Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,281,403 | G→A | 14.9% | T22I (ACC→ATC) | PP_3751 ← | cyanate transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,281,403 | 0 | G | A | 14.9% | 56.5 / 2.4 | 26 | T22I (ACC→ATC) | PP_3751 | cyanate transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/13); new base A (2/2); total (11/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.53e-01 |
CGCCATGCTCGCTGACCCAGCGTCGCAGCCACGGTTGCAACAGGGGCACCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTGTAACAGGAACTGGCCATTATCCCGGCTCGGCTGGCCTGGCAGAAATGAAGAGATTGGAT > NC_002947/4281254‑4281544 | cgccATGCTCGCTGACCCAGCGTCGCAGCCACGGTTGCAACAGGGGCACCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGGTCGAGTAACTGGCCGATACTgg > 2:178228/1‑150 (MQ=255) cATGCTCGCTGACCCAGCGTCGCAGCCACGGTTGCAACAGGGGCACCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCa < 2:30765/150‑1 (MQ=255) tGCTCGCTGACCCAGCGTCGCAGCCACGGTTGCAACAGGGGCACCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAgg < 2:702301/150‑1 (MQ=255) cccAGCGTCGCAGCCACGGTTGCAACAGGGGCACCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCa < 1:176163/150‑1 (MQ=255) cGCAGCCACGGTTGCAACAGGGGCACCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGCCACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAAc < 1:146043/150‑1 (MQ=255) cGCAGCCACGGTTGCAACAGGGGCACCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAAc < 2:324692/150‑1 (MQ=255) gCAGCCACGGTTGCAACAGGGGCACCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACg > 1:713270/1‑150 (MQ=255) aaCAGGGGCACCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCAcc > 1:73560/1‑150 (MQ=255) gccccAGGCCCATCCACAGCACCGGTAGCGCCGTTAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCAGGCCTTTATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACa < 1:178228/147‑1 (MQ=255) aCCAGGCCTATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAgg < 2:301375/150‑1 (MQ=255) ggCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCa < 2:713270/150‑1 (MQ=255) ggCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATACCCAGCAAGAGGGTCa > 2:170430/1‑150 (MQ=255) ccATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTa > 2:433277/1‑150 (MQ=255) aCCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCAtt < 1:274900/150‑1 (MQ=255) ggTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATtgtg > 2:705347/1‑150 (MQ=255) gcgcCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTc > 1:465067/1‑150 (MQ=255) cgcCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCg < 1:705347/150‑1 (MQ=255) ccGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGt < 1:433277/150‑1 (MQ=255) cAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTg < 2:109964/150‑1 (MQ=255) ccAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGGTCAGTAGAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTGTAACAGGAACTGGCCATTAt > 1:445742/1‑150 (MQ=255) gTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTGTAACAGGAACTGGCCATTATCCCGGCTCGGCTGGCCTGGCa > 1:758817/1‑147 (MQ=255) gTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTGTAACAGGAACTGGCCATTATCCCGGCTCGGCTGGCCTGGCa < 2:758817/147‑1 (MQ=255) ctgcggCCGATCCTGACCAGTATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTGTaa > 2:201120/5‑101 (MQ=38) ctgcggCCGATCCTGACCAGTATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTGTaa < 1:201120/97‑1 (MQ=38) tgcggCCGATCCTGACCAGTATCGGCCACAGGTTCAACGCCAGCGGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTGTAACAGGAACTGGCCATTATCCCGGCTCGGCTGGCCTGGCAGAAATGAAgaga > 1:463707/4‑150 (MQ=255) ccGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTGTAACAGGAACTGGCCATTATCCCGGCTCGGCTGGCCTGGCAGAAATGAAGAGATTGGa > 2:336500/1‑150 (MQ=255) cGATACTGATCAGCATCGGCCGCAGTTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTGTAACAGGAACTGGCCATTATCCCGGCTCGGCTGGCCTGGCAGAAATGAAGAGATTGGAt < 2:55074/150‑1 (MQ=255) | CGCCATGCTCGCTGACCCAGCGTCGCAGCCACGGTTGCAACAGGGGCACCAGGCCCATGCACAGCACCGGTAGCGCCGTCAGCAAGGCCGCCTGCTGGTAACCCAGGCCGGTGCTGGCGCGCATGGGTTCGAGTAACGGGCCGATACTGGTCAGGATCGGCCGCAGGTTCAACGCCAGCAGGATCACCAGCAACAGGTTCAGTACAGCGCTCATTGTGAGTCGGTTCTCTTGTAACAGGAACTGGCCATTATCCCGGCTCGGCTGGCCTGGCAGAAATGAAGAGATTGGAT > NC_002947/4281254‑4281544 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |