| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,395,567 | G→C | 13.4% | A84G (GCC→GGC) | PP_3871 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,395,567 | 0 | G | C | 13.4% | 79.4 / 6.2 | 30 | A84G (GCC→GGC) | PP_3871 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (14/12); new base C (2/2); total (16/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.49e-01 | |||||||||||
CGAGAAGCTGAAGCGGTAGACCACCCGCGCACGGTTGATCAGTACCAACCCGCCACCGTCGTAGACGATGGGGTCGTACTCATCACCAGGCCGCCATCCGACCAAGGCCCGCCACAACTCCTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGTCGGCGGCCTGCTGGCCGCGCTCGTCCTTGGTGTCCATGGCGAACACCACCTCAAAGCGATCCTCGATGTCCTGGGTAACTGCGTTCTGCGCCTTGTTCTCGCCGGCTTTGTCATCAGCGGTGATCACATAGGCCGAGGGG > NC_002947/4395422‑4395704 | cGAGAAGCTGAAGCGGTAGACCACCCGCGCACGGTTGATCAGTACCAACCCGCCACCGTCGTAGACGATGGGGTCGTACTCATCACCAGGCCGCCATCCGACCAAGGCCCGCCACAACTCCTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGTCggcggc < 2:242109/150‑1 (MQ=255) gCTGAAGCGGTAGACCACCCGCGCACGGTTGATCAGTACCAACCCGCCACCGTCGTCGACGATGGGGTCGTACTCATCACCAGGCCGCCATCCGACCAAGGCCCGCCACAACTCCTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGTCGGCGGCctgctg > 2:516329/1‑150 (MQ=255) gTAGACCACCCGCGCACGGTTGATCAGTACCAACCCGCCACCGTCGTAGACGATGGGGTCGTACTCATCACCAGGCCGCCATCCGACCAAGGCCCGCCACAACTCCTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGTCGGCGGCCTGCTGGCCGCGCTc > 2:324120/1‑150 (MQ=255) tAGACCACCCGCGCACGGTTGATCAGTACCAACCCGCCACCGTCGTAGACGATGGGGTCGTACTCATCACCAGGCCGCCATCCGACCAAGGCCCGCCACAACTCCTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGCCGCCGACctgctgca > 1:359144/1‑140 (MQ=255) tAGACCACCCGCGCACGGTTGATCAGTACCAACCCGCCACCGTCGTAGACGATGGGGTCGTACTCATCACCAGGCCGCCATCCGACCAAGGCCCGCCACAACTCCTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGCCGCCGACctgctgca < 2:359144/142‑3 (MQ=255) gACCACCCGCGCACGGTTGATCAGTACCAACCCGCCACCGTCGTAGACGATGGGGTCGTACTCATCACCAGGCCGCCATCCGACCAAGGCCCGCCACAACTCCTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGTCGGCGGCCTGCTGGCCGCGCTCGTc < 2:494197/150‑1 (MQ=255) accCGCGCACGGTTGATCAGTACCAACCCGCCACCGTCGTAGACGATGGGGTCGTACTCATCACCAGGCCGCCATCCGACCAAGGCCCGCCACAACTCCTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGTCGGCGGCCTGCTGGCCgcgc < 1:17135/141‑1 (MQ=255) accCGCGCACGGTTGATCAGTACCAACCCGCCACCGTCGTAGACGATGGGGTCGTACTCATCACCAGGCCGCCATCCGACCAAGGCCCGCCACAACTCCTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGTCGGCGGCCTGCTGGCCgcgc > 2:17135/1‑141 (MQ=255) accCGCGCACGGTTGATCAGTACCAACCCGCCACCGTCGTAGACGATGGGGTCGTACTCATCACCAGGCCGCCATCCGACCAAGGCCCGCCACAACTCCTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGTCGGCGGCCTGCTGGCCGCGCTCGTCCTTg < 1:23188/150‑1 (MQ=255) accCGCGCACGGTTGATCAGTACCAACCCGCCACCGTCGTAGACGATGGGGTCGTACTCATCACCAGGCCGCCATCCGACCAAGGCCCGCCACAACTCCTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGTCGGCGGCCTGCTGGCCGCGCTCGTCCTTg < 1:789892/150‑1 (MQ=255) aCGGTTGATCAGTACCAACCCGCCACCGTCGTAGACGATGGGGTCGTACTCATCACCAGGCCGCCATCCGCGTTATCTTCGCGACAACTCCTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGTCGGCGGCCTGCTGGCCGCGCTCGTCCTTGGTGTCCAt > 2:625916/1‑150 (MQ=255) gtAGACGATGGGGTCGTACTCATCACCAGGCCGCCATCCGACCAAGGCCCGCCACAACTCCTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGTCGGCGGCCTGCTGGCCGCGCTCGTCCTTGGTGTCCATGGCGAACACCACCTCAAAGCGATCCTCGAt < 1:324120/150‑1 (MQ=255) aGACGATGGGGTCGTACTCATCACCAGGCCGCCATCCGACCAAGGCCCGCCACAACTCCTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGTCGGCGGCCTGCTGGCCGCGCTc < 1:403917/103‑1 (MQ=255) aGACGATGGGGTCGTACTCATCACCAGGCCGCCATCCGACCAAGGCCCGCCACAACTCCTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGTCGGCGGCCTGCTGGCCGCGCTc > 2:403917/1‑103 (MQ=255) tCGTACTCATCACCAGGCCGCCATCCGACCAAGGCCCGCCACAACTCCTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGTCGGCGGCCTGCTGGCCGCGCTCGTCCTTGGTGTCCATGGCGAACACCACCTCAAAGCGATCCTCGATGTCCTGGGTAACt > 2:85258/1‑150 (MQ=255) tcatcaCCAGGCCGCCATCCGACCAAGGCCCGCCACAACGCCTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGTCGGCGGCCTGCTGGCCGCGCTCGTCCTTGGTGTCCATGGCGAacac < 1:769972/110‑1 (MQ=255) tcatcaCCAGGCCGCCATCCGACCAACGCCCGCCACAACTCCTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGTCGGCGGCCTGCTGGCCGCGCTCGTCCTTGGTGTCCATGGCGAacac > 2:769972/1‑110 (MQ=255) catcaCCAGGCCGCCATCCGACCAAGGCCCGCCACAACTCCTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGTCGGCGGCCTGCTGGCCGCGCTCGTCCTTGGTGTCCATGGCGAACACCACCTCAAAGCGATCCTCGATGTCCTGGGTAACTGCGTTCt < 2:586940/150‑1 (MQ=255) atcaCCAGGCCGCCATCCGACCAAGGCCCGCCACAACTCCTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGTCGGCGGCCTGCTGGCCGCGCTCGTCCTTGGTGTCCATGGCGAACACCACCTCAAAGCGATCCTCGATGTCCTGGGTAACTGCGTTCTg > 2:641828/1‑150 (MQ=255) atcaCCAGGCCGCCATCCGACCAAGGCCCGCCACAACTCCTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGCCGCCGACctgctg > 1:794753/1‑75 (MQ=38) atcaCCAGGCCGCCATCCGACCAAGGCCCGCCACAACTCCTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGCCGCCGACctgctg < 2:794753/75‑1 (MQ=38) tcaCCAGGCCGCCATCCGACCAAGGCCCGCCACAACTCCTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGTCGGCGGCCTGCTGGCCGCGCTCGTCCTTGGTGTCCATGGCGAACACCACCTCAAAGCGATCCTCGATGTCCTGGGTAACTGCGTTCtac > 2:140975/1‑148 (MQ=255) cAGGCCGCCATCCGACCAAGGCCCGCCACAACTCCTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGTCGGCGGCCTGCTGGCCGCGCTCGTCCTTGGTGTCCATGGCGAACACCACCTCAAAGCGATCCTCGATGTCCTGGGTAACTGCGTTCTGCGCCt > 1:741816/1‑150 (MQ=255) cAAGGCCCGCCACAACTCCTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGTCGGCGGCCTGCTGGCCGCGCTCGTCCTTGGTGTCCATGGCGAACACCACCTCAAAGCGATCCTCGATGTCCTGGGTAACTGCGTTCTGCGCCTTGTTCTCGCCGGCttt > 1:547107/1‑150 (MQ=255) cAAGGCCCGCCACAACTCCTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGTCGGCGGCCTGCTGGCCGCGCTCGTCCTTGGTGTCCATGGCGAACACCACCTCAAAGCGATCCTCGATGTCCTGGGTAACTGCGTTCTGCGCCTTGTTCTCGCCGGCttt > 1:280025/1‑150 (MQ=255) ccGCCACAACTCCTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGTCGGCGGCCTGCTGGCCgcgc < 1:677430/55‑1 (MQ=255) ccGCCACAACTCCTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGTCGGCGGCCTGCTGGCCgcgc > 2:677430/1‑55 (MQ=255) cTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGTCGGCGGCCTGCTGGCCGCGCTCGTCCTTGGTGTCCATGGCGAACACCACCTCAAAGCGATCCTCGATGTCCTGGGTAACTGCGTTCTGCGCCTTGTTCTCGCCGGCTTTGTCATCAGCGGTGATcac > 2:374776/1‑150 (MQ=255) cGAAAGTCGTGCAGCAGGTCGGCGGCCTGCTGGCCGCGCTCGTCCTTGGTGTCCATGGCGAACACCACCTCAAGGCTAGCCTCGATGTCCTGGGTAACTGCGTTCTGCGCCTTGTTCTCGCCGGCTTTGTCATCAGCGGTGATCACATAg < 1:96078/150‑1 (MQ=255) cGAAAGTCGTGCAGCAGGTCGGCGGCCTGCTGGCCGCGCTCGTCCTTGGTGTCCATGGCGAACACCACCTCAAAGCGATCCTCGATGTCCTGGGTAACTGCGTTCTGCGCCTTGTTCTCGCCGGCTTTGTCATCAGCGGTGATCACATAg < 1:85258/150‑1 (MQ=255) tGCAGCAGGTCGGCGGCCTGCTGGCCGCGCTCGTCCTTGGTGTCCATGGCGAACACCACCTCCAAGCGATCCTCGATGTCCTGGGTAACTGCGTTCTGCGCCTTGTTCTCGCCGGCTTTGTCATCAGCGGTGCACACATAGGCCGAgggg < 1:625916/150‑1 (MQ=255) | CGAGAAGCTGAAGCGGTAGACCACCCGCGCACGGTTGATCAGTACCAACCCGCCACCGTCGTAGACGATGGGGTCGTACTCATCACCAGGCCGCCATCCGACCAAGGCCCGCCACAACTCCTTGCGAAAGTCGTGCAGCAGGTCGGCGGCCTGCTGGCCGCGCTCGTCCTTGGTGTCCATGGCGAACACCACCTCAAAGCGATCCTCGATGTCCTGGGTAACTGCGTTCTGCGCCTTGTTCTCGCCGGCTTTGTCATCAGCGGTGATCACATAGGCCGAGGGG > NC_002947/4395422‑4395704 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |