Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,871,651 | G→C | 8.7% | H258Q (CAC→CAG) | PP_3420 ← | sensor histidine kinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,871,651 | 0 | G | C | 8.7% | 136.3 / 4.4 | 46 | H258Q (CAC→CAG) | PP_3420 | sensor histidine kinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/21); new base C (2/2); total (23/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.16e-01 |
AGCAGCGTTGGCGGTTTCCTGGGCAAGTTCGGCGCTGGAGCGTATGTTGGCCAGCGGGTTACGCATGCTGTGAGCCACTGCCGACGACATTTCACCCAGCGCAACGTAGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGCCCCACCCACCAGTGTCGAGGCCCAGATCAGCACATAGCCGCGCTGGATGCGCCGGATGAGGTCTTGCGGCTCCTTGTAGATTTCCACCATGGC > NC_002947/3871510‑3871800 | agcagcGTTGGCGGTTTCCTGGGCAAGTTCGGCGCTGGAGCGTATGTTGGCCAGCGGGTTACGCATGCTGTGAGCCACTGCCGACGACATTTCACCCAGCGCAACGTAGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCat > 2:18647/1‑150 (MQ=255) agcagcGTTGGCGGTTTCCTGGGCAAGTTCGGCGCTGGAGCGTATGTTGGCCAGCGGGTTACGCATGCTGTGAGCCACTGCCGACGACATTTCACCCAGCGCAACGTAGGTTTCGCTTGCCACCAGACTGTcctgctgcacctgctgcag < 2:447166/150‑2 (MQ=255) cGTTGGCGGTTTCCTGGGCAAGTTCGGCGCTGGAGCGTATGTTGGCCAGCGGGTTACGCATGCTGTGAGCCACTGCCGACGACATTTCACCCAGCGCAACGTAGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATAtgtg < 2:13798/150‑1 (MQ=255) tttCCTGGGCAAGTTCGGCGCTGGAGCGTATGTTGGCCAGCGGGTTACGCATGCTGTGAGCCACTGCCGACGACATTTCACCCAGCGCAACGTAGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGgc > 1:428434/1‑150 (MQ=255) tGGGCAAGTTCGGCGCTGGAGCGTATGTTGGCCAGCGGGTTACGCATGCTGTGAGCCACTGCCGACGACATTTCACCCAGCGCAACGTAGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACg > 1:241253/1‑150 (MQ=255) aGTTCGGCGCTGGAGCGTATGTTGGCCAGCGGGTTACGCATGCTGTGAGCCACTGCCGACGACATTTCACCCAGCGCAACGTAGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAg < 1:246073/150‑1 (MQ=255) cGGCGCTGGAGCGTATGTTGGCCAGCGGGTTACGCATGCTGTGAGCCACTGCCGACGACATTTCACCCAGCGCAACGTAGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACa < 2:245721/150‑1 (MQ=255) ggAGCGTATGTTGGCCAGCGGGTTACGCATGCTGTGAGCCACTGCCGACGACATTTCACCCAGCGCAACGTAGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGaa < 2:53367/150‑1 (MQ=255) gCGTATGTTGGCCAGCGGGTTACGCATGCTGTGAGCCACTGCCGACGACATTTCACCCAGCGCAACGTAGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATc > 1:630224/1‑133 (MQ=255) gCGTATGTTGGCCAGCGGGTTACGCATGCTGTGAGCCACTGCCGACGACATTTCACCCAGCGCAACGTAGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATc < 2:630224/133‑1 (MQ=255) tATGTTGGCCAGCGGGTTACGCATGCTGTGAGCCACTGCCGACGACATTTCACCCAGCGCAACGTAGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGAt < 1:654754/150‑1 (MQ=255) tGTTGGCCAGCGGGTTACGCATGCTGTGAGCCACTGCCGACGACATTTCACCCAGCGCAACGTAGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCa > 1:367803/1‑150 (MQ=255) tGTTGGCCAGCGGGTTACGCATGCTGTGAGCCACTGCCGACGACATTTCACCCAGCGCAACGTAGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCa < 1:18647/150‑1 (MQ=255) gTTGGCCAGCGGGTTACGCATGCTGTGAGCCTCTGCCGACGACATTTCACCCAGCGCAACGTAGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCaa > 2:491559/1‑150 (MQ=255) cAGCGGGTTACGCATGCTGTGAGCCACTGCCGACGACATTTCACCCAGCGCAACGTAGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGcccc > 1:631942/1‑150 (MQ=255) ttACGCATGCTGTGAGCCACTGCCGACGACATTTCACCCAGCGCAACGTAGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCACCTgcagcaggac > 1:396705/1‑91 (MQ=255) ttACGCATGCTGTGAGCCACTGCCGACGACATTTCACCCAGCGCAACGTAGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCACCTgcagcaggac < 2:396705/95‑5 (MQ=255) gtgAGCCACTGCCGACGACATTTCACCCAGCGCAACGTAGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGCCCCACCCACCAGTGTCGAGGc > 2:775722/1‑150 (MQ=255) ccACTGCCGACGACATTTCACCCAGCGCAACGTAGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGCCCCACCCACCAGTGTCGAGGCCCAGa > 2:734185/1‑150 (MQ=255) cACTGCCGACGACATTTCACCCAGCGCAACGTAGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGCCCCACCCACCAGTGTCGAg < 1:551232/142‑1 (MQ=255) cACTGCCGACGACATTTCACCCAGCGCAACGTAGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGCCCCACCCACCAGTGTCGAg > 2:551232/1‑142 (MQ=255) aCTGCCGACTACATTTCACCCAGCGCAACGTCGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCTCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGCCCCACCCACCAGTGTCGAGGCCCAGATc < 2:163149/150‑1 (MQ=255) cTGCCGACGACATTTCACCCAGCGCAACGTAGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGCCCCACCCACCAGTGTCGAGGCCCAGATCa > 2:3306/1‑150 (MQ=255) gacgacATTTCACCCAGCGCAACGTAGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGCCCCACCCACCAGTGTCGAGGCCCAGATCAGca < 2:402699/148‑1 (MQ=255) gacgacATTTCACCCAGCGCAACGTAGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGCCCCACCCACCAGTGTCGAGGCCCAGATCAGca > 1:402699/1‑148 (MQ=255) agacATTTCACCCAGCGCAACGTAGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGCCCCACCCACCAGTGTCGAGGCCCAGATCAGCACATa < 1:162805/149‑1 (MQ=255) gTAGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGCCCCACCCACCAGTGTCGAGGCCCAGATCAGCACATAGCCGCGCTGGATGCGCCGGAt < 1:3306/150‑1 (MQ=255) aGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTgccgc < 1:144515/52‑1 (MQ=255) aGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTgccgc > 2:144515/1‑52 (MQ=255) tttCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGCCCCACCCACCAGTGTCGAGGCCCAGATCAGCACATAGCCGCGCTGGATGCGCCGGATGAGGt > 1:443724/1‑150 (MQ=255) cTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGCCCCACCCACCAGTGTCGAg > 2:161471/1‑102 (MQ=255) cTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGCCCCACCCACCAGTGTCGAg < 1:161471/102‑1 (MQ=255) caccaGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGCCCCACCCACCAGTGTCGAGGCCCAGATCAGCACATAGCCGCGCTGGATGCGCCGGATGAGGTCTAGCGGCTc > 1:515940/1‑150 (MQ=255) accaGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGCCCCACCCACCAGTGTCGAGGCCCAGATCAGCACATAGCCGCGCTGGATGCGCCGGATGAGGTCTTGCGGCTcc < 1:734185/150‑1 (MQ=255) accaGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGCCCCACCCACCAGTGTCGAGGCCCAGATCAGCACATAGCCGCGCTGGATGCGCCGGATGAGGTCTTGCGGCTcc < 1:491559/150‑1 (MQ=255) caGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGCCCCACCCACCAGTGTCGAGGCCCAGATCAGCACATAGCCGCGCTGGATGCGCCGGATGAGGTCTTGCGGCTCCtt < 2:367803/150‑1 (MQ=255) gCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGACCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACCCCCCACCCCCCAGTGTCGAGGCCCAGATCAGCACATAGCCGCGCTGGATGCGCCGGATGAGTTCTTGCGGCTCCTTGt < 2:241253/150‑1 (MQ=255) tGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGCCCCACCCACCAGTGTCGAGGCCCAGATCAGCACATAGCCGCGCTGGATGCGCCGGATGAGGTCTTGCGGCTCCTTGTAGa > 1:555056/1‑150 (MQ=255) atatgctgcACCTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGCCCCACCCACCAGTGTCGAGGCCCAGATCAGCACATAGCCGCGCTGGATGCGCCGGATGAGGt > 1:298031/4‑130 (MQ=255) atatgctgcACCTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGCCCCACCCACCAGTGTCGAGGCCCAGATCAGCACATAGCCGCGCTGGATGCGCCGGATGAGGt < 2:298031/127‑1 (MQ=255) ctgctgCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGCCCCACCCACCAGTGTCGAGGCCCAGATCAGCACATAGCCGCGCTGGATGCGCCGGATGAGGTCTTGCGGCTCCTTGTAGATTTc > 1:113204/1‑150 (MQ=255) tgctgcAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGCCCCACCCACCAGTGTCGAGGCCCAGATCAGCACATAGCCGCGCTGGATGCGCCGGATGAGGTCTTGCGGCTCCTTGTAGATTTcc > 2:257737/1‑150 (MQ=255) tgctgcAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCCCGTAGAGATGGCTGATGCC‑ATGGAGATTAACGCCCCACCCCCCAGGGTCGAGGCCCAGATCAGCACATAGCCGCGCTGGATGCGCCGGATGAGGTCTTGCGGCTCCTTGTAGATTTcc < 1:775722/150‑1 (MQ=255) tgcAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGCCCCACCCACCAGTGTCGAGGCCCAGATCAGcaca < 1:769307/96‑1 (MQ=255) tgcAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGCCCCACCCACCAGTGTCGAGGCCCAGATCAGcaca > 2:769307/1‑96 (MQ=255) tgcAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGCCCCACCCACCAGTGTCGAGGCCCAGATCAGCACATAGCCGCGCTGGATGCGCCGGATGAgg > 1:180963/1‑123 (MQ=255) tgcAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGCCCCACCCACCAGTGTCGAGGCCCAGATCAGCACATAGCCGCGCTGGATGCGCCGGATGAgg < 2:180963/123‑1 (MQ=255) gTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGCCCCACCCACCAGTGTCGAGGCCCAGATCAGCACATAGCCGCGCTGGATGCGCCGGATGAGGTCTTGCGGCTCCTTGTAGATTTCCACCATGGc > 1:727343/1‑150 (MQ=255) | AGCAGCGTTGGCGGTTTCCTGGGCAAGTTCGGCGCTGGAGCGTATGTTGGCCAGCGGGTTACGCATGCTGTGAGCCACTGCCGACGACATTTCACCCAGCGCAACGTAGGTTTCGCTTGCCACCAGCCTGTCCTGCTGCAGGTGCAGCATATGTGCCGCCCGGCGC‑ACGATCCAGAACAGGCCGAAGTAGATCAACGCCCCACCCACCAGTGTCGAGGCCCAGATCAGCACATAGCCGCGCTGGATGCGCCGGATGAGGTCTTGCGGCTCCTTGTAGATTTCCACCATGGC > NC_002947/3871510‑3871800 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |