| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,150,079 | A→T | 10.5% | intergenic (+34/‑363) | PP_3654 → / → PP_3655 | leucine‑responsive regulatory protein/cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,150,079 | 0 | A | T | 10.5% | 98.4 / 2.5 | 37 | intergenic (+34/‑363) | PP_3654/PP_3655 | leucine‑responsive regulatory protein/cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (16/17); new base T (2/2); total (18/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCCGGCGTTTCAGAAGCTGTATGACGAGCACCTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGT‑GACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCATCTGCCCTGAAAACGCGCACATCGCACCAACCCAGCCCACCGTGATCCGGTTGCCACCCCCGCCG > NC_002947/4149930‑4150222 | tgacGGAGTTTCCAAAGCTGTATGGTGAGCACCTGACCATTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGCACTGAAGAAGAAAACGCCGTTCTGCACGGAGCTGGTTCCTCTTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTaa > 2:772416/4‑150 (MQ=255) ggCGTTTCAGAAGCTGTATGACGAGCACCTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAAccc > 2:624703/1‑150 (MQ=255) gTTTCAGAAGCTGTATGACGAGCACCTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTTTACCcgcg > 2:733639/1‑150 (MQ=255) ttCAGAAGCTGTATGACGAGCACCTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTcc > 1:65287/1‑150 (MQ=255) ttCAGAAGCTGTATGACGAGCACCTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTTTACCcgcgaa < 1:733639/150‑3 (MQ=255) ttCAGAAGCTGTATGACGAGCACCTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGCAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTTTACCcgcgaa < 1:625363/150‑3 (MQ=255) tCAGAAGCTGTATGACGAGCACCTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCt > 1:477124/1‑150 (MQ=255) tATGACGAGCACCTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGAGGGTAAACCCGCGAATGCAAAGGT‑Ga > 1:161199/1‑150 (MQ=255) cGAGCACCTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGGCCTTGGTGCTGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCGCCTTCGCGGGGATAGCCGCGGCGGCAAAGGT‑GCGGTAg > 1:521237/1‑150 (MQ=255) cTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGT‑GACGTAGccc < 2:179232/146‑1 (MQ=255) cTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGACCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGT‑GACGTAGccc > 1:179232/1‑146 (MQ=255) cAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGT‑GACGTAGCCCGTCGCAGGa < 2:608533/150‑1 (MQ=255) cAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGT‑GACGTAGCCCGTCGCAGGa > 1:121891/1‑150 (MQ=255) tCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGT‑GACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGt < 1:517609/150‑1 (MQ=255) tCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGT‑GACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGt < 1:772416/150‑1 (MQ=255) gCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGGAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCaaa < 2:180653/108‑1 (MQ=255) gCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGGAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCaaa > 1:180653/1‑108 (MQ=255) gAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCGACGGGCTACGT‑CACCTTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGGggccg < 1:671260/150‑1 (MQ=14) cTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGT‑GACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAgg < 2:790796/144‑1 (MQ=255) cTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGT‑GACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAgg > 1:790796/1‑144 (MQ=255) tgaAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGT‑GACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCa < 2:121891/150‑1 (MQ=255) aggaagTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGT‑GACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAggccg > 1:520423/1‑130 (MQ=255) aggaagTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGT‑GACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAggccg < 2:520423/130‑1 (MQ=255) agTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGT‑GACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCATCTGccc > 1:72789/1‑150 (MQ=255) aTCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGT‑GACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCATCTGCCCTGaa > 1:286797/1‑150 (MQ=255) tCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGt < 1:699180/71‑1 (MQ=255) tCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGt > 2:699180/1‑71 (MQ=255) gTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGT‑GACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCATCTGCCCTGAAAACGCGCACAt > 1:746771/1‑150 (MQ=255) tCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGT‑GACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCATCTGCCCTGAAAACGCGCACATCGCAc < 2:286797/150‑1 (MQ=255) ccATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGT‑GACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTCTCATCTGCCCTGAAAACGCGCACATCGCACCaa > 1:236729/1‑150 (MQ=255) gTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGT‑GACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCATCTGCCCTGAAAACGCGCACATCGCACCAACCCAGCCCAc > 1:28064/1‑150 (MQ=255) tctTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGT‑GACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTCTCATCTGCCCTGAAAACGCGCACATCGCACCAACCCAGCCCACCGTGAt < 2:236729/150‑1 (MQ=255) tgtgCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGT‑GACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCTACCTTTCATCTGCCCTGAAAACGCGCACATCGCACCAACCCAGCCCACCGTGATCCg < 2:161199/150‑1 (MQ=255) tgCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGT‑GACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCATCTGCCCTGAAAACGCGCACATCGCACCAACCCAGCCCACCGTGATCCGGt < 2:28064/150‑1 (MQ=255) gCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGT‑GACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCATCTGCCCTGAAAACGCGCACATCGCACCAACCCAGCCCACCGTGATCCGGtt < 1:624703/150‑1 (MQ=255) ccTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGT‑GACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCATCTGCCCTGAAAACGCGCACATCGCACCAACCCAGCCCACCGTGATCCGGtt > 2:407870/1‑143 (MQ=255) ccTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGT‑GACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCATCTGCCCTGAAAACGCGCACATCGCACCAACCCAGCCCACCGTGATCCGGtt < 1:407870/143‑1 (MQ=255) cgGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGT‑GACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCTGCCCAGGCAACCTTTCATCTGCCCTGAAAACGCGCACATCGCACCAACCCAGCCCACCGTGATCCGGTTGCCACCCccgccg < 2:477124/150‑1 (MQ=255) | TGCCGGCGTTTCAGAAGCTGTATGACGAGCACCTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGT‑GACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCATCTGCCCTGAAAACGCGCACATCGCACCAACCCAGCCCACCGTGATCCGGTTGCCACCCCCGCCG > NC_002947/4149930‑4150222 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |