1‑150 (MQ=255) gTCGCTCGGCAATTTCCGAAGATACGCGCGGCAATCGGTTCGGCGGGCGCGGGGATGAATGGCTTCCGGCGCTCGCACCTGGAAGCCTTGACCACCCAGCGGTTGATGGGCCGTTTGGCGGGTTCACACGCCGTTGCCACGATCGATCAg > 2:267937/1‑150 (MQ=255) tCCGAAGATACGCGCGGCAATCGGTTCGGCGGGCGCGGGGATGAATGGCTTCCGGCGCTCGCACCTGGAAGCCTTGACCACCCAGCGGTTGATGGGCCGTTTGGCGGGTTCGCCCGCCGTTGCCACGATCGATCAGGTGAGGATGgtggc < 2:343851/150‑3 (MQ=255) cGAAGATACGCGCGGCAATCGGTTCGGCGGGCGCGGGGATGAATGGCTTCCGGCGCTCGCACCTGGAAGCCTTGACCACCCAGCGGTTGATGGGCCGTTTGGCGGGTTCACCCGCCGTTGCCAcgatcgat > 1:5148/1‑131 (MQ=255) cGAAGATACGCGCGGCAATCGGTTCGGCGGGCGCGGGGATGAATGGCTTCCGGCGCTCGCACCTGGAAGCCTTGACCACCCAGCGGTTGATGGGCCGTTTGGCGGGTTCACCCGCCGTTGCCAcgatcgat < 2:5148/131‑1 (MQ=255) gAAGATACGCGCGGCAATCGGTTCGGCGGGCGCGGGGATGAATGGCTTCCGGCGCTCGCACCTGGAAGCCTTGACCACCCAGCGGTTGATGGGCCGTTTGGCGGGTTCACCCGCCGTTGCCACGATCGATCAGGTGAGGATGGTGTCGCt < 2:531548/150‑1 (MQ=255) aaTCGGTTCGGCGGGCGCGGGGATGAATGGCTTCCGGCGCTCGCACCTGGAAGCCTTGACCACCCAGCGGTTGATGGGCCGTTTGGCGGGTTCACCCGCCGTTGCCACGATCGATCAGGTGAGGATGGTGTCGCTGATGACCCAGGATGc < 1:267937/150‑1 (MQ=255) gcgggcgCGGGGATGAATGGCTTCCGGCGCTCGCACCTGGAAGCCTTGACCACCCAGCGGTTGATGGGCCGTTTGGCGGGTTCACCCGCCGTTGCCACGATCGATCAGGTGAGGATGGTGTCGCtgat < 2:87399/128‑1 (MQ=255) gcgggcgCGGGGATGAATGGCTTCCGGCGCTCGCACCTGGAAGCCTTGACCACCCAGCGGTTGATGGGCCGTTTGGCGGGTTCACCCGCCGTTGCCACGATCGATCAGGTGAGGATGGTGTCGCtgat > 1:87399/1‑128 (MQ=255) gAATGGCTTCCGGCGCTCGCACCTGGAAGCCTTGACCACCCAGCGGTTGATGGGCCGTTTGGCGGGTTCACCCGCCGTTGCCACGATCGATCAGGTGAGGATGGTGTCGCTGATGACCCAGGATGCCCGCGCGGCCAGGCAGTTCGTCtt < 1:508482/150‑1 (MQ=255) aTGGCTTCCGGCGCTCGCACCTGGAAGCCTTGACCACCCAGCGGTTGATGGGCCGTTTGGCGGGTTCACCCGCCGTTGCCACGATCGATCAGGTGAGGATGGTGTCGCTGATGACCCAGGATGCCCGCGCGGCCAGGCAGTTCGTCTTGa > 2:682121/1‑150 (MQ=255) gCACCTGGAAGCCTTGACCACCCAGCGGTTGATGGGCCGTTTGGCGGGTTCACCCGCCGTTGCCACGATCGATCAGGTGAGGATGGTGTCGCTGATGACCCAGGATGCCCGCGCGGCCAGGCAGTTCGTCTTGAGCACGTTgggg < 2:72652/145‑1 (MQ=255) gCACCTGGAAGCCTTGACCACCCAGCGGTTGATGGGCCGTTTGGCGGGTTCACCCGCCGTTGCCACGATCGATCAGGTGAGGATGGTGTCGCTGATGACCCAGGATGCCCGCGCGGCCAGGCAGTTCGTCTTGAGCACGTTgggg > 1:72652/1‑145 (MQ=255) aCCTGGAAGCCTTGACCACCCAGCGGTTGATGGGCCGTCTGGCGGGTTCACCCGCCGTTGCCACGATCGATCAGGTGAGGATGGTGTCGCTGATGACCCAGGATGccc > 2:435198/1‑108 (MQ=255) aCCTGGAAGCCTTGACCACCCAGCGGTTGATGGGCCGTCTGGCGGGTTCACCCGCCGTTGCCACGATCGATCAGGTGAGGATGGTGTCGCTGATGACCCAGGATGccc < 1:435198/108‑1 (MQ=255) aGCCTTGACCACCCAGCGGTTGATGGGCCGTTTGGCGGGTTCACCCGCCGTTGCCACGATCGATCAGGTGAGGATGGTGTCGCTGATGACCCAGGATGCCCGCGCGGCCAGGCAGTTCGTCTTGAGCACGTTGGGGCGCTTGGCGACCGa < 1:168395/150‑1 (MQ=255) ttGACCACCCAGCGGTTGATGGGCCGTTTGGCGGGTTCACCCGCCGTTGCCACGATCGATCAGGTGAGGATGGTGTCGCTGATGACCCAGGATGccc < 1:654090/97‑1 (MQ=255) ttGACCACCCAGCGGTTGATGGGCCGTTTGGCGGGTTCACCCGCCGTTGCCACGATCGATCAGGTGAGGATGGTGTCGCTGATGACCCAGGATGccc > 2:654090/1‑97 (MQ=255) ttGACCACCCAGCGGTTGATGGGCCGTTTGGCGGGTTCACCCGCCGTTGCCACGATCGATCAGGTGAGGATGGTGTCGCTGATGACCCAGGATGCCCGCGCGGCCAGGCAGTTCGTCTTGAGCACGTTGGGGCGCTTGGCGACCGAGccc > 2:257749/1‑150 (MQ=255) caccCAGCGGTTGATGGGCCGTTTGGCGGGTTCACCCGCCGTTGCCACGATCGATCAGGTGAGGATGGTGTCGCtgat < 2:55415/78‑1 (MQ=255) caccCAGCGGTTGATGGGCCGTTTGGCGGGTTCACCCGCCGTTGCCACGATCGATCAGGTGAGGATGGTGTCGCtgat > 1:55415/1‑78 (MQ=255) accCAGCGGTTGATGGGCCGTTTGGCGGGTTCACCCGCCGTTGCCACGATCGATCAGGTGAGGATGGTGTCGCTGATGACCCAGGATGCCCGCGCGGCCa < 2:429541/100‑1 (MQ=255) accCAGCGGTTGATGGGCCGTTTGGCGGGTTCACCCGCCGTTGCCACGATCGATCAGGTGAGGATGGTGTCGCTGATGACCCAGGATGCCCGCGCGGCCa < 2:429452/100‑1 (MQ=255) accCAGCGGTTGATGGGCCGTTTGGCGGGTTCACCCGCCGTTGCCACGATCGATCAGGTGAGGATGGTGTCGCTGATGACCCAGGATGCCCGCGCGGCCa > 1:429541/1‑100 (MQ=255) accCAGCGGTTGATGGGCCGTTTGGCGGGTTCACCCGCCGTTGCCACGATCGATCAGGTGAGGATGGTGTCGCTGATGACCCAGGATGCCCGCGCGGCCa > 1:429452/1‑100 (MQ=255) aacggCGGGTGAACCCGCCGTTGCCACGATCGATCAGGTGAGGATGGTGTCGCTGATGACCCAGGATGCCCGCGCGGCCAGGCAGTTCGTCTTGAGCACGTTGGGGCGCTTg > 2:258290/4‑112 (MQ=255) aacggCGGGTGAACCCGCCGTTGCCACGATCGATCAGGTGAGGATGGTGTCGCTGATGACCCAGGATGCCCGCGCGGCCAGGCAGTTCGTCTTGAGCACGTTGGGGCGCTTg < 1:258290/109‑1 (MQ=255) ggCGGGTGAACCCGCCGTTGCCACGATCGATCAGGTGAGGATGGTGTCGCTGATGACCCAGGATGCCCGCGCGGCCAGGCAGTTCGTCTTg > 1:762021/1‑91 (MQ=255) ggCGGGTGAACCCGCCGTTGCCACGATCGATCAGGTGAGGATGGTGTCGCTGATGACCCAGGATGCCCGCGCGGCCAGGCAGTTCGTCTTg < 2:762021/91‑1 (MQ=255) | CCTGCTGCAGGACGTCGCCCGGCAATTTCCGAAGATACGCGCGGCAATCGGTTCGGCGGGCGCGGGGATGAATGGCTTCCGGCGCTCGCACCTGGAAGCCTTGACCACCCAGCGGTTGATGGGCCGTTTGGCGGGTTCACCCGCCGTTGCCACGATCGATCAGGTGAGGATGGTGTCGCTGATGACCCAGGATGCCCGCGCGGCCAGGCAGTTCGTCTTGAGCACGTTGGGGCGCTTGGCGACCGAGCCC > NC_002947/3211795‑3212044 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |