Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,020,510 | T→A | 11.5% | L393M (TTG→ATG) ‡ | PP_3546 → | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,020,510 | 0 | T | A | 11.5% | 149.0 / 10.5 | 52 | L393M (TTG→ATG) ‡ | PP_3546 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/23); new base A (3/3); total (26/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 |
CCTGGACCAGTCACGCTTCGACGCCCTGGCGCCCTTGCTGGAGCTGTCCAGCAGCGCGGCGCAGCGGGCCTCTTCGCTGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCTGAGCAGCCGCTTTGCCAGCCAGCTGTGGCCGACCTTCATCGACCCTCCCCAACTGGAAAGCGCCTTGCTCAACTTATGCATCAACGCGCGCGAT > NC_002947/4020365‑4020659 | ccTGGACCAGTCACGCTTCGACGCCCTGGCGCCCTTGCTGGAGCTGTCCAGCAGCGCGGCGCAGCGGGCCTCTTCGCTGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTtggt > 1:356505/1‑150 (MQ=255) aGTCACGCTTCGACGCCCTGGCGCCCTTGCTGGAGCTGTCCAGCAGCGCGGCGCAGCGGGCCTCTTCGCTGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCa < 1:362790/150‑1 (MQ=255) gTCACGCTTCGACGCCCTGGCGCCCTTGCTGGAGCTGTCCAGCAGCGCGGCGCAGCGGGCCTCTTCGCTGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCAt > 2:621670/1‑150 (MQ=255) tCACGCTTCGACGCCCTGGCGCCCTTGCTGGAGCTGTCCAGCAGCGCGGCGCAGCGGGCCTCTTCGCTGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCAAGGTGGccac > 1:120975/1‑144 (MQ=255) tCACGCTTCGACGCCCTGGCGCCCTTGCTGGAGCTGTCCAGCAGCGCGGCGCAGCGGGCCTCTTCGCTGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCAAGGTGGccac < 2:120975/146‑3 (MQ=255) aCGCTTCGACGCCCTGGCGCCCTTGCTGGAGCTGTCCAGCAGCGCGGCGCAGCGGGCCTCTTCGCTGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCg < 2:702007/143‑1 (MQ=255) aCGCTTCGACGCCCTGGCGCCCTTGCTGGAGCTGTCCAGCAGCGCGGCGCAGCGGGCCTCTTCGCTGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCg > 1:702007/1‑143 (MQ=255) ttCGACGCCCTGGCGCCCTTGCTGGAGCTGTCCAGCAGCGCGGCGCAGCGGGCCTCTTCGCTGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGAc < 2:445175/150‑1 (MQ=255) ttCGACGCCCTGGCGCCCTTGCTGGAGCTGTCCAGCAGCGCGGCGCAGCGGGCCTCTTCGCTGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGAc > 2:375671/1‑150 (MQ=255) ttCGACGCCCTGGCGCCCTTGCTGGAGCTGTCCAGCAGCGCGGCGCAGCGGGCCTCTTCGCTGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGAc < 2:356505/150‑1 (MQ=255) gACGCCCTGGCGCCCTTGCTGGAGCTGTCCAGCAGCGCGGCGCAGCGGGCCTCTTCGCTGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACctg < 1:372006/150‑1 (MQ=255) aCGCCCTGGCGCCCTTGCTGGAGCTGTCCAGCAGCGCGGCGCAGCGGGCCTCTTCGCTGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCACCCCTGCTCCACGAAAGTGGCCACGTTGGTGGCCGGCATGGAAGACctgc < 1:739831/150‑1 (MQ=255) aCGCCCTGGCGCCCTTGCTGGAGCTGTCCAGCAGCGCGGCGCAGCGGGCCTCTTCGCTGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCAAGGTGGcca < 1:140340/135‑2 (MQ=255) aCGCCCTGGCGCCCTTGCTGGAGCTGTCCAGCAGCGCGGCGCAGCGGGCCTCTTCGCTGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCAAGGTGGcca > 2:140340/1‑134 (MQ=255) ttGCTGGAGCTGTCCAGCAGCGCGGCGCAGCGGGCCTCTTCGCTGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGTAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATc > 2:621139/1‑150 (MQ=255) ttGCTGGAGCTGTCCAGCAGCGCGGCGCAGCGGGCCTCTTCGCTGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTtggt > 2:714687/1‑116 (MQ=255) ttGCTGGAGCTGTCCAGCAGCGCGGCGCAGCGGGCCTCTTCGCTGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTtggt < 1:714687/116‑1 (MQ=255) ttGCTGGAGCTGTCCAGCAGCGCGGCGCAGCGGGCCTCTTCGCTGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATc > 1:669781/1‑150 (MQ=255) tGCTGGAGCTGTCCAGCAGCGCGGCGCAGCGGGCCTCTTCGCTGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCg < 2:271363/150‑1 (MQ=255) tGGAGCTGTCCAGCAGCGCGGCGCAGCGGGCCTCTTCGCTGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGGTCGAGCGCACCAGCGGcc > 2:171771/1‑150 (MQ=255) gTCCAGCAGCGCGGCGCAGCGGGCCTCTTCGCTGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGAt < 1:621670/150‑1 (MQ=255) agcagcGCGGCGCAGCGGGCCTCTTCGCTGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTAcc < 2:412219/150‑1 (MQ=255) caccggcgCAGCGGGCCTCTTCGCTGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCTGa < 1:720705/147‑1 (MQ=255) cGGGCCTCTTCGCTGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCTGAGCAGCCGCttt < 1:375671/150‑1 (MQ=255) ccTCTTCGCTGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGTAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCTGAGCAGCCGCTTTgcca < 1:621139/150‑1 (MQ=255) ccTCTTCGCTGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCTGAGCAGCCGCTTTgcca < 1:171771/150‑1 (MQ=255) tGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCCAGTAGCCACCTTGATATCGGGAGTGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCTGAGCAGCCGCTTTGCCAGCCAGCtgt > 1:494928/1‑150 (MQ=255) tGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCTGAGCAGCCGCTTTGCCAGCCAGCtgt > 2:633591/1‑150 (MQ=255) gTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCTGAGCAGCCGCTTTGCCAGCCAGCTGTgg < 1:66425/150‑1 (MQ=255) gTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCTGAGCAGCCGCTTTGCCAGCCAGCTGTGGCCGACCTTCATCGAccc > 1:556257/1‑150 (MQ=255) tcCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCTGAGCAGCCGCTTTGCCAGCCAGCTGTGGCCGACCTTCATCGACCCTccc < 2:556257/150‑1 (MQ=255) ccGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCTGa > 1:429692/1‑101 (MQ=255) ccGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCTGa < 2:429692/101‑1 (MQ=255) ccTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCt < 2:662362/87‑1 (MQ=255) ccTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCTGAGCAGCCGCTTTGCCAGCCAGCTGTGGCCGACCTTCATCGACCCTCCCCAACTGGAAAgcgc > 2:493817/1‑150 (MQ=255) ccTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGGGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCt > 1:662362/1‑87 (MQ=255) tGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCTGAGCAGCCGCTTTGCCAGCCAGCTGTGGCCGACCTTCATCGACCCTCCCCAACTGGAAAGCGCCt > 1:67421/1‑150 (MQ=255) ccTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCTGAGCAGCCGCTTTGCCAGCCAGCTGTGGCCGACCTTCATCGACCCTCCCCAACTGGAAAGCGCCTTGCTCa > 1:615173/1‑150 (MQ=255) ccTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCTGAGCAGCCGCTTTGCCAGCCAGCTGTGGCCGACCTTCATCGACCCTCCCCAACTGGAAAGCGCCTTGCTCa > 2:648036/1‑150 (MQ=255) cGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCTGAGCAGCCGCTTTGCCAGCCAGCTGTGGCCGACCTTCATCGACCCTCCCCAACTGGAAAGCGCCTTGCTCAACTTATGCa > 2:297997/1‑150 (MQ=255) gCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCTGAGCAGCCGCTTTGCCAGCCAGCTGTGGCCGACCTTCATCGACCCTCCCCAACTGGAAAGCGCCTTGCTCAACTTATGCAt > 2:645000/1‑150 (MQ=255) cggCCACCAAGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCTGAGCAGCCGCTTTGCCAGCCAGCTGTGGCCGACCTTCATCGACCCTCCCCAACTGGAAAGCGCCTTGCTCAACTTAt < 2:90387/140‑1 (MQ=255) cggCCACCAAGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCTGAGCAGCCGCTTTGCCAGCCAGCTGTGGCCGACCTTCATCGACCCTCCCCAACTGGAAAGCGCCTTGCTCAACTTAt > 1:90387/2‑141 (MQ=255) ccACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGc > 1:285488/1‑52 (MQ=255) ccACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGc < 2:285488/52‑1 (MQ=255) ccACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCTGAGCAGCCGCTTTGCCAGCCAGCTGTGGCCGACCTTCATc < 1:757600/101‑1 (MQ=255) ccACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCTGAGCAGCCGCTTTGCCAGCCAGCTGTGGCCGACCTTCATc > 2:757600/1‑101 (MQ=255) ccACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCTGAGCAGCCGCTTTGCCAGCCAGCTGTGGCCGACCTTCATCGACCCTCCCCAACTGGAAAgc > 2:46732/1‑122 (MQ=255) ccACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCTGAGCAGCCGCTTTGCCAGCCAGCTGTGGCCGACCTTCATCGACCCTCCCCAACTGGAAAgc < 1:46732/122‑1 (MQ=255) cACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCTGAGCAGCCGCTTTGCCAGCCAGCTGTGGCCGACCTTCATCGACCCTCCCCAACTGGAAAGCGCCTTGCTCAACTTAt > 1:765935/1‑137 (MQ=255) cACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCTGAGCAGCCGCTTTGCCAGCCAGCTGTGGCCGACCTTCATCGACCCTCCCCAACTGGAAAGCGCCTTGCTCAACTTAt < 2:765935/137‑1 (MQ=255) cACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCTGAGCAGCCGCTTTGCCAGCCAGCTGTGGCCGACCTTCATCGACCCTCCCCAACTGGAAAGCGCCTTGCTCAACTTATGCATCAAcgcgcg < 2:494928/150‑1 (MQ=255) ttGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCTGAGCAGCCGCTTTGCCAGCCAGCTGTGGCCGACCTTCATCGACCCTCCCCAACTGGAAAGCGCCTTGCTCAACTGATGCATCAACGCGCGCGat < 2:669781/150‑1 (MQ=255) | CCTGGACCAGTCACGCTTCGACGCCCTGGCGCCCTTGCTGGAGCTGTCCAGCAGCGCGGCGCAGCGGGCCTCTTCGCTGGTGCACCGGCTGCTGGCGTTCTCCCGCCAGCAGACCCTGCAACCCTGCTCCACGCAAGTGGCCACCTTGGTGGCCGGCATGGAAGACCTGCTGCGCCGCACCATCGGCCCGGCGATTACCCTGAGCAGCCGCTTTGCCAGCCAGCTGTGGCCGACCTTCATCGACCCTCCCCAACTGGAAAGCGCCTTGCTCAACTTATGCATCAACGCGCGCGAT > NC_002947/4020365‑4020659 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |