| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 211,621 | G→C | 11.5% | V5709V (GTG→GTC) | PP_0168 → | putative surface adhesion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 211,621 | 0 | G | C | 11.5% | 90.9 / 5.1 | 35 | V5709V (GTG→GTC) | PP_0168 | putative surface adhesion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/16); new base C (2/2); total (17/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.24e-01 | |||||||||||
GCCAGATCAGCCTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCAAGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCTAATGGCACCGTGGGTACTGC > NC_002947/211479‑211764 | gCCAGATCAGCCTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCAAGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAg < 2:668175/150‑1 (MQ=255) ccAGATCAGCCTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCAAGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAgg > 1:789604/1‑150 (MQ=255) ccAGATCAGCCTAGGCGCCACATCGTGGGTTGACTCCACGGGTTCGACCTTCTAGAACCTCTAGCTGGGCGGGGCGGCTTGGGTTCAAGTGACCGATACCACCGACGAACTAGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTCACCGAAgg < 2:355242/150‑1 (MQ=14) cAGCCTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCAAGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTga < 2:504213/150‑1 (MQ=255) aaCTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGTCTTCGGTTCAAGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACAcc > 1:159112/1‑150 (MQ=255) aaCTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCAAGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACTTACAcc > 1:323574/1‑150 (MQ=255) cTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCAAGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCAt > 1:76837/1‑150 (MQ=255) tGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCAAGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGa > 1:29186/1‑150 (MQ=255) ggTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCAAGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGTCCGAAGGTGGTGAGATGACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGAt < 1:537270/150‑1 (MQ=255) ttCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCAAGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCg > 1:171460/1‑150 (MQ=255) cTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCAAGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCaacaac > 2:502465/1‑150 (MQ=255) cGGCTTCGGTTCAAGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCt > 1:59012/1‑150 (MQ=255) gTTCAAGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGAcc > 2:176332/1‑63 (MQ=255) gTTCAAGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGAcc < 1:176332/63‑1 (MQ=255) ttCAAGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGa < 1:657125/150‑1 (MQ=255) aaGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCg > 2:431489/1‑150 (MQ=255) gACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAACATGGTCTGTCGATCAACAACCACAGTGCTTTGACCTTCACCCTGTGCTACgg < 2:29186/150‑1 (MQ=17) aTACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCAc < 2:494890/67‑1 (MQ=255) aTACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCAc > 1:494890/1‑67 (MQ=255) aTACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCaaaa < 2:76837/150‑1 (MQ=255) accaccGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACTTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAAcc < 2:323574/150‑1 (MQ=255) caccGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATc > 1:311419/1‑103 (MQ=255) caccGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATc < 2:311419/103‑1 (MQ=255) caccGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGt < 1:308231/150‑1 (MQ=255) caccGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGt < 2:789604/150‑1 (MQ=255) cgacgaAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATc < 1:71531/100‑1 (MQ=255) cgacgaAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATc > 2:71531/1‑100 (MQ=255) ggtggCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCCCAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGcc < 2:122410/150‑1 (MQ=255) aCCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGc > 2:196816/1‑111 (MQ=255) aCCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGc < 1:196816/111‑1 (MQ=255) gACGCCTTCTGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCTAATGGCACCGTggg < 1:431489/150‑1 (MQ=255) accaccTTCGGTCACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCTAATGGCACCGTggg > 2:274144/5‑150 (MQ=255) caccTTCGGTCACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGAt < 1:92060/68‑1 (MQ=255) caccTTCGGTCACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGAt > 2:92060/3‑70 (MQ=255) ttCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCTAATGGCACCGTGGGTACTGc > 2:696476/1‑150 (MQ=255) | GCCAGATCAGCCTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCAAGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCTAATGGCACCGTGGGTACTGC > NC_002947/211479‑211764 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |