| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,445,295 | C→G | 23.5% | G117R (GGG→CGG) ‡ | nicE ← | maleate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,445,295 | 0 | C | G | 23.5% | 48.1 / 10.9 | 25 | G117R (GGG→CGG) ‡ | nicE | maleate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/10); new base G (4/2); total (13/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTTCCAGCGCGCGCCAGTCCTGCACCTCGAAGCCTTCCTCGCGGATGTAGTTCACCACCAACTCGGTCAGCGGCTTCATGTACGGCGCGACGATGGCAATGCGCTTGGCCTTCATCACATGCAAGGCCTCGACCAGCGCCCCGGCGCTGGTGATCACCGGTGCCAGTGCATCATTGTCGGCGGTGGCCTGCTGCAGGCGCTTTTCAGATTGGCGGTGATAGCCCAGCCCCATGGCCATGATCGCCACAAGGCAGGCATAGCCCAGCACATCGACCTTGGCGTCGGACAGCT > NC_002947/4445153‑4445444 | aTTTCCAGCGCGCGCCAGTCCTGCACCTCGAAGCCTTCCTCGCGGATGTAGTTCACCACCAACTCGGTCAGCGGCTTCATGTACGGCGCGACGATGGCAATGCGCTTGGCCTTCATCACATGCAAGGCCTCGACCAGCGCCGGGGCGCTg < 2:149832/150‑1 (MQ=255) tCCAGCGCGCGCCAGTCCTGCACCTCGAAGCCTTCCTCGCGGATGTAGTTCACCACCAACTCGGTCAGCGGCTTCATGTACGGCGCGACGATGGCAATGCGCTTGGCCTTCATCACATGCAAGGCCTCGACCAGCGCCCCGGCGCTGGTg < 1:242393/150‑1 (MQ=255) gcgcCAGTCCTGCACCTCGAAGCCTTCCTCGCGGATGTAGTTCACCACCAACTCGGTCAGCGGCTTCATGTACGGCGCGACGATGGCAATGCGCTTGGCCTTCATCACATGCAAGGCCTCGACCAGCGCCCCGGCGCTGGTGATCACCgg > 2:508996/1‑150 (MQ=255) gcgcCAGTCCTGCACCTCGAAGCCTTCCTCGCGGATGTAGTTCACCACCAACTCGGTCAGCGGCTTCATGTACGGCGCGACGATGGCAATGCGCTTGGCCTTCATCACATGCAAGGCCTCGACCAGCGCCCCGGCGCTGGTGATCACCgg < 2:792717/150‑1 (MQ=255) cTGCACCTCGAAGCCTTCCTCGCGGATGTAGTTCACCACCAACTCGGTCAGCGGCTTCATGTACGGCGCGACGATGGCAATGCGCTTGGCCTTCATCACATGCAAGGCCTCGACCAGCGCCCCGGCGCTGGTGATCACCGGTGCCAGTGc > 2:444741/1‑150 (MQ=255) cTCGAAGCCTTCCTCGCGGATGTAGTTCACCACCAACTCGGTCAGCGGCTTCATGTACGGCGCGACGATGGCAATGCGCTTGGCCTTCATCACATGCAAGGCGTCGACCAGCGCCCCGGCGCTGGTGATCACCGGTGCCAGTGCATCAtt < 1:614349/150‑1 (MQ=255) cTCGAAGCCTTCCTCGCGGATGTAGTTCACCACCAACTCGGTCAGCGGCTTCATGTACGGCGCGACGATGGCAATGCGCTTGGCCTTCATCACATGCAAGGCCTCGACCAGCGCCCCGGCGCTGGTGATCACCGGTGCCAGTGCATCAtt < 1:760506/150‑1 (MQ=255) cGAAGCCTTCCTCGCGGATGTAGTTCACCACCAACTCGGTCAGCGGCTTCATGTACGGCGCGACGATGGCAATGCGCTTGGCCTTCATCACATGCAAGGCCTCGACCAGCGCCCCGGCGCTGGTGATCACCGGTGCCAGTGCATCATTGt > 2:292701/1‑150 (MQ=255) cTTCCTCGCGGATGTAGTTCACCACCAACTCGGTCAGCGGCTTCATGTACGGCGCGACGATGGCAATGCGCTTGGCCTTCATCACATGCAAGGCCTCGACCAGCGCCGGGGCGCTGGtcga < 1:297923/121‑4 (MQ=255) cTTCCTCGCGGATGTAGTTCACCACCAACTCGGTCAGCGGCTTCATGTACGGCGCGACGATGGCAATGCGCTTGGCCTTCATCACATGCAAGGCCTCGACCAGCGCCGGGGCGCTGGtcga > 2:297923/1‑118 (MQ=255) cTCGCGGATGTAGTTCACCACCAACTCGGTCAGAGGTTTCATGTACGGCGCGACGATGGCAATGCGCTTGGCCTTAATCAAATGCAAGGCCTCGACCAGCGCAACGGCGCTGGTGATCACCGGTGCCAGTGCATCATTGTCGGCGGTGGc > 1:386563/1‑150 (MQ=255) accaccAACTCGGTCAGCGGCTTCATGTACGGCGCGACGATGGCAATGCGCTTGGCCTTCATCACATGCAAGGCCTCGACCAGCGCCCCGGCGCTGGTGATCACCGGTGCCAGTGCATCATTGTCGGCGGTGGCCTGCTGCAGGCGCttt > 1:487375/1‑150 (MQ=255) accaccAACTCGGTCAGCGGCTTCATGTACGGCGCGACGATGGCAATGCGCTTGGCCTTCATCACATGCAAGGCCTCGACCAGCGCCCCGGCGCTGGTGATCACCGGTGCCAGTGCATCATTGTCGGCGGTGGCCTGCTGCAGGCGCttt > 2:530262/1‑150 (MQ=255) caccaACTCGGTCAGCGGCTTCATGTACGGCGCGACGATGGCAATGCGCTTGGCCTTCATCACATGCAAGGCCTCGACCAGCGCCCCGGCGCTGGTGGTCACCGGTGCCAGTGCATCATTGTCGGCGGTGGCCTGCTGCAGGCGCTTTTc > 1:153236/1‑150 (MQ=255) caccaACTCGGTCAGCGGCTTCATGTACGGCGCGACGATGGCAATGCGCTTGGCCTTCATCACATGCAAGGCCTCGACCAGCGCCCCGGCGCTGGTGATCACCGGTGCCAGTGCATCATTGTCGGCGGTGGCCTGCTGCAGGCGCTTTTc < 1:444741/150‑1 (MQ=255) caACTCTGTCAGCGGCTTCATGTACGGCGCGACGATGGCAATGCGCTTGGCCTTCATCACATGCAAGGCCTCGACCAGCGCCCCGGCGCTGGTGATCACCGGTGCCAGTGCATCATTGTCGGCGGTGGCCTGCTGCAGGCGCTTTTCAGa < 1:272855/150‑1 (MQ=255) tCGGTCAGCGGCTTCATGTACGGCGCGACGATGGCAATGCGCTTGGCCTTCATCACATGCAAGGCCTCGACCAGCGCCCCGGCGCTGGTGATCACCGGTGCCAGTGCATCATTGTCGGCGGTGGCCTGCTGCAGGCGCTTTTCAGATTgg < 1:292701/150‑1 (MQ=255) cGGCTTCATGTACGGCGCGACGATGGCAATGCGCTTGGCCTTCATCACATGCAAGGCCTCGACCAGCGCCCCGGCGCTGGTGGTCACCGGTGCCAGTGCATCATTGTCGGCGGTGGCCTGCTGCAGGCGCTTTTCAGATTGGCGGTGATa < 2:153236/150‑1 (MQ=255) gcgcGACGATGGCAATGCGCTTGGCCTTCATCACATGCAAGGCCTCGACCAGCGCCCCGGCGCTGGTGATCACCGGTGCCAGTGCATCATTGTCGGCGGTGGCCTGCTGCAGGCGCTTTTCAGATTGGCGGTGATAGCCCAGCCCCATgg < 2:487375/150‑1 (MQ=255) tGCAAGGCCTCGACCAGCGCCCCGGCGCTGGTGATCACCGGTGCCAGTGCATCATTGTCGGCGGTGGCCTGCTGCAGGCGCTTTTCAGATTGGCGGTGATAGCCCAGCCCCATGGCCATGATCGCCACAAGGCAGGCATAGCCCAGcaca > 1:488067/1‑150 (MQ=255) aaGGCCTCGACCAGCGCCCCGGCGCTGGTGATCACCGGTGCCAGTGCATCATTGTCGGCGGTGGCCTGCTGCAGGCGCTTTTCAGATTGGCGGTGATAGCCCAGCCCCATGGCCATGATCGCCACAAGGCAGGCATAGCCCAGCACATCg > 2:83691/1‑150 (MQ=255) cGACCAGCGCCCCGGCGCTGGTGATCACCGGTGCCAGTGCATCATTGTCGGCGGTGGCCTGCTGCAGGCGCTTTTCAGATTGGCGGTGATAGCCCAGCCCCACGGCCATGATCGCCACAAGGCAGGCATAGCCCAGCACATCGACCTTgg < 2:154431/150‑1 (MQ=255) caCCAGCGCCGGGGCGCTGGTGATCACCGGTGCCAGTGCATCATTGTCGGCGGTGGCCTGCTGCAGGCGCTTTTCAGATTGGCGGTGATAGCCCAGCCCCATGGCCATGATCGCCACAAGGCAGGCATAGCCCAGCACATCGACCTTGGc > 1:634042/2‑150 (MQ=255) caCCAGCGCCGGGGCGCTGGTGATCACCGGTGCCAGTGCATCATTGTCGGCGGTGGCCTGCTGCAGGCGCTTTTCAGATTGGCGGTGATAGCCCAGCCCCATGGCCATGATCGCCACAAGGCAGGCATAGCCCAGCACATCGACCTTGGc > 1:633921/2‑150 (MQ=255) caCCAGCGCCGGGGCGCTGGTGATCACCGGTGCCAGTGCATCATTGTCGGCGGTGGCCTGCTGCAGGCGCTTTTCAGATTGGCGGTGATAGCCCAGCCCCATGGCCATGATCGCCACAAGGCAGGCATAGCCCAGCACATCGACCTTGGc > 1:463026/2‑150 (MQ=255) cGGCGCTGGTGATCACCGGTGCCAGTGCATCATTGTCGGCGGTGGCCTGCTGCAGGCGCTTTTCAGATTGGCGGTGATAGCCCAGCCCCATGGCCATGATCGCCACAAGGCAGGCATAGCCCAGCACATCGACCTTGGCGTCGGACAGCt > 1:342566/1‑150 (MQ=255) | ATTTCCAGCGCGCGCCAGTCCTGCACCTCGAAGCCTTCCTCGCGGATGTAGTTCACCACCAACTCGGTCAGCGGCTTCATGTACGGCGCGACGATGGCAATGCGCTTGGCCTTCATCACATGCAAGGCCTCGACCAGCGCCCCGGCGCTGGTGATCACCGGTGCCAGTGCATCATTGTCGGCGGTGGCCTGCTGCAGGCGCTTTTCAGATTGGCGGTGATAGCCCAGCCCCATGGCCATGATCGCCACAAGGCAGGCATAGCCCAGCACATCGACCTTGGCGTCGGACAGCT > NC_002947/4445153‑4445444 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |